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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助】各位前辈求助如何寻找酶切位点？
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tangfang1918

[交流] 【求助】各位前辈求助如何寻找酶切位点？ 已有5人参与

各位前辈，本人在做相关课题中遇到一个关键问题，请大家帮忙！
我做的是Gas6基因多态性的鉴定，选Gas6基因单核苷酸多态性（SNP）内含子8 c.834+7G＞A（dbSNP ID rs8191974）作为研究对象，其5' Near Seq 30 bp引物为：TCCCAGGACATGGACACCTGTGAGGTAGGC；3' Near Seq 30 bp 引物为： GCCCCTGGCCCCGCGGGCCCTTCACGGTGG。
在这个网址上http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj ... rs&rs=rs8191974 可以查到Gas6内含子8 c.834+7G＞A（dbSNP ID rs8191974）的
Fasta sequence：>gnl|dbSNP|rs8191974|allelePos=401|totalLen=801|taxid=9606|snpclass=1|alleles='A/G'|mol=Genomic|build=129
GCAGCGGGGG TGGGTCTGGC TCGTTGGGAG CACCCTCCTG GGACACCTGC GACATTTTTA TTCCCTCAAG AAAGAGCCCG GGCAGGAGCA GGCCGAGGGT GCAACCTAGC TTTCCAGTGG GGGGGGACGC GACCCCCAAG CCGCCCCCGT TAGAATCTGC ATGTAATTCC TTGAGCGCAC CTTGCGTGTG GTTTGAGCAA TCGCGGTGTG ATCCCACGGC GGGACAGCGT AGAGGCCTCC CCGGCTCACC GCCGCTTCCC TCTGGCTGGC AGATGTGGAC GAGTGTCTGC AGGGCCGCTG
TGAGCAGGTC TGCGTGAACT CCCCAGGGAG CTACACCTGC CACTGTGACG GGCGTGGGGG CCTCAAGCTG TCCCAGGACA TGGACACCTG TGAGGTAGGC
R
GCCCCTGGCC CCGCGGGCCC TTCACGGTGG TTCCGGGGGC CCTCGCCGGT GGGGGCTTTC GGGAGAAACA CTTCCGTGAA GACCTGGCCT TTGCTAAGGT GTTGGGGATC TCCAGGGCCA TGTGGAGGTT TGGGATGAGA AACGCTTCTG TTCCCTGGAA GATGTTTGGT TGTATTTATA GAGTCTCTAT GGCAACTCCC AGCTCACAGT GGATCAGCCT GGTGTGGACC CCAGTGTGAC ACTCACGGGG GCACGGTCCC CACTCTGCCG CGTGCCAGGG AGCCAACGTG ACCGACCTGT
CACACCGGTG CCTGTCACAC CGACCTGTCA CACCGGGGCC TGTCACACCG GTGCCTGTCA CAGCATGACC TACCTGTCAC ACCGGGGCCT GTCACACTGG

但找到人GAS6基因的8号内含子序列中http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000820.2却没有这个8 c.834+7G＞A的序列，根部对不上号，这是咋回事啊？即使是在gas6基因的全长中http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene ... Panel.Gene_RVDocSum都找不到8 c.834+7G＞A的序列？这个问题出现在哪呢？
另外我要用酶切法进行8 c.834+7G＞A的鉴定，酶切位点在哪？用何种酶酶切呢？
请大家帮忙解答，谢谢！

[ Last edited by amisking on 2010-4-5 at 14:54 ]
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1楼 2010-04-05 12:08:56
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tangfang1918

谢谢版主转发！
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2楼2010-04-05 16:19:26
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lij2

金虫 (小有名气)
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司马诸葛(金币+1): 2010-04-05 21:47
酶切位点可以用软件分析的~
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3楼2010-04-05 19:18:41
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tangfang1918

分析过，没找到！
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4楼2010-04-05 19:49:49
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
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amisking(金币+1): 2010-04-05 22:13
你想用什么酶切位点？
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小木虫之有关部门负责人
5楼2010-04-05 22:01:51
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tangfang1918

TCCCAGGACA TGGACACCTG TGAGGTAGGC
R
GCCCCTGGCC CCGCGGGCCC TTCACGGTGG
应该在这些序列中找到酶切位点，进行酶切，最终应该鉴定是7G＞A这个位点上的突变就行！
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6楼2010-04-05 22:53:22
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
引用回帖:
Originally posted by tangfang1918 at 2010-04-05 22:53:22:
TCCCAGGACA TGGACACCTG TGAGGTAGGC
R
GCCCCTGGCC CCGCGGGCCC TTCACGGTGG
应该在这些序列中找到酶切位点，进行酶切，最终应该鉴定是7G＞A这个位点上的突变就行！


R




你自己看吧 ，其实，偶也不懂你做的啥~~~
低调路过~~~
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小木虫之有关部门负责人
7楼2010-04-05 22:58:46
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tangfang1918

实验的目的是鉴定内含子8 c.834+7G＞A上GG、AG、AA的基因型频率，想通过酶切发来做
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8楼2010-04-05 23:00:02
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tangfang1918

谢谢楼上的！
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9楼2010-04-05 23:02:04
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snoopyzxx

木虫 (著名写手)
★
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推荐vector NTI。
功能比较全面。
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生物资源交流QQ群：1044518333
10楼2010-04-05 23:08:23
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