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vigaryang

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】Linux下安装gaussian03后运行出错

我在linux系统中安装Gaussian03 C02并运行，发现无法计算，在输出文件的末尾提示如下错误：Erroneous write during file extend.
write 1408 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1。
我接触linux才几天时间，很多问题都不太清楚，上述操作也都是参考baidu结果而得，因此我想请教各位高手，导致我运行失败的可能原因会是什么呢?是安装过程有误呢，还是运行有误呢，还是内存、硬盘、或者兼容性方面的问题呢？非常感谢！
为了方便各位分析问题，我把我的设备情况、安装过程及运行情况都写在下面，请各位参看，谢谢！

一、设备情况
1、计算机：自行购买的组装PC一台，4核，总硬盘500G，内存4G。
2、Linux版本：Fedora release 8 （Werewolf），Kernel 2.6.23.1-42.fc8 on an i686 （从启动画面看貌似包含Red hat 6.0.19）
3、Gaussina 来源：Gaussian03 C02,自带linda7.1（不知该g03是32位还是64位）.

二、安装过程
1、开机后进入登录界面，输入id：root及其密码后进入root账户（超级账户）的命令行操作界面。输入starx命令进入图形界面。

2、在图形界面下，利用鼠标右键将G03文件夹（事先在windows中解压得到，内含全部g03文件及linda等）从U盘复制到名为root's home对应的硬盘内(在终端中用pwd命令可发现该文件夹的路径为/root/g03。该硬盘空余空间为4.4G)。

3、在图形界面下打开终端，在默认目录下输入vi ./bashrc，出现一个提示界面，确认后进入bashrc文件的编辑状态，将该文件修改成如下
内容：

‘# User specific aliases and functions

alias rm='rm -i'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'

#Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
      . /etc/bashrc
fi
# for Gaussian.03.C02
G03ROOT=/root/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/root/g03/scratch
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH’
其中 fi 及之前的内容是原来就有的，后面的是我自己新加的。改好后按:wq退出返回到命令行界面。

三、运行gaussian
  输入命令： cd g03/tests/com
  再输入：  g03 test000.com &
  然后显示如下：
  [root@localhost com]# g03 test000.com &
  [1]2777
  [root@localhost com]# Erroneous write during file extend. write 1408 instead of 4096
  Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: No such file or directory

上述结果无疑表示运行失败。如果在图形界面中打开上述运行所得到的test000.log 文件，会发现该输入文件
的初始部分和正常的gauss03输出文件是完全一致的，但是缺少计算过程，最后直接给出错误信息。具体如下所示：

Entering Gaussian System, Link 0=g03
Input=test001.com
Output=test001.log
..........................................(中间省略，与正常的gaussian输出文件完全一致）
******************************************
Gaussian 03:  IA32L-G03RevC.02 12-Jun-2004
            27-Jan-2010
******************************************
Erroneous write during file extend. write 1408 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1

上述输出文件再次表明运行失败。若运行其它的输入文件，结果仍然是这样。

我整个安装和运行的详细情况已如上所述。我接触linux才几天时间，很多问题都不太清楚，上述操作也都是参考baidu结果而得，因此我想请教各位高手，导致我运行失败的可能原因会是什么呢?是安装过程有误呢，还是运行有误呢，还是内存、硬盘、或者兼容性方面的问题呢？

非常感谢！

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1楼 2010-01-26 23:41:12

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vigaryang

木虫 (正式写手)

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我的linux也是32位的吧，那应该和g03不冲突的啊。
输入文件既有g03自带的，也有自己编写的，如下所示（在xp中可以运行，而且已用dos2unix命令转化）：
%chk=BF4-1.chk
%mem=60MW
%nproc=2
# opt freq b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity

opt for BF4 anion

-1 1
B
F                1             B1
F                1             B2 2             A1
F                1             B3 3             A2 2             D1
F                1             B4 3             A3 4             D2

B1          1.46000000
B2          1.46000000
B3          1.46000000
B4          1.46000000
A1          109.47122063
A2          109.47122063
A3          109.47122063
D1       -120.00000000
D2       -120.00000000

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
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