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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 【其他】在线答疑:VASP的问题
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
求教：
在用Material Studio构建界面模型的过程中，有几点疑惑：1. 由于晶体的晶格常数不同，界面出现错配即有一定的错配度。由于错配度，建立模型不容易保持模型的周期性结构。2. Material Studio的build layer构建两种晶体界面时，将两种晶体沿平行界面的基矢分别变化组成界面结构并保持整个模型的周期性结构。在构建界面时，两部分晶体的基矢变形而不再是平衡结构的晶格常数，这种情况感觉和实际情况有些不符。在优化结构的过程中，处于表面或界面的原子可以沿三维方向弛豫，作为块体性质的这部分原子怎么弛豫呢？那些原子由于组合界面也稍微偏离平衡位置。3. 体系内的原子全部优化是否更符合实际情况。如果整个体系全部优化，估计收敛会是很大问题？作为块体部分的原子是否会优化到理想的位置？周期性又是否能保持？用VASP的Selective Dynamics,原子该怎么选择呢？
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201楼2011-12-23 23:07:21
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-12-31 14:15:53
引用回帖:
201楼: Originally posted by xiaowu787 at 2011-12-23 23:07:21:
求教：
在用Material Studio构建界面模型的过程中，有几点疑惑：1. 由于晶体的晶格常数不同，界面出现错配即有一定的错配度。由于错配度，建立模型不容易保持模型的周期性结构。2. Material Studio的build layer ...

你的问题解决起来还是比较麻烦，目前没有太统一的答案。
我的经验是应该是放开了完全优化， 慢是一定的。 还是需要一定的经验的。
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真理是一点点接近的！
202楼2011-12-25 18:26:32
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
202楼: Originally posted by gavinliu7390 at 2011-12-25 18:26:32:
你的问题解决起来还是比较麻烦，目前没有太统一的答案。
我的经验是应该是放开了完全优化， 慢是一定的。 还是需要一定的经验的。

谢谢您的回复。如果放开了全优化，那么还有必要用Selective Dynamic 吗？如果不用Selective Dynamic ，那么ISIF选几合适呢？再次感谢！
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203楼2011-12-28 11:21:14
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vinbert

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
119楼: Originally posted by lgxyz at 2010-10-16 15:20:57:
manual上关于surface calculations的第一步 bulk calculation 中在做收敛测试时一会讲bulk，一会讲表面，感觉说的一点也不清晰，可能是我没理解到。原文如下。请各位帮忙顺一下：
As a first step perform a bul ...

这个问题你解决了没？
能告诉我你最后是怎么做的吗？
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欲望是一切的源动力
204楼2012-01-04 22:26:55
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04nylxb

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请教：vasp跨节点运行出错，mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089)

最近在集群上编译带CNEB的vasp5.2，并行vasp编译成功，在单个节点（每个节点八核）上运行
$ mpirun -np 8 vasp
时候，top下，发现确实出现八个vasp进程。
但是，跨节点的时候，确出错了，出错信息如下：
running on   15 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   15 groups
vasp.5.2.12 11Nov11 complex                                                   
  
POSCAR found :  1 types and       2 ions

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|           W    W    AA    RRRRR   N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|           W    W   A  A   R    R  NN   N  II  NN   N  G    G  !!!           |
|           W    W  A    A  R    R  N N  N  II  N N  N  G       !!!           |
|           W WW W  AAAAAA  RRRRR   N  N N  II  N  N N  G  GGG   !            |
|           WW  WW  A    A  R   R   N   NN  II  N   NN  G    G                |
|           W    W  A    A  R    R  N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|                                                                             |
|      For optimal performance we recommend that you set                      |
|        NPAR = approx SQRT( number of cores)                                 |
|      This will greatly improve the performance of VASP for DFT.             |
|      The default NPAR=number of cores might be grossly inefficient          |
|      on modern multi-core architectures or massively parallel machines.     |
|      Unfortunately you need to use the default for hybrid, GW and RPA       |
|      calculations.                                                          |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
found WAVECAR, reading the header
  number of bands has changed, file:    12 present:    15
  trying to continue reading WAVECAR, but it might fail
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
random initialization beyond band           13
the WAVECAR file was read sucessfully
initial charge from wavefunction
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1090):     e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &
rank 14 in job 14  node-1_49061   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 14: killed by signal 11
rank 13 in job 14  node-1_49061   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 13: killed by signal 9
rank 9 in job 14  node-1_49061   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 9: killed by signal 11
rank 8 in job 14  node-1_49061   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 8: killed by signal 11
rank 4 in job 14  node-1_49061   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 4: killed by signal 11
rank 3 in job 14  node-1_49061   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: killed by signal 9
rank 2 in job 14  node-1_49061   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 2: killed by signal 9
rank 1 in job 14  node-1_49061   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 11
rank 0 in job 14  node-1_49061   caused collective abort of all ranks

其中node-1是我的控制节点。进程数为12以下的时候都运行正常
$ mpirun -machinefile ~/machinefile -np 12 vasp > 5out
其中，mpich2，我用cpi测试，各个节点都OK的，并且能够跑上百个核。
求高人指点，为什么vasp跨节点的时候出现这样的错误？该如何解决？非常感谢啊。
另，想问下，编译的时候，make makeparam，生成的这个makeparam是干嘛用的？
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集中精力发文章
205楼2012-01-08 01:23:02
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
引用回帖:
楼: Originally posted by 04nylxb at 2012-01-08 01:23:02:
请教：vasp跨节点运行出错，mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089)

最近在集群上编译带CNEB的vasp5.2，并行vasp编译成功，在单个节点（每个节点八核）上运行
$ mpirun -np 8 vasp
时候，top下，发现确实 ...

你的问题我也不懂。
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真理是一点点接近的！
206楼2012-01-08 10:04:34
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04nylxb

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
206楼: Originally posted by gavinliu7390 at 2012-01-08 10:04:34:
你的问题我也不懂。

莫有关系的，呵呵，谢谢啊
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集中精力发文章
207楼2012-01-08 12:04:38
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tfh00

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
好帖子啊。
有个问题请教大家，是关于vasp做STM的。
先用Band decomposed chargedensity 得到 费米能附近的PARCHG文件，
constant-height STM image 比较容易得到，请问怎么得到constant-current STM 图像。谢谢。 如果能提供画图方法的话，那更是感激不尽。
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208楼2012-03-01 02:38:44
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
引用回帖:
楼: Originally posted by tfh00 at 2012-03-01 02:38:44:
好帖子啊。
有个问题请教大家，是关于vasp做STM的。
先用Band decomposed chargedensity 得到 费米能附近的PARCHG文件，
constant-height STM image 比较容易得到，请问怎么得到constant-current STM 图像。谢 ...

不好意思，我也不会用stm
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真理是一点点接近的！
209楼2012-03-01 13:54:48
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shelay

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问，我现在已经编译好vasp，我还想编译两个特殊功能的vasp版本，我是直接另外复制几个安装包，在里面重新编译就行了吗？另外我要把几个版本的功能区分开的话，需要命不同的名字，请问怎么做呢，是不是直接把编译好的可执行程序改为想要的名字，然后把它考到bin里？请各位赐教，非常感谢，在线等……
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210楼2012-03-07 19:56:20
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