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【求助】sybyl中有关水分子的问题 已有1人参与
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Sample Text 在sybyl 7.3中，打开1JA9.pdb文件，去掉水分子（保留HOH573，这个水分子是文献中提及的属于4HNR结构中的，所以保留）,之后存为1JA9.mol2.在docking中准备蛋白质时提取配体PYQ，之后使用ligand模式生成或顶位点，我遇到的问题是，在最后的评分出来后，查看活性位点的结构，发现其中没有水分子。HOH573在生成活性位点的时候确实是处于范围内的，但是为什么最后没有出现在活性位点中呢？请大虾指点。。。 |
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2楼2010-04-09 16:26:59