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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】MD关于平衡的问题
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jings

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】MD关于平衡的问题 已有2人参与

我在建立模型的时候，用discovery动力学平衡，但是我不知道如何选取合适的dynamics time，一般现在很多人都用1ns，但是如果体系太大，选择这个时间运算会很长，我想缩短一点时间，请问有谁知道怎么从平衡图上面看出体系已经达到了平衡啊?
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1楼 2010-04-02 09:52:17
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linxi1454

银虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-02 10:04
你输出系统的potential energy，如果收敛了就说明达到平衡了，你可以设置跑1ns，或者更长，隔一段时间查看一下pe是否收敛
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2楼2010-04-02 10:02:59
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linxi1454

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
jings(金币+5):可以加个qq么？57790934，我还不是太懂，想具体问一下你，谢谢了 2010-04-02 10:17
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-04-02 10:26
当然，这只是一个很粗略的标记，具体可以参考如下

How to check when a system reaches it's equilibrium

This is a nontrivial question, and the answer partly depends on what you are trying to do. As David points out, if you want to do protein folding, say, your protein needs to have long enough to forget about its starting state (hence his comment about folding and unfolding). Usually that takes a prohibitively long time, though, for large proteins. So assuming you don't want to solve the protein folding problem you have to be content with something less. Definitely you want to run long enough that the protein RMSD  quits increasing, temperature and energy begin fluctuating around some relatively stable value, and so on. You can also look for things like number of protein-water hydrogen bonds if you have explicit solvent; this tends to take a much longer time to equilibrate. Probably a good suggestion is to find out what other people have done who are doing something similar to you, and make sure you equilibrate at least as much as they do.

    Just a remark about the rmsd with respect to the Xray structure: you might want to plot rmsd vs log(time), that is a better check sometimes.

    Well, rmsd is not that bad. Just that it is easier to judge a converged rmsd from a non-converged one when you plot it against log(t) instead of t. Another convergence check is the cosine content of the traj projected onto some (slow) PCA modes.

详细的可以参考这里 http://www.mdbbs.org/viewthread. ... ghlight=equilibrium
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3楼2010-04-02 10:05:18
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linxi1454

银虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-02 10:26
收敛，就是某个时刻以后系统只在平均值附近涨落，涨落肯定是有的，需要根据你具体的物理量来分析，关于涨落你可以不关心，你可以这么比较
比如1ns以后系统收敛了，那么1ns-1.5ns和1.5ns到2ns之间的平均是应该近似相等的
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4楼2010-04-02 10:09:25
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jings

金虫 (正式写手)
麻烦具体给我一下怎么计算平均值的作法吧。我刚刚学习这个软件，还不是特别明白。谢谢哈
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跳舞吧！如同没有任何人注视你一样。去爱吧！如同从来没有受过伤害一样。歌唱吧！如同没有人聆听一样。工作吧！如同不需要金钱一样。活着吧！如同今日是末日一
5楼2010-04-02 10:27:45
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linxi1454

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-02 10:30
你用软件输出你要计算的物理量随时间的图，然后不是有很多数据点（每个时刻物理量的值）吗，你取下平均就可以了
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6楼2010-04-02 10:29:41
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-15 10:42
首先是参考文献中类似体系的模拟时间。如果只是平衡MD的话不需要1ns那么久，做production step 会需要1ns及以上的。个人理解而已。

1. energy~simualtion time 基本上会是趋于稳定的，这个只是一个粗略的参考
2. 主要可以看 temperature~time 曲线，一般而言温度控制较好体系基本平衡时，温度会在某一relatively stable value左右徘徊，约-30K到+30K
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少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
7楼2010-04-15 10:17:49
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-15 10:42
判断体系是否到达平衡没有好的方法, 几乎全是靠经验
理论上, 体系到达平衡之后, 所有的状态参数都不会改变了
但某些不改变不一定意味着就到了平衡, 而对所有参数进行检测有很不现实
这些参数中, 使用了控温算法后温度最不可靠, 能量一般很容易收敛, 能量也不可靠
原子数多了, 体系的势能面极为复杂, 很容易落在一个local minimum 亚稳态中,
就像这里 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1557782&fpage=1 的那个例子一样
看到体系像是平衡, 1ns - 2ns 不变了, 未必3ns 时候不变
一个体系越大, 到达平衡所需的时间越长,
如果考虑到充分的各态遍历取样, 几百个ns 对生物大分子体系都是远远不够的的

你必须非常熟悉你的体系, 通过长期的模拟积累的经验, 和灵敏的化学/结构的直觉来判断
模拟的时间是越长越好, 但在特定的历史时期是不允许超长时间的
太短了没杂志要, 太长了又是一种浪费,
多读文献, 看看现在流行多长就用多长吧

[ Last edited by bay__gulf on 2010-4-15 at 10:41 ]
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8楼2010-04-15 10:34:59
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