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zxwasd

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】构型优化计算

大家好，我最近在做一个氨基酸分子的优化，分子是用gaussview中氨基酸库画出来的，优化的命令为：# opt freq rb3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity,优化的基组与文献相同，但结果与文献的差别很大，看优化构型，与文献的也明显不同。问了一下，说初始结构与人家的不同，我怎么能确保我输入的初始结构是合理的或正确的？是否要找到最优构象，如果是该如何做？
另，我的能量似乎也有波动，请大家指点，谢谢！

SCF Done: E(RB+HF-LYP)
1 -800.691659498000
2 -800.697552148000
3 -800.698367068000
4 -800.698539566000
5 -800.698614460000
6 -800.698661897000
7 -800.698660705000
8 -800.698690923000
9 -800.698710726000
10 -800.698723086000
11 -800.698728686000
12 -800.698731498000
13 -800.698733063000
14 -800.698731623000
15 -800.698733576000
16 -800.698733685000
17 -800.698734365000
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21 -800.698734391000
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1楼2010-03-20 16:12:06

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fooo

金虫 (正式写手)

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管辖: 量子化学

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3): 2010-03-23 13:36

氨基酸本来就是有很多个构象的，所以不敢说是你还是文献中谁是对的。最好根据文献中给的构象再算一下，跟你自己的构象做个比较，应该就能搞清楚了。
另外氨基酸中往往存在氢键，B3LYP不见得是个好的选择。

引用回帖:

Originally posted by zxwasd at 2010-03-20 16:12:06:
大家好，我最近在做一个氨基酸分子的优化，分子是用gaussview中氨基酸库画出来的，优化的命令为：# opt freq rb3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity,优化的基组与文献相同，但结果与文献的差别很大，看优化构型 ...