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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR求助
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Niclo2008

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】PCR求助

在下要PCR 某病毒的某段基因，但是这个基因在NCBI上没有序列公布，我已根据与此基因有一定相似性的基因设计引物来扩了，但至今也未扩出，不知各位高手有何其他方法。这段基因大概长2500bp,此病毒至今未研究深入，NCBI上只有其三段基因公布。与其相似性最高的病毒相似性也只有50%左右。所以很恼火。感谢各位帮助。
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1楼 2010-03-15 17:10:51
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linzhou922

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2): 2010-03-15 17:41
相似性只有50%，太低了，至少也要70%才能考虑使用你上面所说的策略，核酸序列相似性只有50%，个人觉得，对你的研究来说没有什么意义，也就是说和你的病毒的基因序列不相似。
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2楼2010-03-15 17:18:06
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3): 2010-03-15 17:41
对啊，相似性太低了，不可能做出来的，简并引物都没法设计啊
不过在编码区找找，看看有没有可能找到相似度高一点的区域，就是相对保守的区域，我说的是已知的那个几个病毒比对的结果，然后设计引物，看看有没有结果
如果出带，大小差别不是太大的，都切胶回收，克隆测序
如果不出带，在保守区再设计一对引物，将两组引物组合，设计巢式PCR，增加特异性，有可能会扩出来
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3楼2010-03-15 17:37:14
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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我之前也遇到过你这种情况，只能根据其他物种和模式生物设计引物，怎么也扩不出来，扩了半年，后来看到一篇文章，公布了很多相关序列号，我在想，我之前怎么那么笨呢，不知道别人用什么手段搜到的，小日本鬼子的生物信息学比我们学的好吗。你再仔细搜搜，一年的时间会有很多新的序列会被传上去，再搜的结果可能跟一年前不一样
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不知道什么是生活了，也不知道生活是什么了
4楼2010-03-15 20:38:34
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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)
同一个种属的没有相关序列很正常，你就看同一个目的，不行就看同一纲的，很可能有。我就是根据同一个目的2个基因设计的引物，现在扩出了一条跟目的条带很接近的带，准备去测序了
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不知道什么是生活了，也不知道生活是什么了
5楼2010-03-15 20:41:44
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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)
同一个目的基因同源性还是比较高的
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不知道什么是生活了，也不知道生活是什么了
6楼2010-03-15 20:42:41
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Niclo2008

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by Niclo2008 at 2010-03-15 17:10:51:
在下要PCR 某病毒的某段基因，但是这个基因在NCBI上没有序列公布，我已根据与此基因有一定相似性的基因设计引物来扩了，但至今也未扩出，不知各位高手有何其他方法。这段基因大概长2500bp,此病毒至今未研究深入， ...

谢谢帮助！
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7楼2010-03-16 19:44:55
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Niclo2008

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by linzhou922 at 2010-03-15 17:18:06:
相似性只有50%，太低了，至少也要70%才能考虑使用你上面所说的策略，核酸序列相似性只有50%，个人觉得，对你的研究来说没有什么意义，也就是说和你的病毒的基因序列不相似。

谢谢帮助！
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8楼2010-03-16 19:45:51
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Niclo2008

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-03-15 17:37:14:
对啊，相似性太低了，不可能做出来的，简并引物都没法设计啊
不过在编码区找找，看看有没有可能找到相似度高一点的区域，就是相对保守的区域，我说的是已知的那个几个病毒比对的结果，然后设计引物，看看有没有结 ...

谢谢！
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9楼2010-03-16 19:54:24
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