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ppshanshanqiu

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】急!溶剂化老出错,有关SCRF=read 已有7人参与

在算一个分子的溶剂化优化的时候,因为出现了下面的错误提示:
United Atom Topological Model (UA0  parameters set).
UA0: Hydrogen   34 has 2 bounds. Keep it explicit at all point on the
UA0: potential energy surface to get meaningful results.


于是改用下面输入文件:
# opt freq=noraman b3lyp/3-21g scrf=(solvent=water,read) scf=tight
。。。。。。
sphereonh=34

结果出现错误:
Using the following non-standard input for PCM:
sphereonh=34
End of line while reading PCM input.

于是改成了:
# opt freq=noraman b3lyp/3-21g scrf=(solvent=water,read) scf=tight
。。。。。
Radii=UFF

结果还是相似的错误提示

请问到底应该怎么改啊,快崩溃了,求人指点,难道是我选定的PCM模型有关系,但是以前算类似结构的时候就用sphereonh就能解决的啊,
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libostar

金虫 (正式写手)

不是很了解
2楼2010-03-25 22:40:53
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recoli

金虫 (正式写手)

★ ★
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aylayl08(金币+1):谢谢回帖交流 2010-04-20 18:28
Hydrogen   34 has 2 bounds

Check your molecular structure for bad contacts.
3楼2010-03-25 23:47:23
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ppshanshanqiu

铜虫 (小有名气)

谢谢楼上的回复,是这样的,结构中的第34号H是羟基上的H,和旁边的一个O形成了氢键,所以有上面的错误提示,只是我不知道应该怎么处理这个错误,继续求达人指点!
4楼2010-03-26 09:31:53
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wjh225


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问你的问题是怎么样解决的?我现在也遇到和你一样的情况,不知如何解决?非常感谢你的指导!
5楼2010-04-19 21:52:49
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czyzsu

专家顾问 (文坛精英)


★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zhou2009(金币+1): 2010-04-20 09:50
最近用G03不能处理的溶剂化问题,G09能够就能够顺利计算了!楼主可以试用G09。
6楼2010-04-19 23:53:16
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

★ ★
zhou2009(金币+2): 2010-04-20 09:50
出现End of line while reading PCM input.的原因是你没有在文件末尾添加一个空行导致的,与其他因素无关。
你采用sphereonh=N或者radii=uff都是比较好的解决你提到的问题的方法。
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
7楼2010-04-20 09:45:33
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大雪纷扬

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
有相同的问题,请问你的问题是怎么样解决的?我现在也遇到和你一样的情况,不知道如何解决?
8楼2010-08-26 13:52:30
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angela1888

新虫 (初入文坛)

ss

★ ★
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zhou2009(金币+1): 2010-09-17 14:12:56
可以试试radii=bondi
9楼2010-09-16 14:59:02
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recoli

金虫 (正式写手)

★ ★
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zhou2009(金币+1): 2010-09-17 14:12:44
文件末尾空两行啊LZ
10楼2010-09-16 19:55:00
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