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wdzst

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】GOLD支持的原子类型和键型有哪些

请问使用GOLD做对接,配体小分子的原子类型和键型有哪些?谢谢!
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mollyzhang

铁杆木虫 (著名写手)

楼主能不能将gold 给我发一份呢?

或者告诉我下载的网址

谢谢了zliming2004@163.com
3楼2010-03-20 11:42:12
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hug_wind

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
wdzst(金币+30):原来手册里面就有,不过还是谢谢了! 2010-03-18 17:46
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-03-18 17:56
GOLD与Sybyl是一样的

原子类型:

Hydrogen        
H

Carbon sp3        
C.3

Carbon sp2        
C.2

Carbon sp        
C.1

Carbon aromatic        
C.ar

Carbocation (guanadinium)        
C.cat

Nitrogen sp3        
N.3

Nitrogen sp2        
N.2

Nitrogen sp        
N.1

Nitrogen aromatic, e.g. in pyridine        
N.ar

Nitrogen amide        
N.am

Nitrogen trigonal planar, e.g. in nitro, pyrrole        
N.pl3

Nitrogen sp3 positively charged, e.g. in lysine        
N.4

Oxygen sp3        
O.3

Oxygen sp2        
O.2

Oxygen in carboxylates and phosphates        
O.co2

Sulphur sp3        
S.3

Sulphur sp2        
S.2

Sulphoxide sulphur        
S.o

Sulphone sulphur        
S.o2

Phosphorus sp3        
P.3

Halogens, metals        
normal element symbols, e.g. F, Cl, Ca, Zn

键型:

single        
1

double        
2

triple        
3

aromatic        
ar

amide        
am

delocalised, e.g. in carboxylate, guanidinium        
ar
2楼2010-03-18 17:40:29
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