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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【分享】转换Gaussian 09的output为Gaussian 03的格式

众所周知，Gaussian 09的输出格式和03格式有些不同，因此，原来能够正确读取03的output的可视化软件在读取09的output是会出现问题，下面这个脚本可以将09的格式转化为03的格式，从而能够被可视化软件正确读取。

#!/bin/bash
if [ "$#" -eq 0 ]; then echo -e "2010 by Lorenz Blum\nMakes gaussian09 output readable by molekel5.4\nUsage: $0 input output";exit;fi

#Gaussian 03: Otherwise it guesses it a Gaussian 94 outputfile, Density Matrix: To recognize the density matrix, Eigenvalues: To visualize the MOs, Atom AN: To see spectra
cat $1 | sed "s/Gaussian 09/Gaussian 03/" | sed "s/Eigenvalues -- /EIGENVALUES -- /" | sed "s/Density Matrix:/DENSITY MATRIX./"  | sed "s/ Atom  AN/Atom AN/" > $


这个脚本可以在Molekel的主页上下载：http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/Main/DownloadBinary
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1楼2010-03-24 21:58:10
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好强！

我当时也直迷糊，
读不了怎么办？
看了以下molden的说明
发现4.8版本，只要你编译的对 就可以读取结果。。。。
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
2楼2010-03-24 23:03:04
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
高手们，能否根据这个脚本解释一下G09和G03结果文件的差异子在哪了？
我们不会编程啊。
谢谢！
赞一下(1人) 回复此楼
前途光明，出路难觅！
3楼2010-03-25 07:53:48
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
其实上面这个脚本很简单的，就是用sed进行简单的查找替换而已，Gaussian 09和03的差别在于：
       Gaussian 09             Gaussian 03
1.    “Gaussian 09”           “Gaussian 03”
2.    “Eigenvalues -- ”       “EIGENVALUES -- ”
3.    “Density Matrix:”       “DENSITY MATRIX.”
4.    “ Atom  AN”              “Atom AN”

可以看出，除了第一点不同之外，其他的其实完全没必要更改。
引用回帖:
Originally posted by lihb734 at 2010-03-25 07:53:48:
高手们，能否根据这个脚本解释一下G09和G03结果文件的差异子在哪了？
我们不会编程啊。
谢谢！

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4楼2010-03-25 08:43:55
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2):我也是这么干滴！ 2010-03-25 21:20
错，重点在第四点：
03版本是“Atom AN”，而09版本是“Atom  AN”，仔细看，03版本中间是一个空格，09版本中间是两个空格。其他的不改也能看，这个必须改。
赞一下(3人) 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2010-03-25 10:09:34
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狼外婆

金虫 (著名写手)
同意楼上的！
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6楼2010-03-25 18:06:20
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
哎，我把自己的意思写错了，所以才造成了这样的误会。我本来的意思是Gaussian公司根本没必要更改后面四项。
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-03-25 10:09:34:
错，重点在第四点：
03版本是“Atom AN”，而09版本是“Atom  AN”，仔细看，03版本中间是一个空格，09版本中间是两个空格。其他的不改也能看，这个必须改。

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7楼2010-03-25 18:44:30
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
误会误会。呵呵。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
8楼2010-03-25 23:30:37
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