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【求助】请问怎样将vasp产生的电荷密度文件转化为ms的可视格式？
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请问怎样将vasp产生的电荷密度文件转化为ms的可视格式？有没有虫子知道MS可识别的电荷密度的格式啊？谢谢 |
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ice_rain
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2楼2010-02-03 14:12:53
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gougou9991
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看了帮助文档，还不是很清楚，请指教： (1)MS的help里面列出了一个.car文件的例子 !BIOSYM archive 3 PBC=ON !DATE PBC 38.58490 2.45930 16.51051 90.00000 90.00000 90.00000 C1 0.681504591 2.455258755 0.000000000 XXXX 1 xx C 0.000 C1 2.121338199 2.455870903 0.000000000 XXXX 1 xx C 0.000 ... end end 但是没有对它有详细说明，不明白第六行各代表什么： C1 0.681504591 2.455258755 0.000000000 XXXX 1 xx C 0.000 特别是XXXX 1 xx C 0.00是什么意思？ (2)help里面grd的例子： DMol3 total electron density (1p,e12.5) 9.000 8.200 9.400 90.000 90.000 90.000 45 41 47 1 -23 22 -20 21 -22 25 0.00000E+00 0.00000E+00 ..... help里面写到“The next six integers in the fifth line indicate the number of grid spaces to the left and right of the origin in directions a, b, and c” 其中“the origin”是指的什么？是原胞中心吗？ 第七行开始是具体电荷密度数值，其中第一个数值对应实空间原胞的哪一点？是原胞中心吗？电荷密度的数值是按什么规律写的？ 谢谢了啊！ |
5楼2010-02-05 16:06:47
acridine
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zxzj05(金币+2):谢谢回帖交流 2010-02-05 21:22
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zxzj05(金币+2):谢谢回帖交流 2010-02-05 21:22
（1）如果只是结构的话，应该是xsd格式比较常见吧，但无所谓，这些格式文件的可读性都不太好。可以手动建立结构吧，或者建立简单的.xyz或pbd格式，用ms是可以打开的，另存为需要的格式就可以了。（提到的这些文件扩展名可能不准，记忆有误 ）（2）origin 不是原胞中心，而是坐标原点。-23 22 -20 21 -22 25就表示在三个坐标轴上坐标原点两侧各自有多少个点，这与第四行的数据是有对应关系的，23+22=45， 20+21=41，22+25=47； 第一个数值应该是对应（－23，－20，－22）这个点，之后的排列规律取决与第五行的第一个数，也就是1，1应该是先循环x再循环y最后循环z，即 (-23,-20,-22) (-22,-20,-22) ... (22,-20,-22) (-23,-19,-22) ... (22,21,-22) (-23,-19,-21) ... ... (22,21,25) （同样，记忆可能有误，不过说明里应该有介绍） |
6楼2010-02-05 17:25:32
7楼2010-02-05 23:14:23