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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计求助
汕头大学海洋科学接受调剂
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anny66cb

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计求助

我想克隆葡萄的一个基因，不需要得到全长，怎么寻找模板序列设计引物，是根据NCBI上BLAST得到的同源蛋白序列设计简并引物还是根据BLAST得到的核苷酸序列设计。很迷惑，希望大家能够详细的讲解一下，金币不够，我可以再给。
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1楼 2010-03-31 09:15:08
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
anny66cb(金币+2):谢谢了 2010-03-31 09:39
一般要先看蛋白，选择6个以上的保守氨基酸，然后根据核酸序列插入简并碱基，不过你的物种要是和比对物种相似度比较高（接近90%），那么不用设计简并引物也能做出来，只要注意在引物3‘端的几个碱基是保守的就可以了
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2楼2010-03-31 09:30:58
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anny66cb

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-03-31 09:30:58:
一般要先看蛋白，选择6个以上的保守氨基酸，然后根据核酸序列插入简并碱基，不过你的物种要是和比对物种相似度比较高（接近90%），那么不用设计简并引物也能做出来，只要注意在引物3‘端的几个碱基是保守的就可以了

根据核苷酸序列插入简并碱基是什么意思呀？
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3楼2010-03-31 09:36:04
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
anny66cb(金币+1): 2010-03-31 18:24
引用回帖:
Originally posted by anny66cb at 2010-03-31 09:36:04:



根据核苷酸序列插入简并碱基是什么意思呀？

就是蛋白保守的核酸不一定保守，在比对结果不相同的地方，使用简并碱基
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4楼2010-03-31 11:24:30
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