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【求助】MD关于平衡的问题已有2人参与
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| 我在建立模型的时候，用discovery动力学平衡，但是我不知道如何选取合适的dynamics time，一般现在很多人都用1ns，但是如果体系太大，选择这个时间运算会很长，我想缩短一点时间，请问有谁知道怎么从平衡图上面看出体系已经达到了平衡啊? |
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-15 10:42
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-15 10:42
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判断体系是否到达平衡没有好的方法, 几乎全是靠经验 理论上, 体系到达平衡之后, 所有的状态参数都不会改变了 但某些不改变不一定意味着就到了平衡, 而对所有参数进行检测有很不现实 这些参数中, 使用了控温算法后温度最不可靠, 能量一般很容易收敛, 能量也不可靠 原子数多了, 体系的势能面极为复杂, 很容易落在一个local minimum 亚稳态中, 就像这里 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1557782&fpage=1 的那个例子一样 看到体系像是平衡, 1ns - 2ns 不变了, 未必3ns 时候不变 一个体系越大, 到达平衡所需的时间越长, 如果考虑到充分的各态遍历取样, 几百个ns 对生物大分子体系都是远远不够的的 你必须非常熟悉你的体系, 通过长期的模拟积累的经验, 和灵敏的化学/结构的直觉来判断 模拟的时间是越长越好, 但在特定的历史时期是不允许超长时间的 太短了没杂志要, 太长了又是一种浪费, 多读文献, 看看现在流行多长就用多长吧 [ Last edited by bay__gulf on 2010-4-15 at 10:41 ] |
8楼2010-04-15 10:34:59