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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】固定原子过渡态计算问题
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liujodan

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】固定原子过渡态计算问题

各位大侠，由于我的模型较大，所以在计算过渡态的时候，需要固定模型中的一部分原子。问题是，我能否用TS计算上述固定原子模型的过渡态？如果可以，请详细指教，谢谢大家~
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1楼2010-03-13 20:10:59
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467266420

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3): 2010-03-14 12:32
liujodan(金币+2): 2010-03-14 05:41
引用回帖:
Originally posted by liujodan at 2010-03-13 20:10:59:
各位大侠，由于我的模型较大，所以在计算过渡态的时候，需要固定模型中的一部分原子。问题是，我能否用TS计算上述固定原子模型的过渡态？如果可以，请详细指教，谢谢大家~

你的模型大，你可以用HF或半经验的方法来算啊，如果你非要采用固定原子的办法也是可以的，你只需在分子说明项之后注明那些是要冻结的即可（比如冻结5，8号原子之间的距离：5  8  1.094        F）
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2楼2010-03-14 10:58:47
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王中学

木虫 (正式写手)

海边拾贝的顽童
★
yjcmwgk(金币+1): 2010-03-14 12:32
liujodan(金币+1): 2010-03-14 05:41
我做得和你的差不多，我也是固定一部分原子找的过渡态
我是用直角坐标 然后用0和-1固定原子的
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君当如兰，幽谷长风，宁静志远
3楼2010-03-14 11:25:36
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liujodan

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 王中学 at 2010-03-13 22:25:36:
我做得和你的差不多，我也是固定一部分原子找的过渡态
我是用直角坐标 然后用0和-1固定原子的

很奇怪的是，我确实也是用了0 -1 来固定原子的，但是出来的结果却发下 固定的原子出现了移动，得到的模型与原来有很大的差别。请赐教~~
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4楼2010-03-14 18:43:17
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galaxyqtm

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2):当然……汗 2010-03-16 13:55
真的可以固定部分原子么？
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5楼2010-03-15 21:48:32
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galaxyqtm

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by galaxyqtm at 2010-03-15 21:48:32:
真的可以固定部分原子么？

我是说固定部分原子之后计算hessian有意义么
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6楼2010-03-17 00:03:03
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galaxyqtm

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by liujodan at 2010-03-14 18:43:17:



很奇怪的是，我确实也是用了0 -1 来固定原子的，但是出来的结果却发下 固定的原子出现了移动，得到的模型与原来有很大的差别。请赐教~~

check if cartisian --> internal transform converged
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7楼2010-03-17 00:04:25
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liujodan

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by galaxyqtm at 2010-03-16 11:04:25:

check if cartisian --> internal transform converged

不好意思，这是什么意思？
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8楼2010-03-17 09:38:48
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+2): 2010-04-01 17:40
引用回帖:
Originally posted by galaxyqtm at 2010-03-17 00:03:03:

我是说固定部分原子之后计算hessian有意义么

有意义的。比如用高精度方法计算了某一个片段的结构，后来在低精度计算中，为了保持这个片段的结构，而固定该片段，只优化其他部分。这在QM/MM中还是蛮有用的，在md中也特有用
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9楼2010-03-17 13:13:54
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liujodan

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-03-17 00:13:54:

有意义的。比如用高精度方法计算了某一个片段的结构，后来在低精度计算中，为了保持这个片段的结构，而固定该片段，只优化其他部分。这在QM/MM中还是蛮有用的，在md中也特有用

我做的一个体系就是您说的这种，但是我输入的模型已经固定好了，在计算TS的时候发下最后的结构发生了变化，固定的原子没有固定。请问这是什么问题啊。
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10楼2010-03-17 17:06:47
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