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[交流] 【求助】用Forcite分析MSD的问题,急已有4人参与

模拟甲烷的扩散,用的是NPT及COMPASS力场,在Forcit模块运行Dynamic后,分析甲烷分子的MSD,相同的构型相同的参数,两次运算的结果相差很大,问各位大侠,这是什么原因啊?有什么好的建议???万分感谢。
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zyj8119

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢! 2010-04-04 19:27
用UFF看看?你是做甲烷在什么里面的扩散?
好好学习,天天向上。
2楼2010-04-04 17:45:41
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qasd

木虫 (著名写手)


gavinliu7390(金币+1):谢谢! 2010-04-04 19:27
做MSD用NPT?
3楼2010-04-04 19:08:14
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2):谢谢! 2010-04-04 19:26
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-04-04 19:08:14:
做MSD用NPT?

是啊,据我所知,一般是NVT吧,如果设置相同,跑出来的MSD应该不会差很多,如果跑的时间很长,应该就很接近了。
4楼2010-04-04 19:21:06
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gaoymatrix

木虫 (正式写手)


zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-04-04 21:13
用NVT
高调做事,低调做人
5楼2010-04-04 20:05:35
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