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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟

[交流] 【求助】VASP结构优化 forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

用VASP做结构优化，体系30个原子，运行到第二个Iteration的DAV1时计算中止，查看集群.e文件，里面说forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred，但OSZICAR里面没显示这个错误，只是运行到第二个Iteration的DAV1时中止，另外集群硬盘好像不怎么够了，是不是与这有关？谢谢大家……
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1楼 2010-03-12 08:42:03
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
calos818(金币+2):谢谢 2010-03-31 08:29
引用回帖:
Originally posted by calos818 at 2010-03-30 15:02:08:


谢谢你的回帖，问题是我还是不会解决这个问题，我不是集群管理员，是不是我的INCAR设置错误？谢谢！

参考这个使用ulimit -s来增加可用资源数
或者可以考虑下集群对任务是不是有资源限制。
http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-cn-ulimit/
引用回帖:
ulimit 功能简述
假设有这样一种情况，当一台 Linux 主机上同时登陆了 10 个人，在系统资源无限制的情况下，这 10 个用户同时打开了 500 个文档，而假设每个文档的大小有 10M，这时系统的内存资源就会受到巨大的挑战。
而实际应用的环境要比这种假设复杂的多，例如在一个嵌入式开发环境中，各方面的资源都是非常紧缺的，对于开启文件描述符的数量，分配堆栈的大小，CPU 时间，虚拟内存大小，等等，都有非常严格的要求。资源的合理限制和分配，不仅仅是保证系统可用性的必要条件，也与系统上软件运行的性能有着密不可分的联系。这时，ulimit 可以起到很大的作用，它是一种简单并且有效的实现资源限制的方式。
ulimit 用于限制 shell 启动进程所占用的资源，支持以下各种类型的限制：所创建的内核文件的大小、进程数据块的大小、Shell 进程创建文件的大小、内存锁住的大小、常驻内存集的大小、打开文件描述符的数量、分配堆栈的最大大小、CPU 时间、单个用户的最大线程数、Shell 进程所能使用的最大虚拟内存。同时，它支持硬资源和软资源的限制。
作为临时限制，ulimit 可以作用于通过使用其命令登录的 shell 会话，在会话终止时便结束限制，并不影响于其他 shell 会话。而对于长期的固定限制，ulimit 命令语句又可以被添加到由登录 shell 读取的文件中，作用于特定的 shell 用户。

[ Last edited by 锐利的碎片 on 2010-3-30 at 20:24 ]
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10楼2010-03-30 20:20:59
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neshque

新虫 (初入文坛)
★
calos818(金币+1): 2010-03-12 10:42
ice_rain(金币+1):xiexie~ 2010-03-13 16:25
这个问题一般与内存和硬盘有关系，而与程序本身无关。
你试着重启计算但不要清理硬盘空间，看问题是否再次发生。
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2楼2010-03-12 10:04:47
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happyjwx

木虫 (小有名气)
重启计算机。。。
楼主会被我们集体BS
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夜半追忆往昔
3楼2010-03-12 10:40:46
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kgdu

金虫 (正式写手)
我的也有类似的问题，编译出vasp，运行forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred，真是搞不懂！！
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4楼2010-03-12 11:34:39
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