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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 个人文集 » 【小卒个人文集】GaussianFAQ for IOP（alpha版）【兼在线答疑】
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【小卒个人文集】GaussianFAQ for IOP（alpha版）【兼在线答疑】

从今天开始，小卒开始做GaussianIOP的FAQ。不过工程过于浩大，我做一点就发一点上来，希望大家提意见，更希望Gaussian高手们加入这个工程。如果咱们完整的把GaussianIOP手册翻译了出来的话，这个功绩恐怕不次于zork先生的Gaussian手册翻译，对吧，诸位大侠？
结合大家的意见，在做GaussianIOP-FAQ的alpha版的过程中，会不断修改。到了一定程度，就会集结成beta版。呵呵，大家有意见直接跟帖，欢迎提意见
GaussianFAQ理论版和GaussianFAQ的IOP版，这两个工程，算是继GaussianFAQ实践版之后，量化版最重要的两个工程呢。

有些人说，高斯说明书比较晦涩难懂，难以卒读。那么，咱们就看看高斯的另一面吧。学了GaussianIOP，您才会发现，高斯说明书，呵呵，其实真是太浅显易懂了。那您问了“IOP如此艰涩，为啥还要啃呢？”，
答：IOP能带来这样的效果：
1 您能对高斯进行更加精准的控制
2 对您的计算任务加深理解
3 从菜鸟走向装B，从装B走向牛B

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:16 ]
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1楼2010-02-16 11:18:19
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

iop(1/9=n)

这个iop对不同的link有不同的含义：

L103: 是否使用新的信任半径（即DXMaxT）？信任半径是牛顿迭代法在工作中所使用的最大步长。如果高斯程序对密度矩阵的值的改变超过了DXMaxT，那么这个改变值将不被采信。新的信任半径是经过Fletcher改进的，区别于旧的信任半径。
n=1        不使用（在进行TS计算的时候，这是默认选项）
n=2        使用（在进行能量最低态的计算的时候，这是默认选项）
Whether to scale or search the sphere when reducing the step size to the trust radius. Default search for minima, scale for transition states.
n=10       Scale.
n=20       Search.
这是关于如果信任半径被超过了的话，如何处理牛顿迭代法中sphere的问题的。我翻译不好，等待高人。

L106：构型的调整过程中是否采用对称性调整？
n=0        是
n=1        否

L107：构型的搜索过程中是否进行对称性判断？
n=0        是
n=1        否

L117：在构型搜索过程中，如果两个点过于接近，是否删除其中一个点？如果要删除，那么判定删除的阈值是多少？
n=0        不删除（但是，如果两个点差距小于10^(-6)，仍旧会被删除其中一个点）
n=1        会被删除，阈值是0.05埃。

L121: Whether to read in initial velocities.
0                  Default (same as 1).
1                  Generate random initial velocity.
2                  Read in initial Cartesian velocity (Bohr/sec).
3                  Read in initial MW Cartesian velocity (sqrt(amu)*Bohr/sec).
这一段是关于分子内运动速度的设定。我不研究算法，所以不敢翻译。等待高人
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6楼2010-02-17 18:16:27
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

iop(1/5=n)

★ ★ ★ ★ ★
csfn(金币+5):thx 2010-02-17 14:41
这个iop指定的是L103和L107的工作方式，用于构型的优化和搜索方式。
n=0 计算局域最小点或全局最小点，同时在lst（Linear synchronous transit）路径上寻找最高点，以其作为下面的计算的初始猜测
n=1 计算一阶鞍点（也就是我们通常所说的过渡态），同时扫描LST路径
n=2 计算二阶鞍点
n=N 计算N阶鞍点
所谓N阶鞍点，也就是M维势能面上（M大于或等于N），在某个点的密度矩阵有N个负的本征值。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-2-16 at 11:50 ]
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2楼2010-02-16 11:41:37
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

iop(1/6=n)

★ ★ ★
csfn(金币+3):thx 2010-02-17 14:41
这个iop指定的是L102, L103, L105, L107, L109, L112, L113, L114的工作方式，用于opt的最大迭代次数的判断。
n=0 opt最大迭代次数=NVAR+10，如果该值小于20，则取20 (for L103, L112)
    opt最大迭代次数=NVAR+10，如果该值大于20，则取20 (for L102, L105, L109)
    opt最大迭代次数=NVAR+20，如果该值大于40，则取40 (for L113, L114)
n=N opt最大迭代次数=N
NVAR是体系的自由度
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3楼2010-02-16 11:49:28
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yjcmwgk

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密度泛函·小卒

优秀版主

iop(1/7=n)

★ ★ ★
csfn(金币+3):thx 2010-02-17 14:42
这个iop指定的是L103, L109, L112, L113, L114, L116, L117的工作方式，用于迭代计算displacement收敛标准。
n=-1  ConvF被设定为每Bohr或每弧度(1/600)Hartree
n=0   ConvF被设定为每Bohr或每弧度0.0003Hartree
n=N   ConvF被设定为每Bohr或每弧度N*[10^(-6)]Hartree
ConvF是收敛阈值，另规定一个阈值ConvX=4*ConvF。当displacement的RMS的一阶导数 在L116和L117中，这个iop还控制着电荷的计算精度
n=-1  电荷迭代计算的收敛阈值被设定为为10^(-7)
n=0   电荷迭代计算的收敛阈值被设定为为10^(-5)(for L116)或10^(-7)(for L117)
n=N   电荷迭代计算的收敛阈值被设定为为10^(-N)
对于单点能计算，iop(1/7)默认为0；对于优化计算，iop(1/7)默认为-1

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-2-16 at 21:30 ]
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4楼2010-02-16 15:24:26
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