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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】FORTRAN编程添加原子 已有1人参与

【求助】在MS导出的文件中,按照规则添加原子

上个帖子我说了,可以把晶体结构保存为PDB格式,比如说,我要在一个沸石结构上表面添加氨基,那么像这样的程序为什么运行不出来?
    OPEN(10,FILE="MFI.PDB",POSITION="ASIS",ACTION="READWRITE",STATUS="OLD"
        OPEN(60,FILE="MFINEW.PDB",STATUS="REPLACE"
        READ(10,"(A80)"ATOMNUM,XXX,YYY,ZZZ
C     %计算新加入的第一个原子与原来骨架距离%
             DO  XXX=1,7776,1
         DO  YYY=1,7776,1
          DO  ZZZ=1,7776,1
           CALL RAND(XNEW)
           CALL RAND(YNEW)
           CALL RAND(ZNEW)
20           IF SQRT(((XNEW-XXX)**2+(YNEW-YYY)**2+(ZNEW-ZZZ)**2).LT.0.05)
            THEN
                WRITE(20,“(4A7)"ATOMNUM,XXNEW,YYNEW,ZZNEW
                ELSE               
           END IF
          END DO
         END DO
        END DO
C      %计算新加入的第二个原子与原来骨架距离%
        DO  XXX=1,7777,1
         DO  YYY=1,7777,1
          DO  ZZZ=1,7777,1
           CALL RAND(XXNEW)
           CALL RAND(YYNEW)
           CALL RAND(ZZNEW)
30           IF SQRT(((XXNEW-XXX)**2+(YYNEW-YYY)**2+(ZZNEW-ZZZ)**2).LT.0.05)
            THEN
                WRITE(30,“(4A7)"ATOMNUM,XXNEW,YYNEW,ZZNEW
                ELSE                        
           END IF
          END DO
         END DO
        END DO
C     %计算新加入的第三个原子与原来骨架距离%
        DO  XXX=1,7778,1
         DO  YYY=1,7778,1
          DO  ZZZ=1,7778,1
           CALL RAND(XXXNEW)
           CALL RAND(YYYNEW)
           CALL RAND(ZZZNEW)
40          IF SQRT(((XXXNEW-XXX)**2+(YYYNEW-YYY)**2+(ZZZNEW-ZZZ)**2).LT.0.0
          5 )THEN
          WRITE(40,“(4A7)"ATOMNUM,XNEW,YNEW,ZNEW
          ELSE
          END IF
          END DO
         END DO
        END DO
      WRITE(60,“(10A7)"ATOMNUM,XNEW,YNEW,ZNEW,XXNEW,YYNEW,ZZNEW,XXXNE
        W,YYNEW,ZZNEW,XXXNEW,YYYNEW,ZZZNEW
      END

               SUBROUTINE RAND(M)
        DOUBLE PRECISION S,U,V,R
        S=65536.0
        U=2053.0
        V=13849.0
        M=R/S
        R=R-M*S
        R=U*R+V
        M=R/S
        R=R-M*S
        NRND1=R/S
        RETURN
        END
我的思想是读入文件,然后再骨架中,引用随机数,随即的插入原子,只有当心加入的原子与原来原子的距离小于0.05的时候,才认为成键了,不知道这样的做法对不对?在FORTRAN编译器中,读入文件,对文件操作需要把文件和程序放在一个文件夹里面。
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zyj8119

木虫 (著名写手)

PROGRAM MAIN
      INTEGER INUM,JNUM,KNUM
        REAL XNEW,YNEW,ZNEW,XXNEW,YYNEW,ZZNEW,XXXNEW,YYYNEW,ZZZNEW,XXX,
     &YYY,ZZZ
        OPEN(10,FILE="MFI.PDB",STATUS="OLD"
        OPEN(20,FILE="MFI2.PDB",STATUS="NEW"
        OPEN(30,FILE="MFI3.PDB",STATUS="NEW"
        OPEN(40,FILE="MFI4.PDB",STATUS="NEW"
        READ(10,*)INUM,XXX,YYY,ZZZ
           DO  INUM=1,7776
           XNEW=RAN0(INUM)
           YNEW=RAN0(INUM)
           ZNEW=RAN0(INUM)
           O=SQRT((XNEW-XXX)**2+(YNEW-YYY)**2+(ZNEW-ZZZ)**2)
          IF ((O.LE.1.51).AND.(O.GT.0))THEN
                WRITE(20,*)INUM,XNEW,YNEW,ZNEW
                ELSE
                WRITE(20,*)'ERROR'               
          END IF
        END DO
        DO  JNUM=1,INUM
           XXNEW=RAN0(JNUM)
           YYNEW=RAN0(JNUM)
           ZZNEW=RAN0(JNUM)
           P=SQRT((XXNEW-XNEW)**2+(YYNEW-YNEW)**2+(ZZNEW-ZNEW)**2)
          IF ((P.LE.1.51).AND.(P.GT.0))THEN
                WRITE(30,*)JNUM,XXNEW,YYNEW,ZZNEW
                ELSE                        
           WRITE(30,*)'ERROR'
          END IF
        END DO
      DO  KNUM=1,JNUM
           XXXNEW=RAN0(KNUM)
           YYYNEW=RAN0(KNUM)
           ZZZNEW=RAN0(KNUM)
        Q=SQRT((XXXNEW-XXNEW)**2+(YYYNEW-YYNEW)**2+(ZZZNEW-ZZNEW)**2)
        IF ((Q.LE.1.51).AND.(Q.GT.0))THEN
          WRITE(40,*)KNUM,XXXNEW,YYYNEW,ZZZNEW
          ELSE
          WRITE(40,*)'ERROR'
          END IF
        END DO
        END
       

      FUNCTION RAN0(IDUM)
        INTEGER IDUM,IA,IM,IQ,IR,MASK
        REAL RAN0,AM
        PARAMETER(IA=16807,IM=2147483647,AM=1./IM,
     &IQ=127773,IR=2836,MASK=123459876)
      INTEGER K
        IDUM=IEOR(IDUM,MASK)
        K=IDUM/IQ
        IDUM=IA*(IDUM-K*IQ)-IR*K
        IF(IDUM<0)IDUM=IDUM+IM
        RAN0=AM*IDUM
        IDUM=IEOR(IDUM,MASK)
        END
       
这样的话,编译能通过了,但是不知道为什么运行不出来?我就是在MFI.PDB这个文件中,随机插入一些原子,首先插入第一种,然后插入第二种,。。。
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2楼2010-03-17 23:13:22
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zyj8119

木虫 (著名写手)

运行显示错误时CNNOT OVERWRITE EXISTING ATOMS
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3楼2010-03-18 13:51:34
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zyj8119

木虫 (著名写手)

自己顶下。。。
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4楼2010-04-14 00:42:33
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