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anny66cb

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计求助

我想克隆葡萄的一个基因,不需要得到全长,怎么寻找模板序列设计引物,是根据NCBI上BLAST得到的同源蛋白序列设计简并引物还是根据BLAST得到的核苷酸序列设计。很迷惑,希望大家能够详细的讲解一下,金币不够,我可以再给。
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anny66cb

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-03-31 09:30:58:
一般要先看蛋白,选择6个以上的保守氨基酸,然后根据核酸序列插入简并碱基,不过你的物种要是和比对物种相似度比较高(接近90%),那么不用设计简并引物也能做出来,只要注意在引物3‘端的几个碱基是保守的就可以了

根据核苷酸序列插入简并碱基是什么意思呀?
3楼2010-03-31 09:36:04
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

anny66cb(金币+2):谢谢了 2010-03-31 09:39
一般要先看蛋白,选择6个以上的保守氨基酸,然后根据核酸序列插入简并碱基,不过你的物种要是和比对物种相似度比较高(接近90%),那么不用设计简并引物也能做出来,只要注意在引物3‘端的几个碱基是保守的就可以了
2楼2010-03-31 09:30:58
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

anny66cb(金币+1): 2010-03-31 18:24
引用回帖:
Originally posted by anny66cb at 2010-03-31 09:36:04:



根据核苷酸序列插入简并碱基是什么意思呀?

就是蛋白保守的核酸不一定保守,在比对结果不相同的地方,使用简并碱基
4楼2010-03-31 11:24:30
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