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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【求助】Linux下安装gaussian03后运行出错
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vigaryang

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Linux下安装gaussian03后运行出错

我在linux系统中安装Gaussian03 C02并运行，发现无法计算，在输出文件的末尾提示如下错误：Erroneous write during file extend.
write 1408 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1。
    我接触linux才几天时间，很多问题都不太清楚，上述操作也都是参考baidu结果而得，因此我想请教各位高手，导致我运行失败的可能原因会是什么呢?是安装过程有误呢，还是运行有误呢，还是内存、硬盘、或者兼容性方面的问题呢？非常感谢！
    为了方便各位分析问题，我把我的设备情况、安装过程及运行情况都写在下面，请各位参看，谢谢！


一、设备情况
1、计算机：自行购买的组装PC一台，4核，总硬盘500G，内存4G。
2、Linux版本：Fedora release 8 （Werewolf），Kernel 2.6.23.1-42.fc8 on an i686 （从启动画面看貌似包含Red hat 6.0.19）
3、Gaussina 来源：Gaussian03 C02,自带linda7.1（不知该g03是32位还是64位）.

二、安装过程
1、开机后进入登录界面，输入id：root及其密码后进入root账户（超级账户）的命令行操作界面。输入starx命令进入图形界面。

2、在图形界面下，利用鼠标右键将G03文件夹（事先在windows中解压得到，内含全部g03文件及linda等）从U盘复制到名为root's home对应的硬盘内(在终端中用pwd命令可发现该文件夹的路径为/root/g03。该硬盘空余空间为4.4G)。

3、在图形界面下打开终端，在默认目录下输入vi ./bashrc，出现一个提示界面，确认后进入bashrc文件的编辑状态，将该文件修改成如下
内容：

‘# User specific aliases and functions

alias rm='rm -i'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'

#Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi
# for Gaussian.03.C02
G03ROOT=/root/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/root/g03/scratch
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH’
其中 fi 及之前的内容是原来就有的，后面的是我自己新加的。改好后按:wq退出返回到命令行界面。

三、运行gaussian
  输入命令： cd g03/tests/com
  再输入：  g03 test000.com &
  然后显示如下：
  [root@localhost com]# g03 test000.com &
  [1]2777
  [root@localhost com]# Erroneous write during file extend. write 1408 instead of 4096
  Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: No such file or directory

上述结果无疑表示运行失败。如果在图形界面中打开上述运行所得到的test000.log 文件，会发现该输入文件
的初始部分和正常的gauss03输出文件是完全一致的，但是缺少计算过程，最后直接给出错误信息。具体如下所示：

Entering Gaussian System, Link 0=g03
Input=test001.com
Output=test001.log
..........................................(中间省略，与正常的gaussian输出文件完全一致）
******************************************
Gaussian 03:  IA32L-G03RevC.02 12-Jun-2004
                27-Jan-2010
******************************************
Erroneous write during file extend. write 1408 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1

上述输出文件再次表明运行失败。若运行其它的输入文件，结果仍然是这样。


我整个安装和运行的详细情况已如上所述。我接触linux才几天时间，很多问题都不太清楚，上述操作也都是参考baidu结果而得，因此我想请教各位高手，导致我运行失败的可能原因会是什么呢?是安装过程有误呢，还是运行有误呢，还是内存、硬盘、或者兼容性方面的问题呢？

非常感谢！
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1楼 2010-01-26 23:41:12
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llhxaustin

木虫 (著名写手)
★
vigaryang(金币+1):谢谢参与
看错误码提示是写盘错误啊
看输出，你的G03是32位的，是不是也会有问题，查下。
还有，你把输入文件贴一下啊，看安装没什么问题。只是运行的问题。

[ Last edited by llhxaustin on 2010-1-27 at 08:23 ]
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2楼2010-01-27 08:20:21
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★ ★ ★
vigaryang(金币+1):谢谢参与
yjcmwgk(金币+2): 2010-01-30 08:55
磁盘没有空间。。。

不要在很新的内核上使用你的计算软件 这个是常识
赞一下(2人) 回复此楼
Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
3楼2010-01-27 08:53:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)
我的linux也是32位的吧，那应该和g03不冲突的啊。
输入文件既有g03自带的，也有自己编写的，如下所示（在xp中可以运行，而且已用dos2unix命令转化）：
%chk=BF4-1.chk
%mem=60MW
%nproc=2
# opt freq b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity

opt for BF4 anion

-1 1
B
F                  1              B1
F                  1              B2    2              A1
F                  1              B3    3              A2    2              D1
F                  1              B4    3              A3    4              D2

   B1             1.46000000
   B2             1.46000000
   B3             1.46000000
   B4             1.46000000
   A1           109.47122063
   A2           109.47122063
   A3           109.47122063
   D1          -120.00000000
   D2          -120.00000000

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5
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4楼2010-01-27 20:17:22
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by abbott at 2010-01-27 08:53:36:
磁盘没有空间。。。

不要在很新的内核上使用你的计算软件 这个是常识

我的room盘还有4G空间啊，难道不够了？那么请问要多少空间才合适呢？

然后，这个“很新的内核”是指linux的版本太新吗？为什么太新了不能用于计算呢？谢谢！
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5楼2010-01-27 20:21:55
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
vigaryang(金币+1):谢谢参与
vigaryang(金币+5):非常感谢，已经能计算了，虽然可能还会有一些新的问题尚未发现。 2010-01-27 23:20
yjcmwgk(金币+1): 2010-01-30 08:55
在root用户下 键入命令
echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space
如果可以算的话，请将这句话加在/etc/rc.d/rc.local 文件中
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6楼2010-01-27 21:07:47
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zhangwc5020

银虫 (小有名气)

讨论

★
vigaryang(金币+1):谢谢参与
用df  -h查一下磁盘空间，看有没有满的磁盘
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7楼2010-01-27 22:17:03
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by pwzhou at 2010-01-27 21:07:47:
在root用户下 键入命令
echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space
如果可以算的话，请将这句话加在/etc/rc.d/rc.local 文件中

非常感谢，键入该命令后发现能够计算了！接下来我将运行一段时间，看看有没有新的问题，然后再继续向各位讨教。
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8楼2010-01-27 23:19:13
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jing15209791

金虫 (正式写手)
★
vigaryang(金币+1):谢谢参与
磁盘空间问题
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9楼2010-01-28 09:30:31
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vigaryang

木虫 (正式写手)
非常感谢楼上回帖的各位，计算的问题已经解决了。但是我有新的问题想请教一下，就是我的体系大概含有70~120个原子，在这种情况下如果要实现单CPU4核并行计算的话，是不是一定要在输入文件里面加上Int=FMMNAtoms=n关键词？由于g03指南里面没见到该关键词，因此对于其使用方法我有几点疑问：
1、该关键词是只在输入文件里加上就好了呢，还是必须要在default.route文件中也键入？
2、该关键词对于哪些任务有效？因为好像在网上见过有人说该关键词对fopt有效，而对freq就无效。如果无效的话，那岂不是对于我这些多原子体系就无法实现并行处理了？
谢谢！
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10楼2010-01-29 20:01:09
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