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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 【求助】关于绝对构型的确定，急，在线等。
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forever1706

禁虫 (知名作家)

[交流] 【求助】关于绝对构型的确定，急，在线等。

现有一个数据，p212121, checkcif时出现如下A错：

PLAT035_ALERT_1_A No _chemical_absolute_configuration info given .    ?

在cif中找到Flack参数：

_refine_ls_abs_structure_Flack    -0.07(3)


怎样改正这个A类错误，还需要重新精修吗?如果不需要,在cif的什么地方加入绝对构型?
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1楼2010-03-03 09:35:55
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forever1706

禁虫 (知名作家)
PLAT035

PLAT035 Type_1 Check for _chemical_absolute_configuration

Options are 'rm', 'ad', 'rmad', 'syn', 'unk' or '.'
                     
rm   : absolute configuration established by the structure determination　　　　　　
　　　　of a compound containing a chiral reference molecule of known
        absolute configuration.
ad   : absolute configuration established by anomalous dispersion effects
        in diffraction measurements on the crystal.
rmad : absolute configuration established by the structure determination
        of a compound containing a chiral reference molecule of known
        absolute configuration and confirmed by anomalous dispersion
        effects in diffraction measurements on the crystal.
syn  : absolute configuration has not been established by anomalous
        dispersion effects in diffraction measurements on the crystal.
        The enantiomer has been assigned by reference to an unchanging
        chiral centre in the synthetic procedure.
unk  : absolute configuration is unknown, there being no firm chemical
        evidence for its assignment to hand and it having not been
        established by anomalous dispersion effects in diffraction
        measurements on the crystal. An arbitrary choice of enantiomer
        has been made.
.    : inapplicable.


这是checkcif的链接给出的信息，哪位大侠给讲解一下，没太看明白，很少接触手性的配合物。
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2楼2010-03-03 09:39:06
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wujinji

金虫 (正式写手)
forever1706(金币+2): 2010-03-03 11:12
帮顶，从FLACK看没问题啊，会不会定空间群定错了？
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3楼2010-03-03 10:01:16
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rchen

铜虫 (正式写手)
forever1706(金币+2): 2010-03-03 11:12
我以前遇到这样的问题 flack接近0表示绝对构型正确，flack接近1表示绝对构型错误，此时必须要翻转。对于大部分空间群，构型转换只需在INS文件中加入如下指令： MOVE 1 1 1 -1。可以看看陈晓明的书。
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4楼2010-03-03 10:01:37
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forever1706

禁虫 (知名作家)
在cif中找不到_chemical_absolute_configuration的项目，是不是需要手动添加进去啊?
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5楼2010-03-03 11:13:35
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forever1706

禁虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by rchen at 2010-03-03 10:01:37:
我以前遇到这样的问题 flack接近0表示绝对构型正确，flack接近1表示绝对构型错误，此时必须要翻转。对于大部分空间群，构型转换只需在INS文件中加入如下指令： MOVE 1 1 1 -1。可以看看陈晓明的书。

既然绝对构型正确，为什么还要翻转?要不要手动添加_chemical_absolute_configuration的信息啊?
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6楼2010-03-03 11:14:46
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monoclinic

木虫 (小有名气)
forever1706(金币+15): 2010-03-03 14:02
在分子量后面加上一行：

_chemical_absolute_configuration       '？？？'

引号里面填上该结构的构型，如“R” 或“S"
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7楼2010-03-03 13:42:23
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黄富平

铜虫 (小有名气)
不知道你的是什么结构 一般填个unk就行
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渤海之滨,白河之津,巍巍我南开精神
8楼2010-03-27 14:47:14
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erbao2828

金虫 (正式写手)
forever1706(金币+1): 2010-03-28 07:47
输入_chemical_absolute_configuration  r  就行
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9楼2010-03-27 19:48:00
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