[交流] 【求助】讨论下怎么用VMD生成DLPOLY的输入文件？

» 猜你喜欢

好好学习，天天向上。

1楼 2010-03-22 20:08:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-23 10:39

这个是我说的吧。呵呵。
我很久不用VMD。只是记得VMD可以直接打开DLPOLY的HISTORY，我猜想也许它也可以打开CONFIG或者REVCON文件。不知道是不是这样。

其实，使用任何分子图形软件都是可以的，只需要经过一点点并不复杂的处理，完成一个文件转换罢了。

你如果在这方面实在有困难，你可以告诉我，你常用的分子图形软件是什么，我可以帮你写一个小小的程序，把你的CONFIG或者REVCON文件转换成你所需要的格式。

2楼2010-03-23 10:18:46

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
贵宾: 0.003
金币: 915.1
散金: 1440
红花: 35
帖子: 2936
在线: 1329.4小时
虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 10:18:46:
这个是我说的吧。呵呵。
我很久不用VMD。只是记得VMD可以直接打开DLPOLY的HISTORY，我猜想也许它也可以打开CONFIG或者REVCON文件。不知道是不是这样。

其实，使用任何分子图形软件都是可以的，只需要经过一点 ...

你用什么语言？我也想学习学习，你如果有程序，我一般常用MS生成结构，你写的程序有注释嘛？给我看看？谢谢兄弟。

好好学习，天天向上。

3楼2010-03-23 10:37:00

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
贵宾: 0.003
金币: 915.1
散金: 1440
红花: 35
帖子: 2936
在线: 1329.4小时
虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

谢谢大王兄，授人以鱼不如授人以渔，我们学会了，可以带动更多的人，哈哈。

好好学习，天天向上。

4楼2010-03-23 10:49:37

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-23 11:44

我倒没有现成的程序。因为我生成的CONFIG一般不用图形工具看。

5楼2010-03-23 11:39:49

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
贵宾: 0.003
金币: 915.1
散金: 1440
红花: 35
帖子: 2936
在线: 1329.4小时
虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 11:39:49:
我倒没有现成的程序。因为我生成的CONFIG一般不用图形工具看。

那大王兄，你是怎么得到CONFIG文件的呢？

好好学习，天天向上。

6楼2010-03-23 11:41:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-24 10:39

CONFIG文件，我也是通过其它软件生成的，然后转换成CONFIG。你究竟是想把其它文件格式转成CONFIG，还是要把CONFIG转成其它格式？

7楼2010-03-23 14:02:14

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
贵宾: 0.003
金币: 915.1
散金: 1440
红花: 35
帖子: 2936
在线: 1329.4小时
虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 14:02:14:
CONFIG文件，我也是通过其它软件生成的，然后转换成CONFIG。你究竟是想把其它文件格式转成CONFIG，还是要把CONFIG转成其它格式？

我是想从MATERIAL STUDIO生成结构，然后保存为PDB格式，然后想用程序转化为CONFIG文件。

好好学习，天天向上。

8楼2010-03-23 14:51:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-23 19:50

我一般不用PDB。你可以发给我一个PDB文件做模板，我来把它搞成CONFIG。但是你如果能输出成XYZ文件，则会更加简单。

9楼2010-03-23 16:38:55

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
贵宾: 0.003
金币: 915.1
散金: 1440
红花: 35
帖子: 2936
在线: 1329.4小时
虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-03-23 16:38:55:
我一般不用PDB。你可以发给我一个PDB文件做模板，我来把它搞成CONFIG。但是你如果能输出成XYZ文件，则会更加简单。

看来你一般是用GUI生成吗？