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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】做MD时，pdb里的溶剂小分子（非水分子）需要保留吗？
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vallen

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】做MD时，pdb里的溶剂小分子（非水分子）需要保留吗？ 已有1人参与

pdb里面有其他的小分子，是长晶体时的缓冲液分子，做MD时需要保留吗？还是删去就好
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1楼 2010-03-31 14:19:09
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sunmuer

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-01 10:00
这种分子一般不用保留。
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出清水而不染
2楼2010-03-31 15:14:46
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bigcontinent

金虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-01 10:01
明确告诉你，不用保留
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3楼2010-03-31 22:45:25
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-01 10:01
一般不用保留，需要时自己再附上几埃水分子。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-04-01 06:45:58
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blue_cat

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-02 09:04
不需要保留，之后在加溶剂的时候再加上抗衡离子
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DS
5楼2010-04-02 08:52:29
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vallen

银虫 (正式写手)
在活性点附近的也不用保留吗？
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6楼2010-04-08 17:06:40
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