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【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 cxy3358519 的 16 个金币

cxy3358519

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物设计

1 ctcctctctc cgccggcaac cttattggta tcaagaaaaa cttgtcgaaa aatacacagg
       61 gcacaatgtg cggaggcgcc atcctcgcgg agctgatccc gccgacgcgg cgcgtggcgt
      121 cgaagccggt gacagaaggc cacctctggt cggcgagctc caagaaagcc ggcagcggca
      181 gggacaagag gcaccagcac gaatacgccg acgatgactt cgaggccgcc ttcgaggact
      241 tcgacgacga ctttgacgtg catgaagacg acgaggacgg ccacttcgta ttctcgtcca
      301 aatccgcctt gtccccagcc ctgcacgacg ggcgcgcggc gagccagaag aagcagcgcg
      361 ggcgccagtt ccgcggcatc cggcagcggc cctggggcaa gtgggcggcg gagatccgcg
      421 acccgcacaa gggcacccgc gtctggctcg gcaccttcag caccgccgag gacgccgccc
      481 gggcctacga cgtggaggcg cgccgcctcc gcggcagcaa ggccaaggtc aacttccccg
      541 cagccagcgg tcgcgctcgc ggtcgcgcgc gcccacgccg cggcgacgac ggcaacccac
      601 gaaccgcgcc ggaaacgcag cacccagcac agcccgctct gctgcctcga ggagagagag
      661 agacgcagag gaaggaaggg atcgccgccg tgaagccaga agctacggag tcgttcgacg
      721 tgggcggcgg tctcttcttc gacatggcct tccccacctt cccagcctcg ccgccgccgc
      781 aggccgtgga tacgtccttc gccggcagca ccgccacgtc ggagaccggg agccccgcga
      841 agaggccgag atgcgacgaa gactcgtccg agggcggcag cggctccgcg ctggagctcg
      901 ctgacgagct ggcgttcgac ccgtttgtgc tgctgcagat gccctactcg ggtgggtacg
      961 acgacgactc actggacggc cttttcgccg cagatgaggc cgtgcagcag gacgtgggca
     1021 acggcatgga cggcgtccgc ctgtggagct tcgacgagtt ccccgccgtc gacggttctg
     1081 ttttctgacg tttgcttact acgtactact actattttct gcctggtgga atcatatgtg
     1141 atagtgctgc atgtgtctgc ctgatcgtca gattgtactc cactctggat atttgtgcta
     1201 cgtactcgtc tggtatttcc tactgtgggt caatggttcc tatgaatttg ttcacgtcgg
     1261 cgaaactctg tattgtacgg tcgtgattga tgtgccaaat taaataagcc tgtgaacctg
     1321 gttctatgta tatatggtat cttgattatg
//
上面的就是我的目的cDNA序列,我想扩增ORF全长,但是几个月来一直扩增不出来,不知道是反转录的cDNA不完全的原因还是引物的原因。
PS:S1 第46位5'  CGAAAAATACACAGGGCACA  AT3'
R1  5'  ACAGGCTTATTTAATTTGGCAC 3'第1313位
希望高手们帮我分析一下,感激不尽!
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hfztim

至尊木虫 (正式写手)


1949stone(金币+1): 2010-03-15 11:23
cxy3358519(金币+2): 2010-03-15 12:18
大概来看引物设计是对的,不知是否可以与内部有特异的互补呀。
另用二步法试试。
2楼2010-03-15 10:30:29
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

cxy3358519(金币+2): 2010-03-15 12:20
对啊,设计个巢式引物,半巢式也行,扩出来的可能性较大
3楼2010-03-15 12:07:02
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cxy3358519

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by cxy3358519 at 2010-03-15 10:06:06:
1 ctcctctctc cgccggcaac cttattggta tcaagaaaaa cttgtcgaaa aatacacagg
       61 gcacaatgtg cggaggcgcc atcctcgcgg agctgatccc gccgacgcgg cgcgtggcgt
      121 cgaagccggt gacagaaggc cacctctggt cggcgagc ...

请问一下二步法是什么?
4楼2010-03-15 12:22:28
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
amisking(金币+3): 2010-03-15 20:28
我不知道两步法是什么,巢式PCR就是两步,是不是指同一个东西呢
巢式PCR就是说设计两套引物,其中一对在另一对内部,先跑外面的一对,然后以第一次PCR产物为模板,跑内部的一对引物,第一对不出带很正常,一般第二对都会出带。半巢式就是说第二对引物有一条和第一对一样
5楼2010-03-15 13:53:41
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yangjunzju

木虫 (正式写手)

很高端嘛
6楼2010-03-15 18:28:21
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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)


amisking(金币+1): 2010-03-15 20:28
你引物是怎么设计的,看不懂下游的。我一般以mRNA为模板设计,你这个的序列号是多少,基因库里有吗
不知道什么是生活了,也不知道生活是什么了
7楼2010-03-15 20:22:09
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