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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 个人文集 » 【小卒个人文集】GaussianFAQ for IOP（alpha版）【兼在线答疑】
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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[交流] 【小卒个人文集】GaussianFAQ for IOP（alpha版）【兼在线答疑】

从今天开始，小卒开始做GaussianIOP的FAQ。不过工程过于浩大，我做一点就发一点上来，希望大家提意见，更希望Gaussian高手们加入这个工程。如果咱们完整的把GaussianIOP手册翻译了出来的话，这个功绩恐怕不次于zork先生的Gaussian手册翻译，对吧，诸位大侠？
结合大家的意见，在做GaussianIOP-FAQ的alpha版的过程中，会不断修改。到了一定程度，就会集结成beta版。呵呵，大家有意见直接跟帖，欢迎提意见
GaussianFAQ理论版和GaussianFAQ的IOP版，这两个工程，算是继GaussianFAQ实践版之后，量化版最重要的两个工程呢。

有些人说，高斯说明书比较晦涩难懂，难以卒读。那么，咱们就看看高斯的另一面吧。学了GaussianIOP，您才会发现，高斯说明书，呵呵，其实真是太浅显易懂了。那您问了“IOP如此艰涩，为啥还要啃呢？”，
答：IOP能带来这样的效果：
1 您能对高斯进行更加精准的控制
2 对您的计算任务加深理解
3 从菜鸟走向装B，从装B走向牛B

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:16 ]
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1楼2010-02-16 11:18:19
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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iop(1/5=n)

★ ★ ★ ★ ★
csfn(金币+5):thx 2010-02-17 14:41
这个iop指定的是L103和L107的工作方式，用于构型的优化和搜索方式。
n=0 计算局域最小点或全局最小点，同时在lst（Linear synchronous transit）路径上寻找最高点，以其作为下面的计算的初始猜测
n=1 计算一阶鞍点（也就是我们通常所说的过渡态），同时扫描LST路径
n=2 计算二阶鞍点
n=N 计算N阶鞍点
所谓N阶鞍点，也就是M维势能面上（M大于或等于N），在某个点的密度矩阵有N个负的本征值。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-2-16 at 11:50 ]
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2楼2010-02-16 11:41:37
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yjcmwgk

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iop(1/6=n)

★ ★ ★
csfn(金币+3):thx 2010-02-17 14:41
这个iop指定的是L102, L103, L105, L107, L109, L112, L113, L114的工作方式，用于opt的最大迭代次数的判断。
n=0 opt最大迭代次数=NVAR+10，如果该值小于20，则取20 (for L103, L112)
    opt最大迭代次数=NVAR+10，如果该值大于20，则取20 (for L102, L105, L109)
    opt最大迭代次数=NVAR+20，如果该值大于40，则取40 (for L113, L114)
n=N opt最大迭代次数=N
NVAR是体系的自由度
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3楼2010-02-16 11:49:28
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yjcmwgk

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iop(1/7=n)

★ ★ ★
csfn(金币+3):thx 2010-02-17 14:42
这个iop指定的是L103, L109, L112, L113, L114, L116, L117的工作方式，用于迭代计算displacement收敛标准。
n=-1  ConvF被设定为每Bohr或每弧度(1/600)Hartree
n=0   ConvF被设定为每Bohr或每弧度0.0003Hartree
n=N   ConvF被设定为每Bohr或每弧度N*[10^(-6)]Hartree
ConvF是收敛阈值，另规定一个阈值ConvX=4*ConvF。当displacement的RMS的一阶导数 在L116和L117中，这个iop还控制着电荷的计算精度
n=-1  电荷迭代计算的收敛阈值被设定为为10^(-7)
n=0   电荷迭代计算的收敛阈值被设定为为10^(-5)(for L116)或10^(-7)(for L117)
n=N   电荷迭代计算的收敛阈值被设定为为10^(-N)
对于单点能计算，iop(1/7)默认为0；对于优化计算，iop(1/7)默认为-1

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-2-16 at 21:30 ]
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4楼2010-02-16 15:24:26
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iop(1/8=n)

★ ★ ★
csfn(金币+3):thx 2010-02-17 14:42
这个iop指定的是L103, L109的工作方式，用于规定opt迭代的最大步长。

n=0时，DXMAXT值随着link的不同而不同（DXMAXT值就是opt迭代的最大位移值，也就是平时说的opt迭代的最大步长）
      DXMAXT = 0.1 Bohr或弧度 (L103,用于初始猜测的FC矩阵，或使用单位矩阵来替代初始猜测的FC矩阵).
             = 0.3 Bohr或弧度 (L103,用于从check文件中读取FC矩阵，或计算FC矩阵).
             = 0.2 Bohr或弧度 (L105).
             = 0.3 Bohr或弧度 (L113,L114).
n=N   DXMAXT = 0.01*N Bohr或弧度
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5楼2010-02-16 16:00:50
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yjcmwgk

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iop(1/9=n)

这个iop对不同的link有不同的含义：

L103: 是否使用新的信任半径（即DXMaxT）？信任半径是牛顿迭代法在工作中所使用的最大步长。如果高斯程序对密度矩阵的值的改变超过了DXMaxT，那么这个改变值将不被采信。新的信任半径是经过Fletcher改进的，区别于旧的信任半径。
n=1        不使用（在进行TS计算的时候，这是默认选项）
n=2        使用（在进行能量最低态的计算的时候，这是默认选项）
Whether to scale or search the sphere when reducing the step size to the trust radius. Default search for minima, scale for transition states.
n=10       Scale.
n=20       Search.
这是关于如果信任半径被超过了的话，如何处理牛顿迭代法中sphere的问题的。我翻译不好，等待高人。

L106：构型的调整过程中是否采用对称性调整？
n=0        是
n=1        否

L107：构型的搜索过程中是否进行对称性判断？
n=0        是
n=1        否

L117：在构型搜索过程中，如果两个点过于接近，是否删除其中一个点？如果要删除，那么判定删除的阈值是多少？
n=0        不删除（但是，如果两个点差距小于10^(-6)，仍旧会被删除其中一个点）
n=1        会被删除，阈值是0.05埃。

L121: Whether to read in initial velocities.
0                  Default (same as 1).
1                  Generate random initial velocity.
2                  Read in initial Cartesian velocity (Bohr/sec).
3                  Read in initial MW Cartesian velocity (sqrt(amu)*Bohr/sec).
这一段是关于分子内运动速度的设定。我不研究算法，所以不敢翻译。等待高人
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6楼2010-02-17 18:16:27
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+10): 2010-03-09 12:27
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-02-17 18:16:27:
这个iop对不同的link有不同的含义：

L103: 是否使用新的信任半径（即DXMaxT）？信任半径是牛顿迭代法在工作中所使用的最大步长。如果高斯程序对密度矩阵的值的改变超过了DXMaxT，那么这个改 ...

Whether to scale or search the sphere when reducing the step size to the trust radius. Default search for minima, scale for transition states.
n=10       Scale.
n=20       Search.
将过大的步长调节至置信半径时，是根据坐标的比例还是通过在置信半径的球面上进行极小点搜索来确定调节后的位置。默认是在寻找极小点任务中使用球面搜索的方法，在寻找过渡态任务中使用按比例的方法。
n=10 按比例调节
n=20 球面搜索

L121: Whether to read in initial velocities.
0                  Default (same as 1).
1                  Generate random initial velocity.
2                  Read in initial Cartesian velocity (Bohr/sec).
3                  Read in initial MW Cartesian velocity (sqrt(amu)*Bohr/sec).
是否读入初始速度
0 默认（即1）
1 随机生成初始速度
2 读入初始笛卡尔速度（波尔/秒）
3 读入质量加权的初始笛卡尔速度 （sqrt(原子质量单位)*波尔/秒）


其实很多人阅读iop手册往往语言不是障碍，主要是不易理解其中的意思，如果翻译时多加一些字，帮助读者理解其意思，成为IOp的解读，其意义会更大。也可以考虑弄个IOp的wiki，方便大家一起编辑、介绍每个IOp的意义和实际用处，而不仅仅拘泥于手册。
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7楼2010-03-08 22:56:23
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