[交流] 【求助】物质的初始结构

Originally posted by fooo at 2010-03-25 02:40:52:
如果是小分子初始构型的键长和键角不确定，可以自己写，比如H2O，O-H键定义为1.0或1.2都没关系，最后都能优化到稳定构型；但大分子不能这样，因为构象太多，最好用软件建模；如果实在不知道初始构型，没办法，用可 ...

Originally posted by dreamyeye at 2010-03-23 23:23:00:
对一个物质，如果我们画的初始结构不同，比如键长有微小的差别，那么优化的结果页会有微小的不同，那请问我们在画物质的初始结构时键长应该按照什么标准来画？如果物质不全有文献参考的话。

Originally posted by fooo at 2010-03-24 04:26:34:
如果仅仅是键长有微小的差别，优化出来的构型应该是一样的，特别是小分子，计算初始构型差别比较大也没太大关系，但大分子对于初始构型的要求会比较多，因为它的构象多。至于标准嘛，也不见得有，最好有实验数据或 ...

Originally posted by dreamyeye at 2010-03-24 08:03:44:

那如果就是小分子初始构型的键长和键角不确定呢，也没有文献参考值，那样初始构型的键长和键角值不同时，优化出的结构的相应数值也有微小的不同，但是是在小数点后的第二位或者第三位才有不同的，分子的基本构型 ...