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dreamyeye

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】物质的初始结构

对一个物质，如果我们画的初始结构不同，比如键长有微小的差别，那么优化的结果页会有微小的不同，那请问我们在画物质的初始结构时键长应该按照什么标准来画？如果物质不全有文献参考的话。
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1楼 2010-03-23 23:23:00
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fooo

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+3): 2010-03-24 19:11
如果仅仅是键长有微小的差别，优化出来的构型应该是一样的，特别是小分子，计算初始构型差别比较大也没太大关系，但大分子对于初始构型的要求会比较多，因为它的构象多。至于标准嘛，也不见得有，最好有实验数据或文献参考，否则，如果必须自己做，那就得把所有的可能都考虑进去。
引用回帖:
Originally posted by dreamyeye at 2010-03-23 23:23:00:
对一个物质，如果我们画的初始结构不同，比如键长有微小的差别，那么优化的结果页会有微小的不同，那请问我们在画物质的初始结构时键长应该按照什么标准来画？如果物质不全有文献参考的话。

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2楼2010-03-24 04:26:34
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dreamyeye

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2010-03-24 04:26:34:
如果仅仅是键长有微小的差别，优化出来的构型应该是一样的，特别是小分子，计算初始构型差别比较大也没太大关系，但大分子对于初始构型的要求会比较多，因为它的构象多。至于标准嘛，也不见得有，最好有实验数据或 ...

那如果就是小分子初始构型的键长和键角不确定呢，也没有文献参考值，那样初始构型的键长和键角值不同时，优化出的结构的相应数值也有微小的不同，但是是在小数点后的第二位或者第三位才有不同的，分子的基本构型还是一样的，这个我是试过的，请问这样改如何处理啊？
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3楼2010-03-24 08:03:44
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fooo

金虫 (正式写手)
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yjcmwgk(金币+2): 2010-03-25 11:58
如果是小分子初始构型的键长和键角不确定，可以自己写，比如H2O，O-H键定义为1.0或1.2都没关系，最后都能优化到稳定构型；但大分子不能这样，因为构象太多，最好用软件建模；如果实在不知道初始构型，没办法，用可用分子力学方法进行构象搜索，先搜索到一些可能的构象，再用量子化学方法优化，从中找出所需要的构型来。
引用回帖:
Originally posted by dreamyeye at 2010-03-24 08:03:44:

那如果就是小分子初始构型的键长和键角不确定呢，也没有文献参考值，那样初始构型的键长和键角值不同时，优化出的结构的相应数值也有微小的不同，但是是在小数点后的第二位或者第三位才有不同的，分子的基本构型 ...

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4楼2010-03-25 02:40:52
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dreamyeye

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2010-03-25 02:40:52:
如果是小分子初始构型的键长和键角不确定，可以自己写，比如H2O，O-H键定义为1.0或1.2都没关系，最后都能优化到稳定构型；但大分子不能这样，因为构象太多，最好用软件建模；如果实在不知道初始构型，没办法，用可 ...

多谢指教！！
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5楼2010-03-25 19:34:51
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