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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】real-time PCR 产物长度
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gdongli8325

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】real-time PCR 产物长度

要做real-time PCR了，设计了引物，产物长度接近250bp。根据参考资料只要在300bp内都是可用的。但是今天导师的意思是重新设计引物，要在150bp左右，因为actin的长度是159bp。虫虫中肯定有做过的，不知道250bp的长度是否会影响结果？我实在不想重新设计引物，因为又要等一周。在此请教了。
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1楼 2010-03-31 03:19:56
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★
amisking(金币+1): 2010-03-31 11:41
你用的是染料法，还是探针法，探针法长度是在50-150bp
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2楼2010-03-31 09:11:46
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angel2536

金虫 (著名写手)
★ ★
amisking(金币+2): 2010-03-31 11:41
gdongli8325(金币+1): 2010-03-31 14:30
感觉没必要吧，150bp左右只是与内参尽量在扩增条件上保持一致，更加严格。
我们做miRNA在60bp左右，用U6做内参，其为80bp，也可以用的
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3楼2010-03-31 09:51:54
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mourning

木虫 (正式写手)
看你机器的说明书，会有的！！！
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4楼2010-03-31 11:23:06
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
amisking(金币+1): 2010-03-31 11:42
gdongli8325(金币+1): 2010-03-31 14:30
没有必要，其实只要是同一个基因之间比较，是没有必要考虑扩增效率的
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5楼2010-03-31 11:38:50
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主
一般都是100-200
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6楼2010-03-31 12:36:40
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yangym1123

木虫 (小有名气)
gdongli8325(金币+1): 2010-03-31 14:30
150bp左右是比较好的，但也不是那么严格，我用过202bp，我师兄用过350bp的，主要看你的扩增效率怎样！
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7楼2010-03-31 13:45:57
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siben

铜虫 (小有名气)
我的内参和目的基因片段就相差100多呢，但是实验条件差不多，感觉没什么影响，没必要重新设计的，我的产物也有300左右的，感觉没不好的
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最近很困惑！
8楼2010-04-01 21:29:17
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1110rainjob

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
个人建议：如果你是以actin作为内参，那么你设计的引物扩增的目的基因最好和actin扩增的片段长度接近。
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9楼2010-04-01 22:49:09
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