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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Abinit » 【求助】RF计算出错，参数设置问题？
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非天之翼蓝羽

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】RF计算出错，参数设置问题？

以下为输入文件：
   ndtset   2      
# Set 1 :
  ionmov1   2      
   ntime1   5      
  tolmxf1   5.0d-5  
  natfix1   8      
  iatfix1   1 1 2 3 3 3 3 3
# Set 2 :
dilatmx2   1.5     
getxred2   -1      
  getwfk2   -1      
  ionmov2   2      
   ntime2   10      
optcell2   2      
  tolmxf2   5.0d-5  
strfact2   100     
strprecon   0.1     
  natfix2   8      
  iatfix2   1 1 2 3 3 3 3  3  
#Common input data
  acell   11.1275  22.2447  15.5455 ＃Bhor单位      
  angdeg  90 90 90
spgroup 55
ntypat   3
  znucl   82 40 8
  natom   8
  typat   1 1 2 3 3 3 3 3
   xred   0.7085  0.1300  0.0000
          0.7117  0.1246  0.5000
          0.2423  0.1242  0.2536
          0.2912  0.1009  0.0000
          0.2761  0.1585  0.5000
          0.0284  0.2606  0.2207
          0.5000  0.0000  0.3022
          0.0000  0.0000  0.2822
  nband   25            
   ecut   8.0           
ecutsm   0.5            
kptopt   1              
  ngkpt   4 4 4         
nshiftk   1            
shiftk   0.5 0.5 0.5   
diemac   3.0           
   iscf   5              
  nstep   60            
tolvrs   1.0d-14

这几天进行了粗浅的尝试和反思，但运行还是出现了问题：

首先是软件貌似不识别我输入的参数，acell，angdeg，xred三者应该可以确定空间群了吧？我想应该输出的是pbam，但是output中：
DATASET    1 : space group P1 (#  1); Bravais aP (primitive triclinic)

另外输出文件还有warning：
ntime=    5 was not enough Broyd/MD steps to converge gradients:
  max grad (force/stress) = 2.9312E-02 > tolmxf= 5.0000E-05 ha/bohr (free atoms)
nstep=   60 was not enough SCF cycles to converge;
  potential residual=  4.822E-10 exceeds tolvrs=  1.000E-14
ntime=   10 was not enough Broyd/MD steps to converge gradients:
  max grad (force/stress) = 5.9921E-02 > tolmxf= 5.0000E-05 ha/bohr (free atoms)
不知道在这种情况下是应该增加ntime，nstep还是降低tolvrs跟tolmxf呢?

求教了。。。

[ Last edited by 非天之翼蓝羽 on 2010-3-29 at 22:19 ]
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1楼2010-03-22 18:42:38
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非天之翼蓝羽

金虫 (初入文坛)
顶一下，继续求助中，渴盼关注。。。

[ Last edited by 非天之翼蓝羽 on 2010-3-24 at 16:16 ]
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2楼2010-03-23 10:10:02
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非天之翼蓝羽

金虫 (初入文坛)
是问题太简单了么？
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3楼2010-03-24 16:16:12
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非天之翼蓝羽

金虫 (初入文坛)
恳请专家关注……
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4楼2010-03-26 10:08:21
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lono75

铁杆木虫 (著名写手)
非天之翼蓝羽(金币+2):感谢讨论。。 2010-03-26 14:59
有一点不明白
natom 5
xred
怎么有8个原子坐标

#Definition of the unit cell
acell 7.3775 7.3775 7.8570   #relax it
rprim
1.0 0.0 0.0
0.0 1.0 0.0
0.0 0.0 1.0

#Definition of the atoms
natom 5
typat 1 2 3 3 3
xred
0.0 0.0 0.0
0.5 0.5 0.5
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5

[ Last edited by lono75 on 2010-3-26 at 21:49 ]
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由天命,成人事！
5楼2010-03-26 13:28:06
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非天之翼蓝羽

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by lono75 at 2010-03-26 13:28:06:
有一点不明白
natom 5
xred
怎么有8个原子坐标

我觉得前面出的问题可能来自坐标问题，锆酸铅晶体钙钛矿体心立方结构，晶胞内是有5个原子，但坐标是直接参考文献上的fractional coordinates。沃克夫位置：
Pb1 (4g) 0.6991 0.1228 0.0000
Pb2 (4h)  0.7056 0.1294 0.5000
Zr (8i) 0.2414 0.1248 0.2486
O1 (4g) 0.2756 0.1560 0.0000
O18 (4g) 0.3011 0.0956 0.5000
O2 (8i) 0.0317 0.2622 0.2798
O3 (4f) 0.0000 0.5000 0.2026
O4 (4e) 0.0000 0.0000 0.2293
我也很是疑惑。。唉。固体物理知识太匮乏。。。
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6楼2010-03-26 14:58:10
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)
非天之翼蓝羽(金币+5):非常感谢~ 2010-03-27 11:13
那么也应该是
natom 8
typat 1 1  2 3 3 3 3 3


增加ntime，nstep还是降低tolvrs跟tolmxf可以同时进行啊
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储氢家族欢迎储氢研究者！
7楼2010-03-27 01:46:23
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非天之翼蓝羽

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zxzj05 at 2010-03-27 01:46:23:
那么也应该是
natom 8
typat 1 1  2 3 3 3 3 3


增加ntime，nstep还是降低tolvrs跟tolmxf可以同时进行啊

就是说文献里的fractional coordinates可以直接用不需要换算哈？非常感谢，我试试~
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8楼2010-03-27 11:12:51
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wenyun0876

木虫 (正式写手)

老木虫
★
非天之翼蓝羽(金币+8):非常感谢，那么我该如何指定空间群呢？rprim我用angdeg代替了，应该可行吧？谢谢！ 2010-03-27 16:04
qli0218(金币+1):谢谢 2010-04-01 18:54
不指定空间群的话，对acell、xred、rprim的要求很严，误差大一点系统就会误判或无法识别而认为是1.

[ Last edited by wenyun0876 on 2010-3-27 at 14:31 ]
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胸无块垒心常泰，腹有诗书气自华！
9楼2010-03-27 14:27:11
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非天之翼蓝羽

金虫 (初入文坛)
根据大家的意见，更新了输入文件：
natfix   8      
  iatfix   1 1 2 3 3 3 3 3
指定了spgroup 55
xred仍然采用了参考文献里的实验值坐标——我所找的晶体结构cif格式可以在ms导出来，用写字板打开就得到晶体的结构数据——但是log里还是出错了：
symatm : WARNING -
  Trouble finding symmetrically equivalent atoms
  Applying inv of symm number  2 to atom number   1  of typat  1
  gives tratom= -7.0850E-01 -1.3000E-01  0.0000E+00.
  This is further away from every atom in crystal than the allowed tolerance.
  The inverse symmetry matrix is -1  0  0
                                  0 -1  0
                                  0  0  1
  and the nonsymmorphic transl. tnons =    0.0000000    0.0000000    0.0000000
  The nearest coordinate differs by -4.170E-01 -2.600E-01  0.000E+00
  for indsym(nearest atom)=    1

  This indicates that when symatm attempts to find atoms symmetrically
  related to a given atom, the nearest candidate is further away than some
  tolerance.  Should check atomic coordinates and symmetry group input data.

请教为什么用实验值还是会出错呢？原cif文件里，pbam空间群跟xred共存得很好啊。。。
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10楼2010-03-29 22:18:52
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