应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助】各位前辈求助如何寻找酶切位点？
111/2返回列表12下一页
查看: 1582  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

tangfang1918

[交流] 【求助】各位前辈求助如何寻找酶切位点？ 已有5人参与

各位前辈，本人在做相关课题中遇到一个关键问题，请大家帮忙！
我做的是Gas6基因多态性的鉴定，选Gas6基因单核苷酸多态性（SNP）内含子8 c.834+7G＞A（dbSNP ID rs8191974）作为研究对象，其5' Near Seq 30 bp引物为：TCCCAGGACATGGACACCTGTGAGGTAGGC；3' Near Seq 30 bp 引物为： GCCCCTGGCCCCGCGGGCCCTTCACGGTGG。
在这个网址上http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj ... rs&rs=rs8191974 可以查到Gas6内含子8 c.834+7G＞A（dbSNP ID rs8191974）的
Fasta sequence：>gnl|dbSNP|rs8191974|allelePos=401|totalLen=801|taxid=9606|snpclass=1|alleles='A/G'|mol=Genomic|build=129
GCAGCGGGGG TGGGTCTGGC TCGTTGGGAG CACCCTCCTG GGACACCTGC GACATTTTTA TTCCCTCAAG AAAGAGCCCG GGCAGGAGCA GGCCGAGGGT GCAACCTAGC TTTCCAGTGG GGGGGGACGC GACCCCCAAG CCGCCCCCGT TAGAATCTGC ATGTAATTCC TTGAGCGCAC CTTGCGTGTG GTTTGAGCAA TCGCGGTGTG ATCCCACGGC GGGACAGCGT AGAGGCCTCC CCGGCTCACC GCCGCTTCCC TCTGGCTGGC AGATGTGGAC GAGTGTCTGC AGGGCCGCTG
TGAGCAGGTC TGCGTGAACT CCCCAGGGAG CTACACCTGC CACTGTGACG GGCGTGGGGG CCTCAAGCTG TCCCAGGACA TGGACACCTG TGAGGTAGGC
R
GCCCCTGGCC CCGCGGGCCC TTCACGGTGG TTCCGGGGGC CCTCGCCGGT GGGGGCTTTC GGGAGAAACA CTTCCGTGAA GACCTGGCCT TTGCTAAGGT GTTGGGGATC TCCAGGGCCA TGTGGAGGTT TGGGATGAGA AACGCTTCTG TTCCCTGGAA GATGTTTGGT TGTATTTATA GAGTCTCTAT GGCAACTCCC AGCTCACAGT GGATCAGCCT GGTGTGGACC CCAGTGTGAC ACTCACGGGG GCACGGTCCC CACTCTGCCG CGTGCCAGGG AGCCAACGTG ACCGACCTGT
CACACCGGTG CCTGTCACAC CGACCTGTCA CACCGGGGCC TGTCACACCG GTGCCTGTCA CAGCATGACC TACCTGTCAC ACCGGGGCCT GTCACACTGG

但找到人GAS6基因的8号内含子序列中http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000820.2却没有这个8 c.834+7G＞A的序列，根部对不上号，这是咋回事啊？即使是在gas6基因的全长中http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene ... Panel.Gene_RVDocSum都找不到8 c.834+7G＞A的序列？这个问题出现在哪呢？
另外我要用酶切法进行8 c.834+7G＞A的鉴定，酶切位点在哪？用何种酶酶切呢？
请大家帮忙解答，谢谢！

[ Last edited by amisking on 2010-4-5 at 14:54 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-04-05 12:08:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangfang1918

谢谢版主转发！
回复此楼
2楼2010-04-05 16:19:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lij2

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
司马诸葛(金币+1): 2010-04-05 21:47
酶切位点可以用软件分析的~
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-04-05 19:18:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangfang1918

分析过，没找到！
回复此楼
4楼2010-04-05 19:49:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+1): 2010-04-05 22:13
你想用什么酶切位点？
赞一下(2人) 回复此楼
小木虫之有关部门负责人
5楼2010-04-05 22:01:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangfang1918

TCCCAGGACA TGGACACCTG TGAGGTAGGC
R
GCCCCTGGCC CCGCGGGCCC TTCACGGTGG
应该在这些序列中找到酶切位点，进行酶切，最终应该鉴定是7G＞A这个位点上的突变就行！
赞一下 回复此楼
6楼2010-04-05 22:53:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
引用回帖:
Originally posted by tangfang1918 at 2010-04-05 22:53:22:
TCCCAGGACA TGGACACCTG TGAGGTAGGC
R
GCCCCTGGCC CCGCGGGCCC TTCACGGTGG
应该在这些序列中找到酶切位点，进行酶切，最终应该鉴定是7G＞A这个位点上的突变就行！


R




你自己看吧 ，其实，偶也不懂你做的啥~~~
低调路过~~~
赞一下 回复此楼
小木虫之有关部门负责人
7楼2010-04-05 22:58:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangfang1918

实验的目的是鉴定内含子8 c.834+7G＞A上GG、AG、AA的基因型频率，想通过酶切发来做
赞一下 回复此楼
8楼2010-04-05 23:00:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tangfang1918

谢谢楼上的！
回复此楼
9楼2010-04-05 23:02:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopyzxx

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
推荐vector NTI。
功能比较全面。
赞一下(1人) 回复此楼
VX：19192310212；公众号：生物技术与IVD
10楼2010-04-05 23:08:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tangfang1918 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭