应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR求助
91/1返回列表
查看: 426  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

Niclo2008

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】PCR求助

在下要PCR 某病毒的某段基因，但是这个基因在NCBI上没有序列公布，我已根据与此基因有一定相似性的基因设计引物来扩了，但至今也未扩出，不知各位高手有何其他方法。这段基因大概长2500bp,此病毒至今未研究深入，NCBI上只有其三段基因公布。与其相似性最高的病毒相似性也只有50%左右。所以很恼火。感谢各位帮助。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-03-15 17:10:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linzhou922

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2): 2010-03-15 17:41
相似性只有50%，太低了，至少也要70%才能考虑使用你上面所说的策略，核酸序列相似性只有50%，个人觉得，对你的研究来说没有什么意义，也就是说和你的病毒的基因序列不相似。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-03-15 17:18:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3): 2010-03-15 17:41
对啊，相似性太低了，不可能做出来的，简并引物都没法设计啊
不过在编码区找找，看看有没有可能找到相似度高一点的区域，就是相对保守的区域，我说的是已知的那个几个病毒比对的结果，然后设计引物，看看有没有结果
如果出带，大小差别不是太大的，都切胶回收，克隆测序
如果不出带，在保守区再设计一对引物，将两组引物组合，设计巢式PCR，增加特异性，有可能会扩出来
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-03-15 17:37:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我之前也遇到过你这种情况，只能根据其他物种和模式生物设计引物，怎么也扩不出来，扩了半年，后来看到一篇文章，公布了很多相关序列号，我在想，我之前怎么那么笨呢，不知道别人用什么手段搜到的，小日本鬼子的生物信息学比我们学的好吗。你再仔细搜搜，一年的时间会有很多新的序列会被传上去，再搜的结果可能跟一年前不一样
赞一下(1人) 回复此楼
不知道什么是生活了，也不知道生活是什么了
4楼2010-03-15 20:38:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)
同一个种属的没有相关序列很正常，你就看同一个目的，不行就看同一纲的，很可能有。我就是根据同一个目的2个基因设计的引物，现在扩出了一条跟目的条带很接近的带，准备去测序了
赞一下 回复此楼
不知道什么是生活了，也不知道生活是什么了
5楼2010-03-15 20:41:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)
同一个目的基因同源性还是比较高的
赞一下 回复此楼
不知道什么是生活了，也不知道生活是什么了
6楼2010-03-15 20:42:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Niclo2008

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by Niclo2008 at 2010-03-15 17:10:51:
在下要PCR 某病毒的某段基因，但是这个基因在NCBI上没有序列公布，我已根据与此基因有一定相似性的基因设计引物来扩了，但至今也未扩出，不知各位高手有何其他方法。这段基因大概长2500bp,此病毒至今未研究深入， ...

谢谢帮助！
回复此楼
7楼2010-03-16 19:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Niclo2008

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by linzhou922 at 2010-03-15 17:18:06:
相似性只有50%，太低了，至少也要70%才能考虑使用你上面所说的策略，核酸序列相似性只有50%，个人觉得，对你的研究来说没有什么意义，也就是说和你的病毒的基因序列不相似。

谢谢帮助！
回复此楼
8楼2010-03-16 19:45:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Niclo2008

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-03-15 17:37:14:
对啊，相似性太低了，不可能做出来的，简并引物都没法设计啊
不过在编码区找找，看看有没有可能找到相似度高一点的区域，就是相对保守的区域，我说的是已知的那个几个病毒比对的结果，然后设计引物，看看有没有结 ...

谢谢！
回复此楼
9楼2010-03-16 19:54:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Niclo2008 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0860004 求调剂 309分 +8 Yin DY 2026-04-08 8/400 2026-04-11 12:32 by zhq0425
[考研] 327求调剂 +4 拾光任染 2026-04-06 4/200 2026-04-11 12:01 by Delta2012
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 还有化工二轮调剂的学校吗 5+14 化工人999 2026-04-09 48/2400 2026-04-11 10:27 by 89436494
[考研] 288求调剂 +15 代fish 2026-04-09 16/800 2026-04-11 10:26 by wwj2530616
[考研] 复试调剂 +9 积极向上； 2026-04-10 11/550 2026-04-11 09:25 by 猪会飞
[考研] 计算机类求调剂，22408-274分 +7 上岸de小虫 2026-04-09 8/400 2026-04-10 19:56 by fxue1114
[考研] 307求调剂 +8 tzq94092 2026-04-10 8/400 2026-04-10 17:33 by 286640313
[考研] 336材料与化工085600求调剂 +21 水星记infp 2026-04-05 24/1200 2026-04-10 15:28 by luoyongfeng
[考研] 生物学调剂，一志愿西南大学348，Top期刊一区二作、二区三作，三等奖学金三次 +4 candyyyi 2026-04-09 4/200 2026-04-09 18:39 by l_paradox
[考研] 材料专硕初试分332一志愿西北工业大学， +12 故人?? 2026-04-09 12/600 2026-04-09 18:34 by Ccclqqq
[考研] 288求调剂 +15 没有答案_ 2026-04-05 15/750 2026-04-09 10:22 by 5268321
[考研] 生物学328分求调剂 +9 闪电kkl 2026-04-08 10/500 2026-04-08 21:42 by liuhuiying09
[考研] 318求调剂 +13 ykyhsa 2026-04-05 15/750 2026-04-08 21:37 by wj165256
[考研] 307分材料专业求调剂 +12 Hll胡 2026-04-05 12/600 2026-04-08 16:33 by luoyongfeng
[考研] 263分B区求调剂 +6 李nihao 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:38 by 南开小綦
[考研] 生物医药调剂｜SCI中科院三区一作+多项科研成果 +8 likangxing 2026-04-07 11/550 2026-04-08 00:02 by lys0704
[考研] 333求调剂 +6 合乘杨习夕 2026-04-06 6/300 2026-04-07 09:44 by 猪会飞
[考研] 专硕304找调剂，一线城市最好 +3 李lsl李 2026-04-05 3/150 2026-04-06 12:16 by ffffjjjj
[考研] 313求调剂 +3 海日海日 2026-04-04 3/150 2026-04-05 07:48 by 544594351
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭