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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】讨论下怎么用VMD生成DLPOLY的输入文件？
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】讨论下怎么用VMD生成DLPOLY的输入文件？

看到有人说VMD也可以生成DLPOLY的输入文件，很奇怪。。。
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好好学习，天天向上。
1楼2010-03-22 20:08:45
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-23 10:39
这个是我说的吧。呵呵。
我很久不用VMD。只是记得VMD可以直接打开DLPOLY的HISTORY，我猜想也许它也可以打开CONFIG或者REVCON文件。不知道是不是这样。

其实，使用任何分子图形软件都是可以的，只需要经过一点点并不复杂的处理，完成一个文件转换罢了。

你如果在这方面实在有困难，你可以告诉我，你常用的分子图形软件是什么，我可以帮你写一个小小的程序，把你的CONFIG或者REVCON文件转换成你所需要的格式。
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2楼2010-03-23 10:18:46
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 10:18:46:
这个是我说的吧。呵呵。
我很久不用VMD。只是记得VMD可以直接打开DLPOLY的HISTORY，我猜想也许它也可以打开CONFIG或者REVCON文件。不知道是不是这样。

其实，使用任何分子图形软件都是可以的，只需要经过一点 ...

你用什么语言？我也想学习学习，你如果有程序，我一般常用MS生成结构，你写的程序有注释嘛？给我看看？谢谢兄弟。
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3楼2010-03-23 10:37:00
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 10:18:46:
这个是我说的吧。呵呵。
我很久不用VMD。只是记得VMD可以直接打开DLPOLY的HISTORY，我猜想也许它也可以打开CONFIG或者REVCON文件。不知道是不是这样。

其实，使用任何分子图形软件都是可以的，只需要经过一点 ...

谢谢大王兄，授人以鱼不如授人以渔，我们学会了，可以带动更多的人，哈哈。
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4楼2010-03-23 10:49:37
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-23 11:44
我倒没有现成的程序。因为我生成的CONFIG一般不用图形工具看。
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5楼2010-03-23 11:39:49
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 11:39:49:
我倒没有现成的程序。因为我生成的CONFIG一般不用图形工具看。

那大王兄，你是怎么得到CONFIG文件的呢？
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6楼2010-03-23 11:41:13
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-24 10:39
CONFIG文件，我也是通过其它软件生成的，然后转换成CONFIG。你究竟是想把其它文件格式转成CONFIG，还是要把CONFIG转成其它格式？
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7楼2010-03-23 14:02:14
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 14:02:14:
CONFIG文件，我也是通过其它软件生成的，然后转换成CONFIG。你究竟是想把其它文件格式转成CONFIG，还是要把CONFIG转成其它格式？

我是想从MATERIAL STUDIO生成结构，然后保存为PDB格式，然后想用程序转化为CONFIG文件。
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8楼2010-03-23 14:51:21
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-23 19:50
我一般不用PDB。你可以发给我一个PDB文件做模板，我来把它搞成CONFIG。但是你如果能输出成XYZ文件，则会更加简单。
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9楼2010-03-23 16:38:55
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 16:38:55:
我一般不用PDB。你可以发给我一个PDB文件做模板，我来把它搞成CONFIG。但是你如果能输出成XYZ文件，则会更加简单。

看来你一般是用GUI生成吗？
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10楼2010-03-23 20:45:27
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