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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】为什么PCR实际扩增的带比目的条带短

我要扩增一个基因的核心序列,之前从来没人做过,基因库里找不到序列号,我参照其他物种自己设计了4对引物,有一对扩出了东西,电泳跑出了一条很亮的带,但比预先的目的条带短100多BP,不过还没有测序,不知道是不是我要的条带。之前扩增另外一个基因也是这样,实际扩出的带都比目标带短,我想知道是为什么,有哪位高人能告诉我,在下将感激不尽!
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不知道什么是生活了,也不知道生活是什么了
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★
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1949stone(金币+1): 2010-03-15 11:20
我经常找到的短或者长,测序才能知道,等待测序结果吧,有的时候电泳不准,有的时候有插入或者缺失序列,有的时候还会片段不全,比如我跑的3RACE,就在polyA一端缺一段,只能设计引物继续了
2楼2010-03-14 19:23:19
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Charlie1331

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
100多bp肉眼不容易看出来的啊。也有可能是延伸时间短了点。
3楼2010-03-14 20:06:14
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yangjunzju

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也有这种疑问,期待高人指点
4楼2010-03-14 20:23:22
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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)

电泳用的是DNA Ladder,短100多bp是看的出来的
不知道什么是生活了,也不知道生活是什么了
5楼2010-03-15 09:34:00
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xj22667

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
个人认为该物种这个基因序列可能就比其他物种的这个短一些呢 建议测序后再决定下一步实验吧
6楼2010-03-15 15:28:48
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桂花啊

铁虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
个人认为好像是设计引物时出了问题吧
7楼2010-03-31 22:37:45
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siben

铜虫 (小有名气)

电泳条带很宽的话,就看下边缘,大概多少就多少!

另外,扩出比自己短的片段很可能因为引物特异性不强,或者说有片段重叠等等,首先得把引物确认好,看有没问题!这个最重要
最近很困惑!
8楼2010-04-01 21:16:29
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