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cw19991铁杆木虫 (著名写手)
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【求助】想做色谱固定相和手性分子之间作用的分子模拟
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| 想做色谱固定相和待分离的手性分子之间作用的分子模拟，不知道如何建立模型。我们的固定相一般用键合或者涂覆的办法将修饰的化合物接到硅胶上，现在主要想评价固定相的分离能力，有些文献上说用晶体数据库找到相关化合物数据，再来建模，不能直接在chem3D上绘制出分子结构，再去能量最低化吗？ |
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dacapo
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2楼2010-03-05 10:20:52
cw19991
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3楼2010-03-06 22:25:05
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4楼2010-03-07 09:20:36
cw19991
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5楼2010-03-07 22:52:18
ghcacj
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-08 11:46
cw19991(金币+5):谢谢!我们的材料都是自己合成的，晶体数据库（包括2009年）都没有相关数据，是不是必须用MS来建立模型？要做X-衍射吗？ 2010-03-08 15:14
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-08 11:46
cw19991(金币+5):谢谢!我们的材料都是自己合成的，晶体数据库（包括2009年）都没有相关数据，是不是必须用MS来建立模型？要做X-衍射吗？ 2010-03-08 15:14
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我就大致说下吧 1，首先在晶体数据库找到你的材料的晶胞模型，然后再建立待分离的分子的结构。 2，如果你们都不熟悉，就是用Materials Studio来做，建立晶胞和分子都比较简单。 3，使用Sorption模块来计算吸附，使用Discover模块来计算扩散。 大致是这样，这里面还有很多问题，只有边做边学了。 |
6楼2010-03-08 08:43:49
ghcacj
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cw19991(金币+6):谢谢!有问题再向您请教。 2010-03-08 15:25
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-08 17:08
cw19991(金币+6):谢谢!有问题再向您请教。 2010-03-08 15:25
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-08 17:08
| 是你们自己合成的？那不错，很有创新的空间，那么就需要一个懂得解析晶体结构的人，使用相关的软件，对你们合成的晶体结构做的单晶XRD图谱进行解析，这样就可以获得关于各个原子坐标的CIF文件。MS软件是可以导入这个CIF文件的。导入之后删除多余的原子，比如晶体中的杂质原子，某个原子的多个存在（保留一个即可），然后使用MS软件中的Forcite模块或者Dmol3模块对这个结果进行优化，包括空间位置的小范围调整等等，之后的过程就是我上面所说的。 |
7楼2010-03-08 15:18:41
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