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今天9088

金虫 (小有名气)

[交流] 【请教】res文件在platon 与Hg氢键受体原子的对称操作码不对,为什么会这样?

大家好,现在有个问题向大家请教:
晶体E的编辑让我按照他弄的res文件来获得cif文件,我现在发现这样的问题:res文件用Platon计算出来的数据为:
Donor --- H....Acceptor [    ARU  ]      D - H      H...A      D...A  D - H...A
O(1)  --H(1)   ..Br(1)  [         ]       0.96       2.65     3.3626        131
N(1)  --H(1A)  ..Br(1)  [         ]       0.89       2.54     3.3790        158
N(1)  --H(1B)  ..Br(1)  [  2454.03]       0.89       2.47     3.3411        165
N(1)  --H(1C)  ..O(1)   [  1554.02]       0.89       1.97     2.8393        164
O(1)  --H(2)   ..Br(1)  [         ]       0.99       2.57     3.3626        137
而用Hg来看这样的
N(1)  --H(1A)  ..Br(1) x, y, z
N(1)  --H(1B)  ..Br(1) 1+x, 1-y, 1/2+z
N(1)  --H(1C)  ..O(1) x, y, z
O(1)  --H(2)   ..Br(1) 1+x, 1-y, -1/2+z
O(1)  --H(1)   ..Br(1) 1+x, 1-y, -1/2+z
从上面能看出来,就是受体原子的对称操作码不同,为什么会这样呢?
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yy0520yy

金虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★
今天9088(金币+5):非常感谢您,谢谢! 1-27 10:12
请参考xi2004老师的帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=962939
希望对你有点帮助!
3楼2010-01-27 08:14:42
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xmuamoy

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
今天9088(金币+1):谢谢参与,不好意思,这个我会,我想知道的是,受体原子o1用platon计算时有对称操作码,而用shelx算时却没有呢? 1-27 08:44
今天9088(金币+2): 1-27 08:48
x,y,z   的对称码为  .
晶胞内为  555
+1 者   为6
- 1者    为4

在*.ins中增加指令,如
BOND $H
HTAB
HTAB N1  Br1
EQIV $1 1+x, 1-y, 1/2+z

再运行shelx97便可!
2楼2010-01-27 07:17:09
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