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【求助】RF计算出错，参数设置问题？
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以下为输入文件： ndtset 2 # Set 1 : ionmov1 2 ntime1 5 tolmxf1 5.0d-5 natfix1 8 iatfix1 1 1 2 3 3 3 3 3 # Set 2 : dilatmx2 1.5 getxred2 -1 getwfk2 -1 ionmov2 2 ntime2 10 optcell2 2 tolmxf2 5.0d-5 strfact2 100 strprecon 0.1 natfix2 8 iatfix2 1 1 2 3 3 3 3 3 #Common input data acell 11.1275 22.2447 15.5455 ＃Bhor单位 angdeg 90 90 90 spgroup 55 ntypat 3 znucl 82 40 8 natom 8 typat 1 1 2 3 3 3 3 3 xred 0.7085 0.1300 0.0000 0.7117 0.1246 0.5000 0.2423 0.1242 0.2536 0.2912 0.1009 0.0000 0.2761 0.1585 0.5000 0.0284 0.2606 0.2207 0.5000 0.0000 0.3022 0.0000 0.0000 0.2822 nband 25 ecut 8.0 ecutsm 0.5 kptopt 1 ngkpt 4 4 4 nshiftk 1 shiftk 0.5 0.5 0.5 diemac 3.0 iscf 5 nstep 60 tolvrs 1.0d-14 这几天进行了粗浅的尝试和反思，但运行还是出现了问题： 首先是软件貌似不识别我输入的参数，acell，angdeg，xred三者应该可以确定空间群了吧？我想应该输出的是pbam，但是output中： DATASET 1 : space group P1 (# 1); Bravais aP (primitive triclinic) 另外输出文件还有warning： ntime= 5 was not enough Broyd/MD steps to converge gradients: max grad (force/stress) = 2.9312E-02 > tolmxf= 5.0000E-05 ha/bohr (free atoms) nstep= 60 was not enough SCF cycles to converge; potential residual= 4.822E-10 exceeds tolvrs= 1.000E-14 ntime= 10 was not enough Broyd/MD steps to converge gradients: max grad (force/stress) = 5.9921E-02 > tolmxf= 5.0000E-05 ha/bohr (free atoms) 不知道在这种情况下是应该增加ntime，nstep还是降低tolvrs跟tolmxf呢  ?求教了。。。 [ Last edited by 非天之翼蓝羽 on 2010-3-29 at 22:19 ] |
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4楼2010-03-26 10:08:21
lono75
铁杆木虫 (著名写手)
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非天之翼蓝羽(金币+2):感谢讨论。。 2010-03-26 14:59
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有一点不明白 natom 5 xred 怎么有8个原子坐标 #Definition of the unit cell acell 7.3775 7.3775 7.8570 #relax it rprim 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 #Definition of the atoms natom 5 typat 1 2 3 3 3 xred 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 [ Last edited by lono75 on 2010-3-26 at 21:49 ] |
5楼2010-03-26 13:28:06
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我觉得前面出的问题可能来自坐标问题，锆酸铅晶体钙钛矿体心立方结构，晶胞内是有5个原子，但坐标是直接参考文献上的fractional coordinates。沃克夫位置： Pb1 (4g) 0.6991 0.1228 0.0000 Pb2 (4h) 0.7056 0.1294 0.5000 Zr (8i) 0.2414 0.1248 0.2486 O1 (4g) 0.2756 0.1560 0.0000 O18 (4g) 0.3011 0.0956 0.5000 O2 (8i) 0.0317 0.2622 0.2798 O3 (4f) 0.0000 0.5000 0.2026 O4 (4e) 0.0000 0.0000 0.2293 我也很是疑惑。。唉。固体物理知识太匮乏。。。 |
6楼2010-03-26 14:58:10
zxzj05
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7楼2010-03-27 01:46:23
8楼2010-03-27 11:12:51
wenyun0876
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9楼2010-03-27 14:27:11
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根据大家的意见，更新了输入文件： natfix 8 iatfix 1 1 2 3 3 3 3 3 指定了spgroup 55 xred仍然采用了参考文献里的实验值坐标——我所找的晶体结构cif格式可以在ms导出来，用写字板打开就得到晶体的结构数据——但是log里还是出错了： symatm : WARNING - Trouble finding symmetrically equivalent atoms Applying inv of symm number 2 to atom number 1 of typat 1 gives tratom= -7.0850E-01 -1.3000E-01 0.0000E+00. This is further away from every atom in crystal than the allowed tolerance. The inverse symmetry matrix is -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 and the nonsymmorphic transl. tnons = 0.0000000 0.0000000 0.0000000 The nearest coordinate differs by -4.170E-01 -2.600E-01 0.000E+00 for indsym(nearest atom)= 1 This indicates that when symatm attempts to find atoms symmetrically related to a given atom, the nearest candidate is further away than some tolerance. Should check atomic coordinates and symmetry group input data. 请教为什么用实验值还是会出错呢？原cif文件里，pbam空间群跟xred共存得很好啊。。。 |
10楼2010-03-29 22:18:52
