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tstsim

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】连接的怪事,求助

在做敲除同源重组法。目的片断来自大肠1.2kb,成功连于T载体-pmd19t;选用的抗性基因是氯霉素1kb,成功连于T载体-pmd19t,酶切位点只有唯一的一个---Afl II,位于目的片段的中间大约600bp处。
现分别将两个质粒用afl II酶切,回收,分别得到线性的连着目的片段的载体(切点在目的片段正中)和两端是该酶切位点的氯霉素片断,用t4连接酶kit连接,转化得到转化子十来个。
经菌落pcr验证,能够分别扩出目的片段1.2kb和氯霉素的1kb而不是理论上的1.2kb+1kb=2.2Kb。提出质粒用afl II 酶切却无法切动。
本人新手,重复上述试验3次,同样结果,因此绝非小概率实践,是否是目的片段的二级结构影响了连接?实在想不通,请各位指点!多谢!
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tstsim

铜虫 (初入文坛)

实在搞不懂!

用afl II 酶切和用ecorI , hind III 切理论上应是一致的,但却不一样,afl II 切出1.5k,而ecorI , hind III 只切出1.2K,太奇怪了!我想要不要换个克隆载体?或者换个抗性基因片段?
请指点
7楼2010-03-15 21:51:21
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mxbeaver

木虫 (著名写手)

浪滔滔~人渺渺~


tstsim(金币+1):谢谢参与
提的质粒多大?比pmd19t大多少?
3楼2010-03-13 10:09:54
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tstsim

铜虫 (初入文坛)

用菌落pcr扩目的片段和氯霉素都很亮啊,质粒明天提一下再看看,上次做质粒酶切(目的片段两端分别设计的双酶切位点ecorI, hind III),只有其中一个酶能切开了????就算没连上的话,也应该有两段的啊(t载体和目的片段=2.7kb+1.2kb)。难道连上后有的位点被封闭了或突变了(突变率没那么大吧)?大家能帮忙看看是怎么回事?多谢!
5楼2010-03-13 22:20:12
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Charlie1331

金虫 (正式写手)


tstsim(金币+1):谢谢参与
先回帖再看哈……
6楼2010-03-14 09:34:48
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