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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】VASP结构优化 forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟

[交流] 【求助】VASP结构优化 forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

用VASP做结构优化，体系30个原子，运行到第二个Iteration的DAV1时计算中止，查看集群.e文件，里面说forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred，但OSZICAR里面没显示这个错误，只是运行到第二个Iteration的DAV1时中止，另外集群硬盘好像不怎么够了，是不是与这有关？谢谢大家……
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1楼 2010-03-12 08:42:03
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neshque

新虫 (初入文坛)
★
calos818(金币+1): 2010-03-12 10:42
ice_rain(金币+1):xiexie~ 2010-03-13 16:25
这个问题一般与内存和硬盘有关系，而与程序本身无关。
你试着重启计算但不要清理硬盘空间，看问题是否再次发生。
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2楼2010-03-12 10:04:47
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happyjwx

木虫 (小有名气)
重启计算机。。。
楼主会被我们集体BS
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夜半追忆往昔
3楼2010-03-12 10:40:46
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kgdu

金虫 (正式写手)
我的也有类似的问题，编译出vasp，运行forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred，真是搞不懂！！
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4楼2010-03-12 11:34:39
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟
引用回帖:
Originally posted by kgdu at 2010-03-12 11:34:39:
我的也有类似的问题，编译出vasp，运行forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred，真是搞不懂！！

到论坛里发发帖子，论坛里高人很多，加油！！
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5楼2010-03-12 12:35:56
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟
大伙说说啊，谢谢了
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6楼2010-03-17 20:36:48
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟
再次遇到这个问题，郁闷啊
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7楼2010-03-30 14:38:42
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
引用回帖:
Originally posted by calos818 at 2010-03-30 14:38:42:
再次遇到这个问题，郁闷啊

http://software.intel.com/en-us/forums/showthread.php?t=57110
引用回帖:
There are infinite possibilities.  Two articles I wrote for Windows Fortran would also be instructive for you.  These cover Access Violation (SEGV on Linux) and Stack Overflow. On Linux, you can try raising the stack limit with "ulimit -s" or "limit stacksizae unlimited" depending on your shell.  The key to identifying the cause is to find exactly WHERE in your program this error is occurring. Use of -traceback can help here.   Steve

好象是堆栈溢出。
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8楼2010-03-30 14:51:16
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟
引用回帖:
Originally posted by 锐利的碎片 at 2010-03-30 14:51:16:

http://software.intel.com/en-us/forums/showthread.php?t=57110


好象是堆栈溢出。

谢谢你的回帖，问题是我还是不会解决这个问题，我不是集群管理员，是不是我的INCAR设置错误？谢谢！
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9楼2010-03-30 15:02:08
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher
calos818(金币+2):谢谢 2010-03-31 08:29
引用回帖:
Originally posted by calos818 at 2010-03-30 15:02:08:


谢谢你的回帖，问题是我还是不会解决这个问题，我不是集群管理员，是不是我的INCAR设置错误？谢谢！

参考这个使用ulimit -s来增加可用资源数
或者可以考虑下集群对任务是不是有资源限制。
http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-cn-ulimit/
引用回帖:
ulimit 功能简述
假设有这样一种情况，当一台 Linux 主机上同时登陆了 10 个人，在系统资源无限制的情况下，这 10 个用户同时打开了 500 个文档，而假设每个文档的大小有 10M，这时系统的内存资源就会受到巨大的挑战。
而实际应用的环境要比这种假设复杂的多，例如在一个嵌入式开发环境中，各方面的资源都是非常紧缺的，对于开启文件描述符的数量，分配堆栈的大小，CPU 时间，虚拟内存大小，等等，都有非常严格的要求。资源的合理限制和分配，不仅仅是保证系统可用性的必要条件，也与系统上软件运行的性能有着密不可分的联系。这时，ulimit 可以起到很大的作用，它是一种简单并且有效的实现资源限制的方式。
ulimit 用于限制 shell 启动进程所占用的资源，支持以下各种类型的限制：所创建的内核文件的大小、进程数据块的大小、Shell 进程创建文件的大小、内存锁住的大小、常驻内存集的大小、打开文件描述符的数量、分配堆栈的最大大小、CPU 时间、单个用户的最大线程数、Shell 进程所能使用的最大虚拟内存。同时，它支持硬资源和软资源的限制。
作为临时限制，ulimit 可以作用于通过使用其命令登录的 shell 会话，在会话终止时便结束限制，并不影响于其他 shell 会话。而对于长期的固定限制，ulimit 命令语句又可以被添加到由登录 shell 读取的文件中，作用于特定的 shell 用户。

[ Last edited by 锐利的碎片 on 2010-3-30 at 20:24 ]
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10楼2010-03-30 20:20:59
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