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yalefield金虫 (文坛精英)
老汉一枚
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[交流]
【交流】胡盛志：英国剑桥晶体数据中心CCDC及其晶体数据库CSD
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胡盛志 在众多的晶体数据库当中, 位于英国剑桥大学的剑桥晶体数据库中心CCDC管理的数据库CSD极著盛名。它主要存储那些含有C-H 键的小分子晶体结构数据, 处理的分子原子总数在500以内。 不含C-H 键的无机物和大分子晶体数据库，则有著名的无机晶体结构数据库ICSD 和蛋白质数据库PDB。 此外专门收藏金属，矿物，粉末衍射和表面结构等等的数据库还有很多，它们针对不同的物质和方法。由于专业的限制，有的我一辈子可能不会与之交臂。 2009年圣诞节，收到CCDC邮寄来的贺卡，黑白画面上是康桥下面的几条舢板，前年则是一栋学院式古老建筑，都是他们中心的一位业余摄影爱好者Keith Taylor 的大作。从来自作贺卡既便宜又极雅致，内有几位同行的签名，这个非赢利性公益组织的朴实风格由此可见一斑。 40年前，剑桥大学化学系Olga Kennard 博士开创了这个数据库，现在已是一独立的法人机构了，所有财务与管理都与大学没有关系，仅为剑桥大学培养研究生从而保持一定的联系。 上世纪80年代初，有幸参加美国晶体学夏季年会主办的CSD Workshop接触到这个数据库，记得Olga亲临现场辅导，她态度和蔼可亲，给我留下很深的印象。但与数据库真正打交道是1995年开始用互联网查询文献资料之后，真是尝到了甜头。打从1998年在《结构化学》发表了第一篇探究晶体结构测定失误的文章起，至今在国内外刊物上独自或与同行合作发表了超过 20篇的结构更正文章，数以百计结构有的原始数据是CCDC及时并无偿提供给我的。 数据的收编和对数据的错误进行审核是一极其繁琐而又严肃的工作。CCDC收录发表于世界不同的刊物上的结构，我国学者的工作很早就受到了CCDC的重视。因为国内的刊物常时断时续，且刊名不时有变动，特别是汉语拼音与外文刊名并用曾给 CCDC带来一定的困惑。后来他们提出杂志的名单，我对疑问一一说明并对错误做了更正，还提供更多的我国与晶体结构报道有关刊物的信息，以便我们的研究成果能更好地存入CSD以扩大影响和促进交流。 CCDC至今尚存储我学者提交的一批“死”结构数据，因没有通信作者等详细信息长期搁置，既无法了解是否已经发表（按CCDC的政策，为保护版权对未发表的数据绝对不予公开），又不能随意从数据库中撤除。经与《结构化学》编辑部交换意见，我们建议CCDC发表一封致中国同行的公开信，以期建立中国同行与CCDC间更好的业务联系。 公开信发表之后，据悉情况有了极大的改进。至今我仍在有机会时宣传提交结构数据（CIF）到CCDC的好处。 由当时CCDC主管F. H. Allen签名的公开信于2006年9月定稿，后刊登在《结构化学》并随后推荐到《晶体之星》网站以扩大影响。世界上从事小分子晶体结构研究的人大都对 CCDC有所了解，F. H. Allen博士介绍CCDC里程碑式的收录整25万个结构数据的文章（Acta Cryst.,2002, B58: 380-388），在近10年全世界最高被引论文中据权威统计排名第3 ，可见这个晶体数据库的广泛声誉。去年8月CCDC宣布收录总数已高达50万，真可谓再创辉煌！ CCDC除收录发表的晶体结构数据外，也接受按私人通信方式存储数据。尽管CCDC有做一定的核对，这些未经同行评审的结构数据可能存在这样那样的问题。根据多年来经验，与国外同行发现了数以百计的错误结构正在修订中，我曾建议他们考虑私人通信方式存入数据的风险。井岗山大学论文撤稿出乎意料地发生了，CCDC真是感受到了震惊和压力，他们承认收录数据的确存在问题，已发表声明要改进工作，要提高服务的质量以取信于晶体学界。 目前CCDC有51位工作人员，负责数据存储和提取服务的是几位女士，早期与之打交道的有的已退休，新接任的都很认真尽责。前年引进一位从香港某大学毕业的女博士，这可能有助于处理与中国和与中文有关的信息。要维持这样的机构运转谈何容易，除了争取赞助外，推广CSD收取基本费用是必要的。我与CCDC多年来交往感到收获丰硕，图书馆难以替代！因此在发表有关文章时，有机会就对他们的热情帮助表示由衷的感激，这是我的真实心愿。 虎年已经到来，期盼有关晶体结构空间群指定失误等的系列更正文章在年内得以陆续发表。这是一类我们可称为“诚实错误”的结构有的发表在德国《应用化学》，JACS等国际顶级刊物上，修订工作对剑桥晶体数据库的净化将不无裨益。 此外，通过实例的分析，我们还将指出，当今最受欢迎的检测程序PLATON既非常之重要但是又远非万能，必须重视化学和晶体学基本知识的学习。我想这对于从事小分子研究的年轻晶体学工作者无疑具有参考价值。 本文不能对CCDC和CSD作全面介绍，如有兴趣想作深入的了解，请上网查阅有关的信息： CCDC网址：http://www.ccdc.cam.ac.uk 参考文献： 1. CCDC致中国同行的公开信（2006） http://www.sciencenet.cn/upload/blog/file/2010/2/2010221102631105311.doc 2. CCDC关于撤除数据的声明（2010） http://www.sciencenet.cn/upload/blog/file/2010/2/2010221104231933938.doc http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=296454 |
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