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【求助】FORTRAN编程添加原子 已有1人参与
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【求助】在MS导出的文件中，按照规则添加原子 上个帖子我说了，可以把晶体结构保存为PDB格式，比如说，我要在一个沸石结构上表面添加氨基，那么像这样的程序为什么运行不出来？ OPEN(10,FILE="MFI.PDB",POSITION="ASIS",ACTION="READWRITE",STATUS="OLD"  OPEN(60,FILE="MFINEW.PDB",STATUS="REPLACE" READ(10,"(A80)" ATOMNUM,XXX,YYY,ZZZC %计算新加入的第一个原子与原来骨架距离% DO XXX=1,7776,1 DO YYY=1,7776,1 DO ZZZ=1,7776,1 CALL RAND(XNEW) CALL RAND(YNEW) CALL RAND(ZNEW) 20 IF SQRT(((XNEW-XXX)**2+(YNEW-YYY)**2+(ZNEW-ZZZ)**2).LT.0.05) THEN WRITE(20,“(4A7)" ATOMNUM,XXNEW,YYNEW,ZZNEWELSE END IF END DO END DO END DO C %计算新加入的第二个原子与原来骨架距离% DO XXX=1,7777,1 DO YYY=1,7777,1 DO ZZZ=1,7777,1 CALL RAND(XXNEW) CALL RAND(YYNEW) CALL RAND(ZZNEW) 30 IF SQRT(((XXNEW-XXX)**2+(YYNEW-YYY)**2+(ZZNEW-ZZZ)**2).LT.0.05) THEN WRITE(30,“(4A7)" ATOMNUM,XXNEW,YYNEW,ZZNEWELSE END IF END DO END DO END DO C %计算新加入的第三个原子与原来骨架距离% DO XXX=1,7778,1 DO YYY=1,7778,1 DO ZZZ=1,7778,1 CALL RAND(XXXNEW) CALL RAND(YYYNEW) CALL RAND(ZZZNEW) 40 IF SQRT(((XXXNEW-XXX)**2+(YYYNEW-YYY)**2+(ZZZNEW-ZZZ)**2).LT.0.0 5 )THEN WRITE(40,“(4A7)" ATOMNUM,XNEW,YNEW,ZNEWELSE END IF END DO END DO END DO WRITE(60,“(10A7)" ATOMNUM,XNEW,YNEW,ZNEW,XXNEW,YYNEW,ZZNEW,XXXNEW,YYNEW,ZZNEW,XXXNEW,YYYNEW,ZZZNEW END SUBROUTINE RAND(M) DOUBLE PRECISION S,U,V,R S=65536.0 U=2053.0 V=13849.0 M=R/S R=R-M*S R=U*R+V M=R/S R=R-M*S NRND1=R/S RETURN END 我的思想是读入文件，然后再骨架中，引用随机数，随即的插入原子，只有当心加入的原子与原来原子的距离小于0.05的时候，才认为成键了，不知道这样的做法对不对？在FORTRAN编译器中，读入文件，对文件操作需要把文件和程序放在一个文件夹里面。 |
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PROGRAM MAIN INTEGER INUM,JNUM,KNUM REAL XNEW,YNEW,ZNEW,XXNEW,YYNEW,ZZNEW,XXXNEW,YYYNEW,ZZZNEW,XXX, &YYY,ZZZ OPEN(10,FILE="MFI.PDB",STATUS="OLD" OPEN(20,FILE="MFI2.PDB",STATUS="NEW" OPEN(30,FILE="MFI3.PDB",STATUS="NEW" OPEN(40,FILE="MFI4.PDB",STATUS="NEW" READ(10,*)INUM,XXX,YYY,ZZZ DO INUM=1,7776 XNEW=RAN0(INUM) YNEW=RAN0(INUM) ZNEW=RAN0(INUM) O=SQRT((XNEW-XXX)**2+(YNEW-YYY)**2+(ZNEW-ZZZ)**2) IF ((O.LE.1.51).AND.(O.GT.0))THEN WRITE(20,*)INUM,XNEW,YNEW,ZNEW ELSE WRITE(20,*)'ERROR' END IF END DO DO JNUM=1,INUM XXNEW=RAN0(JNUM) YYNEW=RAN0(JNUM) ZZNEW=RAN0(JNUM) P=SQRT((XXNEW-XNEW)**2+(YYNEW-YNEW)**2+(ZZNEW-ZNEW)**2) IF ((P.LE.1.51).AND.(P.GT.0))THEN WRITE(30,*)JNUM,XXNEW,YYNEW,ZZNEW ELSE WRITE(30,*)'ERROR' END IF END DO DO KNUM=1,JNUM XXXNEW=RAN0(KNUM) YYYNEW=RAN0(KNUM) ZZZNEW=RAN0(KNUM) Q=SQRT((XXXNEW-XXNEW)**2+(YYYNEW-YYNEW)**2+(ZZZNEW-ZZNEW)**2) IF ((Q.LE.1.51).AND.(Q.GT.0))THEN WRITE(40,*)KNUM,XXXNEW,YYYNEW,ZZZNEW ELSE WRITE(40,*)'ERROR' END IF END DO END FUNCTION RAN0(IDUM) INTEGER IDUM,IA,IM,IQ,IR,MASK REAL RAN0,AM PARAMETER(IA=16807,IM=2147483647,AM=1./IM, &IQ=127773,IR=2836,MASK=123459876) INTEGER K IDUM=IEOR(IDUM,MASK) K=IDUM/IQ IDUM=IA*(IDUM-K*IQ)-IR*K IF(IDUM<0)IDUM=IDUM+IM RAN0=AM*IDUM IDUM=IEOR(IDUM,MASK) END 这样的话，编译能通过了，但是不知道为什么运行不出来？我就是在MFI.PDB这个文件中，随机插入一些原子，首先插入第一种，然后插入第二种，。。。 |
2楼2010-03-17 23:13:22
3楼2010-03-18 13:51:34
4楼2010-04-14 00:42:33