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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » 【求助】xp 和 platon得到氢键不一样呀，怎么办？
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hapwave

荣誉版主 (著名写手)

向日阳光
引用回帖:
Originally posted by yangping at 2010-02-06 16:32:44:
tex文件中有氢键表，说明你的cif文件中已加上了氢键。

弱的氢键作用没有呀
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11楼2010-02-06 16:37:51
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yangping

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hapwave at 2010-02-06 16:37:51:


弱的氢键作用没有呀

弱的氢键作用需要自己通过画图软件看，判断其是否有合理的键长键角；若合理，再手动加上去。
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12楼2010-02-06 16:51:55
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hapwave

荣誉版主 (著名写手)

向日阳光
不是画图呀， 我想加弱氢键作用到cif文件
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13楼2010-02-06 16:57:52
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kkpp1986

金虫 (小有名气)
★
hapwave(金币+1):谢谢参与
hapwave(金币+20):多谢多谢！很详细！请教一个问题，见回复 2010-02-06 23:27
引用回帖:
Originally posted by hapwave at 2010-02-06 09:51:23:
xp 和 platon得到氢键不一样呀，怎么办？

1、写文章时我只用了.tex文件的几个数据
如果用怎样在cif文件里加上氢键？直接把platon.lst的数据按格式加进去行吗？

2、是不是堆积图也要重新画？怎么操作呢

...

在XP中采用SYMM命令，此时会给出所有的对称操作码及序列号，如对于某晶系为：
1555.= +x, +y, +z， 2555.=-x, -y, 0.5+z，3555.=0.5+x, 0.5-y,   4555.=0.5-x, 0.5+y, 0.5+z
而用ENVI命令（例如：envi o1 2）会得到有关的用四位数字表示的对称操作码(如：2746、 3654、 4545等)， 表示为：SXYZ
其中，S为对称操作序号， 如S=2(等价于2555)，就是-x，-y，0.5+z；X-5、 Y-5、 Z-5则代表x、y、z三个轴向在555(即-x，-y，0.5+z)基础上的位移量
如：2746的对称操作为：2-x，-1-y，1.5+z
        3654的对称操作为：1.5+x，0.5-y，-1+z
        4545的对称操作为：0.5-x，-0.5+y，0.5+z
然后，再在ins文件中用加如下指令，并精修,即可写入CIF
      EQIV  $1   对称制作码
      HTAB  B1  B2_$1
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14楼2010-02-06 22:56:01
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hapwave

荣誉版主 (著名写手)

向日阳光
引用回帖:
Originally posted by kkpp1986 at 2010-02-06 22:56:01:


在XP中采用SYMM命令，此时会给出所有的对称操作码及序列号，如对于某晶系为：
1555.= +x, +y, +z， 2555.=-x, -y, 0.5+z，3555.=0.5+x, 0.5-y,   4555.=0.5-x, 0.5+y, 0.5+z
而用ENVI命令（例如：envi o1 2 ...

精修后CIF内容变化的地方有那些呢，只有新加的弱氢键数据？还是别的地方也有变动？
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15楼2010-02-06 23:31:14
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kkpp1986

金虫 (小有名气)
hapwave(金币+30):多谢兄弟热心帮助！ 2010-02-06 23:52
引用回帖:
Originally posted by hapwave at 2010-02-06 09:51:23:
xp 和 platon得到氢键不一样呀，怎么办？

1、写文章时我只用了.tex文件的几个数据
如果用怎样在cif文件里加上氢键？直接把platon.lst的数据按格式加进去行吗？

2、是不是堆积图也要重新画？怎么操作呢

...

loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
N2 H2A N1  0.876(18) 2.001(18) 2.7029(18) 136.3(15) .
C14 H14A O1  0.93 2.40 2.7356(18) 101.3 .
N2 H2B O1  0.904(18) 2.058(19) 2.9583(17) 173.4(15) 3_565
C13 H13A O2  0.93 2.44 3.1904(19) 137.9 3_676
  
_diffrn_measured_fraction_theta_max    0.999
_diffrn_reflns_theta_full              25.02
_diffrn_measured_fraction_theta_full   0.999
_refine_diff_density_max    0.132
_refine_diff_density_min   -0.132
_refine_diff_density_rms    0.027


_diffrn_measured_fraction_theta_max    0.999  完整度99.9%
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16楼2010-02-06 23:51:54
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hapwave

荣誉版主 (著名写手)

向日阳光
_diffrn_measured_fraction_theta_max    0.999
_diffrn_reflns_theta_full              25.02
_diffrn_measured_fraction_theta_full   0.999
_refine_diff_density_max    0.132
_refine_diff_density_min   -0.132
_refine_diff_density_rms    0.027

这些不会有变化吧
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17楼2010-02-06 23:56:28
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)
参考xi2004老师的帖子吧。
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18楼2010-02-07 22:14:25
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hapwave

荣誉版主 (著名写手)

向日阳光
引用回帖:
Originally posted by zhaoyangqufu at 2010-02-07 22:14:25:
参考xi2004老师的帖子吧。

谢谢。我已经拜读了
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19楼2010-02-07 22:16:25
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