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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】怎么把MS建立的格子参数转化成siesta的格子参数(格矢)?

我用MS建立的Au111 3X3 2层 真空层15A 后会出现一行这样的
•PBC    8.6514    8.6514   17.3546   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)
坐标如下

•PBC    8.6514    8.6514   17.3546   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)
•Au1      0.000000000    0.000000000    2.354607603 XXXX 1      xx  
•Au2      1.441896793    0.832479501   -0.000000000 XXXX 1      xx  
•Au3      2.883793586    0.000000000    2.354607603 XXXX 1      xx  
•Au4      4.325690379    0.832479501   -0.000000000 XXXX 1      xx  
•Au5      5.767587171   -0.000000000    2.354607603 XXXX 1      xx  
•Au6      7.209483964    0.832479501   -0.000000000 XXXX 1      xx  
•Au7     -1.441896793    2.497438504    2.354607603 XXXX 1      xx  
•Au8     -0.000000000    3.329918006    0.000000000 XXXX 1      xx  
•Au9      1.441896793    2.497438504    2.354607603 XXXX 1      xx  
•Au10     2.883793586    3.329918006    0.000000000 XXXX 1      xx  
•Au11     4.325690379    2.497438504    2.354607603 XXXX 1      xx  
•Au12     5.767587171    3.329918006   -0.000000000 XXXX 1      xx  
•Au13    -2.883793586    4.994877009    2.354607603 XXXX 1      xx  
•Au14    -1.441896793    5.827356510    0.000000000 XXXX 1      xx  
•Au15    -0.000000000    4.994877009    2.354607603 XXXX 1      xx  
•Au16     1.441896793    5.827356510    0.000000000 XXXX 1      xx  
•Au17     2.883793586    4.994877009    2.354607603 XXXX 1      xx  
•Au18     4.325690379    5.827356510    0.000000000 XXXX 1      xx
I然后把这个转化成siesta的输入文件的形式
LatticeConstant(晶格常数)   8.6514 Ang
Latticeparameters(晶格参数)
       1  1  2.0059   90. 90. 120.
这样听说不能正确的表达我的超胞,要转化成了晶格矢量才可以
I我试了两种
1第一种
LatticeConstant(晶格常数)   8.6514 Ang
%block LatticeVectors(晶矢)
-0.500000 0.866025404 0.00000000
0.0000000 1.00000000 0.00000000
0.00000000 0.00000000 2.00598747
%endblock LatticeVectors
相对应的输出文件如下:
Naive supercell factors:     3    3    2 (这个是怎么算出来的呢)
Auxiliary supercell needs to be larger than naive one...
*** Auxiliary supercell is more than twice as big!

superc: Internal auxiliary supercell:     5 x     4 x     2  =      40
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:   1320  6240 16120
2) i第二种
LatticeConstant(晶格常数)   8.6514 Ang
%block LatticeVectors(晶矢)
        1.000000    0.000000    0.000000
       -0.500000    0.866025    0.000000
        0.000000    0.000000    2.00598747
%endblock LatticeVectors
对应输出文件
siesta: k-grid: Number of k-points =    13
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =     8.677 Ang
siesta: k-grid: Supercell and displacements
siesta: k-grid:    5   0   0      0.000
siesta: k-grid:    0   5   0      0.000
siesta: k-grid:    0   0   1      0.000
Naive supercell factors:     3    3    2

superc: Internal auxiliary supercell:     3 x     3 x     2  =      18
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:    594  2808  7254

到底是怎么转化的,哪个才是正确的呢
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