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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】算分子之间的氢键作用，单体需要优化吗？

请教各位：
算分子之间的氢键作用，单体需要优化吗？
比如算2个水分子，在优化复合物的结构之前是否先要分别优化单个水分子？
还是说直接优化复合物就行？
谢谢！
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1楼 2010-03-05 08:48:47
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caohuiming

铜虫 (初入文坛)
都要在同等水平下优化
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2楼2010-03-05 11:16:58
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3):还是要优化单体的。否则难以得到deltaE 2010-03-05 11:59
直接优化复合物就行。

但如果单体较大，先分别优化再优化复合物。
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3楼2010-03-05 11:43:27
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vigaryang

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2010-03-05 11:43:27:
直接优化复合物就行。

但如果单体较大，先分别优化再优化复合物。

如果我只是想优化得到这么一个复合物的构型，而不需要得到其相应的经过BSSED校正的deltaE，是不是可以不使用counterpoise=2关键词？因为体系较大，如果优化时加了counterpoise的话恐怕会慢很多。
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4楼2010-03-07 03:55:28
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hzfish

金虫 (正式写手)
必须的.
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5楼2010-03-07 11:30:32
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vigaryang

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看到板主对3楼的回复：
yjcmwgk(金币+3):还是要优化单体的。否则难以得到deltaE 2010-03-05 11:59

我对此有点不解。因为即使不优化单体而直接进行超分子构型优化，只要加入了counterpoise=2，不就能根据输出文件中的数据计算出 deltaE 吗？
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6楼2010-03-20 08:46:45
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zpppanda111

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
如果我只是想优化得到这么一个复合物的构型，而不需要得到BSSE，就不需要加counterpoise=2
分子之间的氢键作用，一般用能量来表示，即复合物能量减去两个单体的能量，则必须优化单体和复合物的能量，而且复合物要计算bsse，否则结果不会被审稿人认同
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7楼2010-03-20 09:42:18
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by vigaryang at 2010-03-20 08:46:45:
看到板主对3楼的回复：
yjcmwgk(金币+3):还是要优化单体的。否则难以得到deltaE 2010-03-05 11:59

我对此有点不解。因为即使不优化单体而直接进行超分子构型优化，只要加入了counterpoise=2，不就能根据输出文 ...

呵呵，这个怨我，我没说清楚，呵呵。这个deltaE是否包含形变能？如果要包含形变能，就算单体，反之不算
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8楼2010-03-20 10:48:44
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