应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】分享一个高人自己建立的离子液体力场，是GROMACS格式的。
61/1返回列表
查看: 1564  |  回复: 5
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】分享一个高人自己建立的离子液体力场，是GROMACS格式的。

; FORCEFIELD of Ionic liquids  V1.0
; SO2, CO2, etc.
; LJ parameters from OPLSAA FF
; Intramolecular force field constants from OPLSAA
; 2004-07-16, by Wang Yong, Pan Haihua

; This force field uses a format that requires Gromacs 3.1.4 or later.
;
; References for the OPLS-AA force field:
;
; W. L. Jorgensen, D. S. Maxwell, and J. Tirado-Rives,
; J. Am. Chem. Soc. 118, 11225-11236 (1996).
; W. L. Jorgensen and N. A. McDonald, Theochem 424, 145-155 (1998).
; W. L. Jorgensen and N. A. McDonald, J. Phys. Chem. B 102, 8049-8059 (1998).
; R. C. Rizzo and W. L. Jorgensen, J. Am. Chem. Soc. 121, 4827-4836 (1999).
; M. L. Price, D. Ostrovsky, and W. L. Jorgensen, J. Comp. Chem. (2001).
; E. K. Watkins and W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem. A 105, 4118-4125 (2001).
; G. A. Kaminski, R.A. Friesner, J.Tirado-Rives and W.L. Jorgensen, J. Phys. Chem. B 105, 6474 (2001).
;



[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule        gen-pairs        fudgeLJ        fudgeQQ
1                3                yes                0.5        0.5

[ atomtypes ]
; name  bond_type    mass    charge   ptype          sigma      epsilon
opls_302   CA     12.01100     0.000       A    2.25000e-01  2.09200e-01 ; C=NH2
opls_300   N2     14.00670    -0.000       A    3.25000e-01  7.11280e-01 ; C=NH2
opls_301   H3      1.00800     0.000       A    0.00000e+00  0.00000e+00 ; C=NH2
opls_305   CT     12.01100     0.000       A    3.50000e-01  2.76144e-01 ; CH3-NR2
opls_911   HC      1.00800     0.000       A    2.50000e-01  6.27600e-02 ; CH3-NR2
opls_271   C_3    12.01100    -0.100       A    3.75000e-01  4.39320e-01 ; C in COO- carboxylate
opls_272   O2     15.99940    -0.800       A    2.96000e-01  8.78640e-01 ; O: O in COO- carboxylate,peptide terminus
opls_275   CT     12.01100    -0.160       A    3.50000e-01  2.76144e-01 ; C: CH,  carboxylate ion
opls_282   HC      1.00800     0.060       A    2.42000e-01  6.27600e-02 ; AA H on C-alpha in ketone & aldehyde ?
opls_154   OH     15.99940    -1.300       A    3.12000e-01  7.11280e-01 ; all-atom O: mono alcohols
opls_155   HO      1.00800     0.300       A    0.00000e+00  0.00000e+00 ; all-atom H(O): mono alcohols, OP(=O)2
JACS_000    C     12.01100     0.700       A    2.80000e-01  0.22260e+00 ; JACS,2004,126,5300.
JACS_001    O     15.99940    -0.350       A    3.05000e-01  0.65940e+00 ; JACS,2004,126,5300.


;;;;;; TETRAMETHYLGUANIDINE TMG

[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
TMG                3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
     1   opls_300      1    TMG     NT1     1     -0.826    14.0067   ; qtot -0.826 N2
     2   opls_301      1    TMG     HT2     1      0.420     1.0080   ; qtot -0.406 H3
     3   opls_301      1    TMG     HT3     1      0.420     1.0080   ; qtot  0.014 H3
     4   opls_302      1    TMG     CT4     2      0.511    12.0110   ; qtot  0.525 CA
     5   opls_300      1    TMG     NT5     2     -0.046    14.0067   ; qtot  0.479 N2
     6   opls_300      1    TMG     NT6     2     -0.046    14.0067   ; qtot  0.433 N2
     7   opls_305      1    TMG     CT7     3     -0.218    12.0110   ; qtot  0.215 CT
     8   opls_911      1    TMG     HT8     3      0.108     1.0080   ; qtot  0.323 HC
     9   opls_911      1    TMG     HT9     3      0.142     1.0080   ; qtot  0.465 HC
    10   opls_911      1    TMG     HT10    3      0.119     1.0080   ; qtot  0.584 HC
    11   opls_305      1    TMG     CT11    4     -0.256    12.0110   ; qtot  0.328 CT
    12   opls_911      1    TMG     HT12    4      0.107     1.0080   ; qtot  0.435 HC
    13   opls_911      1    TMG     HT13    4      0.143     1.0080   ; qtot  0.578 HC
    14   opls_911      1    TMG     HT14    4      0.138     1.0080   ; qtot  0.716 HC
    15   opls_305      1    TMG     CT15    5     -0.218    12.0110   ; qtot  0.498 CT
    16   opls_911      1    TMG     HT16    5      0.108     1.0080   ; qtot  0.606 HC
    17   opls_911      1    TMG     HT17    5      0.142     1.0080   ; qtot  0.748 HC
    18   opls_911      1    TMG     HT18    5      0.119     1.0080   ; qtot  0.867 HC
    19   opls_305      1    TMG     CT19    6     -0.256    12.0110   ; qtot  0.611 CT
    20   opls_911      1    TMG     HT20    6      0.107     1.0080   ; qtot  0.718 HC
    21   opls_911      1    TMG     HT21    6      0.144     1.0080   ; qtot  0.862 HC
    22   opls_911      1    TMG     HT22    6      0.138     1.0080   ; qtot  1.000 HC
   

[bonds]
;   i    j  func       b0          kb
    1     2    1       0.1007   363171.2 ; N2-H3
    1     3    1       0.1007   363171.2 ; N2-H3
    1     4    1       0.1347   402500.8 ; N2-CA
    4     5    1       0.1344   402500.8 ; N2-CA
    4     6    1       0.1344   402500.8 ; N2-CA
    5     7    1       0.1469   282001.6 ; N2-CT
    5    11    1       0.1471   282001.6 ; N2-CT
    6    15    1       0.1469   282001.6 ; N2-CT
    6    19    1       0.1471   282001.6 ; N2-CT
    7     8    1       0.1089   284512.0 ; CT-HC
    7     9    1       0.1090   284512.0 ; CT-HC
    7    10    1       0.1095   284512.0 ; CT-HC
   11    12    1       0.1087   284512.0 ; CT-HC
   11    13    1       0.1092   284512.0 ; CT-HC
   11    14    1       0.1092   284512.0 ; CT-HC
   15    16    1       0.1089   284512.0 ; CT-HC
   15    17    1       0.1090   284512.0 ; CT-HC
   15    18    1       0.1095   284512.0 ; CT-HC
   19    20    1       0.1087   284512.0 ; CT-HC
   19    21    1       0.1092   284512.0 ; CT-HC
   19    22    1       0.1092   284512.0 ; CT-HC
   
   
[ pairs ]
;  ai    aj   funct           c0           c1           c2           c3
    1       7     1
    1      11     1
    1      15     1
    1      19     1
    2       5     1
    2       6     1
    3       5     1
    3       6     1
    4       8     1
    4       9     1
    4      10     1
    4      12     1
    4      13     1
    4      14     1
    4      16     1
    4      17     1
    4      18     1
    4      20     1
    4      21     1
    4      22     1
    5      15     1
    5      19     1
    6       7     1
    6      11     1
    7      12     1
    7      13     1
    7      14     1
    8      11     1
    9      11     1
   10      11     1
   15      20     1
   15      21     1
   15      22     1
   16      19     1
   17      19     1
   18      19     1
   
   
   
[angles]
;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3
    2     1    3       1   117.000  292.880 ; H3-N2-H3 from ADE,CYT,GUA,GLN,ASN,ARG        
    4     1    2       1   121.500  292.880 ; CA-N2-H3 from ADE,CYT,GUA,ARG
    4     1    3       1   121.500  292.880 ; CA-N2-H3 from ADE,CYT,GUA,ARG
    5     4    6       1   121.700  585.760 ; N2-CA-N2 from ARG(OL)
    5     4    1       1   119.100  585.760 ; N2-CA-N2 from ARG(OL)
    6     4    1       1   119.100  585.760 ; N2-CA-N2 from ARG(OL)
    7     5    4       1   121.400  418.400 ; CA-N2-CT from ARG(OL)      
   11     5    7       1   115.300  418.400 ; CA-N2-CT from ARG(OL)  ??
   11     5    4       1   122.300  418.400 ; CA-N2-CT from ARG(OL)  
   19     6    4       1   122.300  418.400 ; CA-N2-CT from ARG(OL)  ??
   15     6    4       1   121.400  418.400 ; CA-N2-CT from ARG(OL)  ??   
   19     6   15       1   115.300  418.400 ; CA-N2-CT from ARG(OL)  ??
    5     7    8       1   110.600  292.880 ; HC-CT-N2 from ARG
    5     7    9       1   108.400  292.880 ; HC-CT-N2 from ARG
    5     7   10       1   111.700  292.880 ; HC-CT-N2 from ARG
    8     7    9       1   108.100  276.144 ; HC-CT-HC
    8     7   10       1   109.900  276.144 ; HC-CT-HC
    9     7   10       1   108.100  276.144 ; HC-CT-HC  
    5    11   12       1   111.600  292.880 ; HC-CT-N2 from ARG
    5    11   13       1   108.500  292.880 ; HC-CT-N2 from ARG
    5    11   14       1   111.300  292.880 ; HC-CT-N2 from ARG
   12    11   13       1   108.200  276.144 ; HC-CT-HC
   12    11   14       1   109.600  276.144 ; HC-CT-HC
   13    11   14       1   108.600  276.144 ; HC-CT-HC   
    6    15   16       1   110.600  292.880 ; HC-CT-N2
    6    15   17       1   108.400  292.880 ; HC-CT-N2
    6    15   18       1   111.700  292.880 ; HC-CT-N2
   16    15   17       1   108.400  276.144 ; HC-CT-HC
   16    15   18       1   109.900  276.144 ; HC-CT-HC
   17    15   18       1   108.100  276.144 ; HC-CT-HC   
    6    19   20       1   110.600  292.880 ; HC-CT-N2 from ARG
    6    19   21       1   108.500  292.880 ; HC-CT-N2 from ARG
    6    19   22       1   111.300  292.880 ; HC-CT-N2 from ARG
   20    19   21       1   108.200  276.144 ; HC-CT-HC
   20    19   22       1   109.600  276.144 ; HC-CT-HC
   21    19   22       1   108.600  276.144 ; HC-CT-HC
   
   
[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
    2     1     4     6     3       16.31760   0.00000 -16.31760   0.00000   0.00000   0.00000 ; guanidinium ion, H3-N2-CA-N2
    3     1     4     6     3       16.31760   0.00000 -16.31760   0.00000   0.00000   0.00000 ; guanidinium ion, H3-N2-CA-N2
    2     1     4     5     3       16.31760   0.00000 -16.31760   0.00000   0.00000   0.00000 ; guanidinium ion, H3-N2-CA-N2
    3     1     4     5     3       16.31760   0.00000 -16.31760   0.00000   0.00000   0.00000 ; guanidinium ion, H3-N2-CA-N2
    7     5     4     6     3       33.20422   0.00000 -33.20422   0.00000   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion,CT-N2-CA-N2
    7     5     4     1     3       33.20422   0.00000 -33.20422   0.00000   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion,CT-N2-CA-N2      
   11     5     4     6     3       33.20422   0.00000 -33.20422   0.00000   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion,CT-N2-CA-N2
   11     5     4     1     3       33.20422   0.00000 -33.20422   0.00000   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion,CT-N2-CA-N2
    4     5     7     8     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    4     5     7     9     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    4     5     7    10     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC     
   11     5     7     8     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
   11     5     7     9     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
   11     5     7    10     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
   19     6     4     5     3       33.20422   0.00000 -33.20422   0.00000   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CT-N2-CA-N2
   19     6     4     1     3       33.20422   0.00000 -33.20422   0.00000   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CT-N2-CA-N2
   15     6     4     5     3       33.20422   0.00000 -33.20422   0.00000   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CT-N2-CA-N2
   15     6     4     1     3       33.20422   0.00000 -33.20422   0.00000   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CT-N2-CA-N2   
    4     5    11    12     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    4     5    11    13     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    4     5    11    14     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    7     5    11    12     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
    7     5    11    13     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
    7     5    11    14     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??   
   19     6    15    16     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
   19     6    15    17     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
   19     6    15    18     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
    4     6    15    16     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    4     6    15    17     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    4     6    15    18     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    4     6    19    20     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    4     6    19    21     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC
    4     6    19    22     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  
   15     6    19    20     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
   15     6    19    21     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
   15     6    19    22     3        0.37028   1.11086   0.00000  -1.48114   0.00000   0.00000 ; methylguanidinium ion, CA-N2-CT-HC  ??
   
[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            q0        cq            
;    1     2     3     4     2       0.000000e+00   1.673600e+02     ;
;    4     5     6     1     2       0.000000e+00   1.673600e+02     ;
;    5     4     7    11     2       0.000000e+00   1.673600e+02     ;
;    6     4    15    19     2       0.000000e+00   1.673600e+02     ;
   



   
这个文件，可以说明GROMACS做材料科学也是很好的。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

力场 xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
好好学习，天天向上。
1楼2010-03-30 12:21:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-30 12:21:24:
; FORCEFIELD of Ionic liquids  V1.0
; SO2, CO2, etc.
; LJ parameters from OPLSAA FF
; Intramolecular force field constants from OPLSAA
; 2004-07-16, by Wang Yong, Pan Haihua

; This force fi ...

;;;;;; LACTIC ACID  LAC   

[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
LAC            3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
     1   opls_271      1    LAC        CL1      1     0.756   12.01100   ; qtot  0.756  C_3
     2   opls_272      1    LAC        OL2      1    -0.796   15.99940   ; qtot -0.04   O2
     3   opls_272      1    LAC        OL3      1    -0.806   15.99940   ; qtot -0.846  O2
     4   opls_275      1    LAC        CL4      1     0.557   12.01100   ; qtot -0.289  CT
     5   opls_282      1    LAC        HL5      1    -0.129    1.00800   ; qtot -0.418  HC
     6   opls_305      1    LAC        CL6      2    -0.127   12.01100   ; qtot -0.545  CT
     7   opls_911      1    LAC        HL7      2    -0.020    1.00800   ; qtot -0.565  HC
     8   opls_911      1    LAC        HL8      2     0.003    1.00800   ; qtot -0.562  HC
     9   opls_911      1    LAC        HL9      2    -0.005    1.00800   ; qtot -0.567  HC
     10  opls_154      1    LAC        OL10     3    -0.822   15.99940   ; qtot -1.389  OH
     11  opls_155      1    LAC        HL11     3     0.389    1.00800   ; qtot -1.000  HO
     


[bonds]
;   i     j    func       b0        kb
    1     2    1       0.12630   548940.8   ; C_3-O2,GLU,ASP
    1     3    1       0.12470   548940.8   ; C_3-O2,GLU,ASP   
    1     4    1       0.15690   265265.6   ; C_3-CT
    4     5    1       0.11000   284512.0   ; CT-HC, CHARMM 22 parameter file   
    4     6    1       0.15270   224262.4   ; CT-CT, CHARMM 22 parameter file
    4    10    1       0.14280   267776.0   ; CT-OH
    6     7    1       0.10930   284512.0   ; CT-HC, CHARMM 22 parameter file
    6     8    1       0.10960   284512.0   ; CT-HC, CHARMM 22 parameter file
    6     9    1       0.10950   284512.0   ; CT-HC, CHARMM 22 parameter file
   10    11    1       0.09830   462750.4   ; HO-OH, SUG(OL) wlj mod 0.96-> 0.945   

[ pairs ]
;  ai    aj   funct           c0           c1           c2           c3
    1      7     1
    1      8     1
    1      9     1
    1     11     1
    2      5     1
    2      6     1
    2     10     1
    3      5     1
    3      6     1
    3     10     1
    5      7     1
    5      8     1
    5      9     1
    5     11     1
    6     11     1
    7     10     1
    8     10     1
    9     10     1
   

[angles]
;  ai    aj   ak     funct      c0       c1            c2            c3
    4     1    2       1   114.000    585.760   ; CT-C_3-O2 GLU(OL)     SCH JPC 79,2379
    4     1    3       1   116.600    585.760   ; CT-C_3-O2 GLU(OL)     SCH JPC 79,2379
    2     1    3       1   129.400    669.440   ; O2-C_3-O2 GLU(OL)      SCH JPC 79,2379
    6     4   10       1   110.300    418.400   ; CT-CT-OH
    1     4    6       1   112.000    527.184   ; C_3-CT-CT, AA
    6     4    5       1   108.800    313.800   ; CT-CT-HC, CHARMM 22 parameter file
    1     4   10       1   109.800    418.400   ; C_3-CT-OH  
    5     4   10       1   108.600    292.880   ; HC-CT-OH  
    1     4    5       1   107.300    292.880   ; C_3-CT-HC      
    4     6    7       1   110.200    313.800   ; CT-CT-HC, CHARMM 22 parameter file
    4     6    8       1   110.800    313.800   ; CT-CT-HC, CHARMM 22 parameter file
    4     6    9       1   110.200    313.800   ; CT-CT-HC, CHARMM 22 parameter file
    7     6    8       1   109.100    276.144   ; HC-CT-HC
    7     6    9       1   108.500    276.144   ; HC-CT-HC   
    8     6    9       1   107.900    276.144   ; HC-CT-HC
    4    10   11       1   101.400    460.240   ; CT-OH-HO



[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al  funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
    5     4     1     2     3        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; HC-CT-C_3-O2, carboxylate ion
    5     4     1     3     3        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000 ; HC-CT-C_3-O2, carboxylate ion   
    6     4     1     2     3        3.43088   0.00000  -3.43088   0.00000   0.00000   0.00000 ; CT-CT-C_3-O2, carboxylate ion   
    6     4     1     3     3        3.43088   0.00000  -3.43088   0.00000   0.00000   0.00000 ; CT-CT-C_3-O2, carboxylate ion      
   10     4     1     2     3        2.28446   0.00000  -2.28446   0.00000   0.00000   0.00000 ; COOH terminus
   10     4     1     3     3        2.28446   0.00000  -2.28446   0.00000   0.00000   0.00000 ; COOH terminus
    1     4     6     7     3       -0.47070  -1.41210   0.00000   1.88280   0.00000   0.00000 ; C_3-CT-CT-HC, carboxylate ion
    5     4     6     7     3        0.62760   1.88280   0.00000  -2.51040   0.00000   0.00000 ; HC-CT-CT-HC, hydrocarbon *new* 11/99
    1     4     6     9     3       -0.47070  -1.41210   0.00000   1.88280   0.00000   0.00000 ; C_3-CT-CT-HC, carboxylate ion
    5     4     6     9     3        0.62760   1.88280   0.00000  -2.51040   0.00000   0.00000 ; HC-CT-CT-HC, hydrocarbon *new* 11/99
    1     4    10    11     3       -0.44350   3.83255   0.72801  -4.11705   0.00000   0.00000 ; CT-CT-OH-HO, alcohols AA
    5     4    10    11     3        0.94140   2.82420   0.00000  -3.76560   0.00000   0.00000 ; HC-CT-OH-HO, alcohols AA
    6     4    10    11     3       -0.44350   3.83255   0.72801  -4.11705   0.00000   0.00000 ; CT-CT-OH-HO, alcohols AA
    7     6     4    10     3        0.97905   2.93716   0.00000  -3.91622   0.00000   0.00000 ; HC-CT-CT-OH, alcohols, ethers AA      
    8     6     4    10     3        0.97905   2.93716   0.00000  -3.91622   0.00000   0.00000 ; HC-CT-CT-OH, alcohols, ethers AA      
    9     6     4    10     3        0.97905   2.93716   0.00000  -3.91622   0.00000   0.00000 ; HC-CT-CT-OH, alcohols, ethers AA      

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            q0        cq            
;    1     2     3     4     2       0.000000e+00   1.673600e+02     ;



;;;;;; LACTIC ACID  CO2   

[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
   CO2            2

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
     1   JACS_000   1    CO2       CC1     1       0.700      12.01100   ;
     2   JACS_001   1    CO2       OC2     1      -0.350      15.99940   ;
     3   JACS_001   1    CO2       OC3     1      -0.350      15.99940   ;
   

[bonds]
;   i     j    func       b0        kb
    1     2    1       0.11600   432600.0   ; C_3-O2,GLU,ASP
    1     3    1       0.11600   432600.0    ; C_3-O2,GLU,ASP   
   


[ pairs ]
;  ai    aj   funct           c0           c1           c2           c3
  

[angles]
;  ai    aj   ak     funct      c0       c1            c2            c3
    2     1    3       1     180.000    235.2   ; CT-C_3-O2 GLU(OL)     SCH JPC 79,2379


[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al  funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
   

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            q0        cq
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
2楼2010-03-30 12:21:58
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):呵呵 2010-03-30 17:03
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-30 12:21:58:

;;;;;; LACTIC ACID  LAC   

[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
LAC            3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      m ...

这个是接下来的，一个文件打不下。
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
3楼2010-03-30 12:22:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
非常好，请问有相应的文献吗？
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-03-30 13:00:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-31 09:15
在JPCC上，是浙江大学王勇做的，你在ACS里面搜索王勇看看。题目好像是TMGL吸附CO2和SO2的分子模拟研究。
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
5楼2010-03-30 22:18:40
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
文章好像是2007年的。
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
6楼2010-03-30 22:24:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zyj8119 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭