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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zxwasd

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】构型优化计算

大家好，我最近在做一个氨基酸分子的优化，分子是用gaussview中氨基酸库画出来的，优化的命令为：# opt freq rb3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity,优化的基组与文献相同，但结果与文献的差别很大，看优化构型，与文献的也明显不同。问了一下，说初始结构与人家的不同，我怎么能确保我输入的初始结构是合理的或正确的？是否要找到最优构象，如果是该如何做？
另，我的能量似乎也有波动，请大家指点，谢谢！

        SCF Done:  E(RB+HF-LYP)
1        -800.691659498000
2        -800.697552148000
3        -800.698367068000
4        -800.698539566000
5        -800.698614460000
6        -800.698661897000
7        -800.698660705000
8        -800.698690923000
9        -800.698710726000
10        -800.698723086000
11        -800.698728686000
12        -800.698731498000
13        -800.698733063000
14        -800.698731623000
15        -800.698733576000
16        -800.698733685000
17        -800.698734365000
18        -800.698734389000
19        -800.698734386000
20        -800.698734398000
21        -800.698734391000
22        -800.698734401000
23        -800.698734395000
24        -800.698734395000
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1楼 2010-03-20 16:12:06
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
你只是说优化的基组和文献相同，那方法呢？文献里也是用B3LYP吗？
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
2楼2010-03-20 16:29:41
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zxwasd

金虫 (小有名气)
方法和基组都一样！
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3楼2010-03-20 22:20:46
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zxwasd

金虫 (小有名气)
希望高手指点，谢谢！
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4楼2010-03-21 09:43:35
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zxwasd

金虫 (小有名气)
5楼2010-03-21 18:46:25
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fooo

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3): 2010-03-23 13:36
氨基酸本来就是有很多个构象的，所以不敢说是你还是文献中谁是对的。最好根据文献中给的构象再算一下，跟你自己的构象做个比较，应该就能搞清楚了。
另外氨基酸中往往存在氢键，B3LYP不见得是个好的选择。
引用回帖:
Originally posted by zxwasd at 2010-03-20 16:12:06:
大家好，我最近在做一个氨基酸分子的优化，分子是用gaussview中氨基酸库画出来的，优化的命令为：# opt freq rb3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity,优化的基组与文献相同，但结果与文献的差别很大，看优化构型 ...

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6楼2010-03-22 02:26:33
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jxzhao

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
对分子的PES进行全扫描，找到最低能量结构，就是你得初始结构
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7楼2010-03-22 08:59:36
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tiechong

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
应该是有好几个能量极小值的点，要么参照文献里的结构改变初始构型再优化，或者直接扫描势能面
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8楼2010-03-22 10:53:44
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
有的时候要勇敢地质疑文献、否定文献，肯定自己。只要对自己有信心，就敢跟前人吵架、
如果文献一定总是对的，那么科学也就不用发展了，是吧？
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9楼2010-03-22 13:43:19
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zxwasd

金虫 (小有名气)
谢谢大家的指点！
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10楼2010-03-22 18:56:52
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