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金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【求助】请问在gromacs里能实现金属酶的动力学模拟吗？

各位虫友好：
最近在用NAMD进行金属酶的分子动力学模拟，一直苦于没有金属离子的参数文件，想问问各位Gromacs能实现金属酶的分子动力学模拟不？包括辅酶和金属离子

1楼 2010-03-05 23:26:57

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金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2010-03-06 13:32:49:
不是没有,是你没找到
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namd本身没有任何原子的力场,它只是在使用charmm,amber和gmx的力场

呵呵~谢谢Bay兄的指导，我在Charmming中已经实现了金属酶的能量最小化了，采用的是GENRTF程序派生的参数文件，具体的步骤会贴出来，到时请兄弟帮忙看看这么样行不行~谢谢~

3楼2010-03-06 14:04:17

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金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-06 15:00

不是没有,是你没找到
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namd本身没有任何原子的力场,它只是在使用charmm,amber和gmx的力场

2楼2010-03-06 13:32:49

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