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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】NH3·H2O在水中的能量
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jiyuch

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】NH3·H2O在水中的能量

本人纯新手，摸爬滚打半天，没琢磨出l如何利用gaussian算NH3·H20的能量，有高手帮个忙吗？提前拜个年！
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1楼 2010-02-10 10:21:40
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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★
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（1）
关键字
# 方法/基组 scrf(iefpcm,solvent=water) opt
这是一种常用方法。
（2）
在NH3·H2O周围摆一圈水分子，opt之
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2楼2010-02-10 20:48:26
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jiyuch

新虫 (初入文坛)
yjcmwgk:第二个就是看“你对你研究的体系是否熟悉”了，这个溶剂分子的摆放位置很有讲究哟 2010-02-11 08:42
yjcmwgk:祝你科研顺利 2010-02-11 08:42
好的，谢谢。
第一个和我想的一样，看来是gaussian软件我不会用。。。
第二个，有一个疑问。如何确定水分子在NH3周围的分布？水分子之间的相互作用还是可以的，如果不先“人工”opt，很可能是一个四不像。。。不管，我先试一下吧。再次感谢！
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3楼2010-02-10 21:06:46
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galaxyqtm

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yjcmwgk(金币+2):第二个好不好？ 2010-02-11 08:42
Use implicit model like PCM. Treat the solvent as a continues medium, ignore the structure of water.
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4楼2010-02-11 00:03:48
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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引用回帖:
Originally posted by galaxyqtm at 2010-02-11 00:03:48:
Use implicit model like PCM. Treat the solvent as a continues medium, ignore the structure of water.

这也是常用手段。不过，如果能在溶质分子周围正确地放置一圈溶剂分子，会不会更准确。当然，我会多摆放几个位置，依次测试opt的。您说呢？
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5楼2010-02-11 08:41:48
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galaxyqtm

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yjcmwgk(金币+3): 2010-02-12 10:20
electrostatic and polarization are long range interation, so only the closest layer is not enough. How many layer do you need to add, is it necessary to treat them quantum mechanically.
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6楼2010-02-12 00:00:07
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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引用回帖:
Originally posted by galaxyqtm at 2010-02-12 00:00:07:
electrostatic and polarization are long range interation, so only the closest layer is not enough. How many layer do you need to add, is it necessary to treat them quantum mechanically.

当然不能只排一层溶剂分子啦。如果我要做，我要排两层溶剂分子。不过对于大多数体系来说，我个人认为，三层和三层以上肯定就没有什么必要了，呵呵。
其实我还想过一个方法。在溶质分子周围摆放一层溶剂分子，然后在这个“溶质-溶剂”体系周围加pcm模型，你看会不会更好些？我还没试验过，就是瞎想，请您指正
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7楼2010-02-12 10:19:17
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
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yjcmwgk(金币+2): 2010-02-12 14:56
随便说说。
如果我来摆，大概也就摆以下四个形状，然后在CPCM模型下优化，并对比
NH3和H2O单独在CPCM模型下优化的能量。
我的疑问是，尽管H键连得越多，能量降得越多，但是由于熵减小，则导致自由能升高，而H键的比较弱的能量，多数情况下无法弥补熵的减小，结果通常会导致吉布斯自由能变为正，也就是说反而是非自发的——也就意味着并不稳定存在的状态。
我计算的某个体系，目前的痛苦就在这里——按照能量来说（E），为负值，对应实验就很漂亮了，然而按照ΔG再看，就成正值了，与实验相违背。。。一年的工作啊，白费了，得不到理想的结果。讨厌的熵变。。。

[ Last edited by zhangmt on 2010-2-12 at 12:06 ]
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
8楼2010-02-12 12:00:58
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yjcmwgk

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引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-02-12 12:00:58:
随便说说。
如果我来摆，大概也就摆以下四个形状，然后在CPCM模型下优化，并对比
NH3和H2O单独在CPCM模型下优化的能量。
我的疑问是，尽管H键连得越多，能量降得越多，但是由于熵减小，则导致自由能升高，而H键 ...

请问zhangmt专家，您用的方法和基组分别是什么？
处理弱作用，传统的b3lyp等dft很不好
还是加了长程矫正的泛函，或者mp2和ccsd(t)等会好些
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9楼2010-02-12 12:11:20
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
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yjcmwgk(金币+2): 2010-02-12 15:03
最初用b3lyp优化，分子体系比较大，所以普通原子用6-31g*，对于涉及H键的一律使用6-311++g**，结果不理想，所以后来用用mp2重新优化过，基组用aug-ccpvdz，结果几乎一样。也想过用pbe，可是总感觉即便H能量算得再高一点，也远比不上熵减小带来的效应——何况中间涉及众多过渡态，换了方法都要重新找过。个人感觉错误还是出来溶剂化这里。明明能量降了10-20kcal，结果因为熵的原因，吉布斯自由能反而全都正了。

[ Last edited by zhangmt on 2010-2-12 at 13:14 ]
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
10楼2010-02-12 13:12:46
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