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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】为什么PCR实际扩增的带比目的条带短
汕头大学海洋科学接受调剂
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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】为什么PCR实际扩增的带比目的条带短

我要扩增一个基因的核心序列，之前从来没人做过，基因库里找不到序列号，我参照其他物种自己设计了4对引物，有一对扩出了东西，电泳跑出了一条很亮的带，但比预先的目的条带短100多BP，不过还没有测序，不知道是不是我要的条带。之前扩增另外一个基因也是这样，实际扩出的带都比目标带短，我想知道是为什么，有哪位高人能告诉我，在下将感激不尽！
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不知道什么是生活了，也不知道生活是什么了
1楼 2010-03-14 17:38:52
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★
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1949stone(金币+1): 2010-03-15 11:20
我经常找到的短或者长，测序才能知道，等待测序结果吧，有的时候电泳不准，有的时候有插入或者缺失序列，有的时候还会片段不全，比如我跑的3RACE，就在polyA一端缺一段，只能设计引物继续了
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2楼2010-03-14 19:23:19
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Charlie1331

金虫 (正式写手)
★
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100多bp肉眼不容易看出来的啊。也有可能是延伸时间短了点。
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3楼2010-03-14 20:06:14
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yangjunzju

木虫 (正式写手)
★
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我也有这种疑问，期待高人指点
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4楼2010-03-14 20:23:22
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阳光金鱼唐

金虫 (著名写手)
电泳用的是DNA Ladder，短100多bp是看的出来的
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不知道什么是生活了，也不知道生活是什么了
5楼2010-03-15 09:34:00
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xj22667

银虫 (小有名气)
★
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个人认为该物种这个基因序列可能就比其他物种的这个短一些呢 建议测序后再决定下一步实验吧
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6楼2010-03-15 15:28:48
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桂花啊

铁虫 (初入文坛)
★
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个人认为好像是设计引物时出了问题吧
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7楼2010-03-31 22:37:45
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siben

铜虫 (小有名气)
电泳条带很宽的话，就看下边缘，大概多少就多少！

另外，扩出比自己短的片段很可能因为引物特异性不强，或者说有片段重叠等等，首先得把引物确认好，看有没问题！这个最重要
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最近很困惑！
8楼2010-04-01 21:16:29
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