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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 个人文集 » 【neweroica个人文集】原创程序 vaspmo (v0.0) ――可视化VASP的分子轨道
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neweroica

木虫 (著名写手)

[资源] 【neweroica个人文集】原创程序 vaspmo (v0.0) ――可视化VASP的分子轨道



注意：

程序在转换坐标时会有错误！这个bug已经在即将发布的新版本v0.1里更正。

最新消息：

明后天将推出vaspmo v0.1版，届时大家可以又任何轨道可视化软件来绘制VASP计算的轨道。

我先把Chemcraft和GaussView可视化VASP轨道的效果图贴上来（见附件中新添的两张图片。）




终于弄成功了！！！

现在我们可以用Molekel来绘制VASP计算的分子轨道了！

这个想法是我不久前产生的（详见  http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1787325 ）：

VASP可以把波函数分解成中心在各个原子的原子轨道（在INCAR中使用LORBIT =2或LORBIT =12），于是我们就能得到近似的分子轨道。轨道系数保存在PROCAR文件中。于是我就有了一个想法：将PROCAR文件转化成Molekel能读的文件格式，这样我们就能可视化VASP投影出的分子轨道了！

现在，我终于写好了整个程序，取名为vaspmo。目前适用于周期表中原子序数从1到83的元素（La系元素除外）。可将任何K点的所有能带对应的晶体轨道全部转换出来。

在Linux下编译使用如下命令：
gcc -o vaspmo -lm vaspmo.c

在Windows下可以使用任何C或C++编译器编译（因为我用标准C编写的）。
当然，附件中也附带了我在Windows下编译好来的vaspmo.exe可执行文件。

使用方法，在VASP计算输出的目录下（必须有PROCAR和CONTCAR文件）执行Ñ
./vaspmo
然后按照程序提示输入第几个K点即可。

程序输出示例如下：

vaspmo v0.0 --  Written by ...

Use "vaspmo -h" for help and more information.

Information obtained from CONTCAR:
    There are 54 atoms, 4 ion types:
        6 C atoms
        4 H atoms
        4 S atoms
        40 Cu atoms
    Lattice vectors (Cartesian, in Angstrom):
            5.147560            0.000000            0.000000
            0.000000           12.868895            0.000000
            0.000000            0.000000           30.000000

Cartesian coordinates have been written into VASPMO.g03.

Basis sets information has been written into VASPMO.g03.

Information obtained from PROCAR:
    There are 5 k-points and 320 bands.

Please choose k-point # (1-5):1

Reading phase factors from PROCAR...
################################################################
Done.


程序结束后就生成VASPMO.g03文件，用Molekel打开就能可视化分子轨道。

具体注意事项见README.txt或源文件的开头部分。

如果你在发表文章或做报告时用到了我的这个vaspmo程序，敬请注明。

有任何建议或bug，请email我（地址在程序里）。


附图是我用Molekel画的VASP计算得到的分子轨道：
1. 苯分子的HOMO和LUMO
2. 吸附在金属表面的分子与金属的一条成键轨道。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:41 ]
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1楼2010-01-25 23:22:24
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

小小的提示：vasp在输出PROCAR，将晶体波函数(WAVECAR里面)投影到原子轨道上时，并不是利用Standard basis: LANL2MB 来投影的，而是利用POTCAR里面给出原子球区域之类的原子波函数。不同原子，这个半径是不一样的。vaspmo v0.1在组合PROCAR里面的数据时，可能对所有的原子都采用同样的半径。这一点可能要注意。
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53楼2010-05-22 09:28:20
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cationly

木虫 (正式写手)

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★★★★★ 五星级
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5楼2010-01-26 09:22:57
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cavediger

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

试了一下，处理VASP的计算结果，对占据轨道来说，同GAUSSIAN计算GV显示的轨道形状是一致的，但对非占据轨道，显示结果差别较大。
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77楼2011-08-09 22:51:42
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普通回帖

emandrei

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

你好厉害！！
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2楼2010-01-26 00:02:36
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abbott

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

高手 学习了
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3楼2010-01-26 08:28:38
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rfvuhb

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

原创，了不起！！！
感谢！！
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4楼2010-01-26 08:39:20
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雁儿霏霏

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主果然说到做到，严重支持
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6楼2010-01-26 10:38:01
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hakuna

木虫 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常漂亮的工作，应该说会是受益者无数的，额是其中一员，谢谢了，(⊙o⊙)
看过你写的关于crystal 的COOP，既然你已经把PROCAR清楚了，我想你一定也能把VASP的COOP搞定！期待中.......
诸位千万别骂额懒，额太老咧，已经干不动嘞，想当年额也猛过
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11楼2010-01-26 19:39:35
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by hakuna at 2010-01-26 19:39:35:
非常漂亮的工作，应该说会是受益者无数的，额是其中一员，谢谢了，(⊙o⊙)
看过你写的关于crystal 的COOP，既然你已经把PROCAR清楚了，我想你一定也能把VASP的COOP搞定！期待中.......
诸位千万别骂额懒，额太 ...

我也很想搞定VASP的COOP，但问题是：PROCAR的格式我还没有完全弄清楚。 CRYSTAL至少还能计算轨道的重叠积分（因为毕竟它是基于轨道的程序），而VASP不是基于轨道的，而是使用平面波函数。这样，VASP不会直接输出重叠积分。而PROCAR中的相系数以及其他数据我还不十分清楚，不知道该怎么得到轨道的重叠积分。我问了很多人，也去过VASP官方论坛问过，但没有一个人知道……

也许我该写信给VASP的developer。。。
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12楼2010-01-26 19:59:56
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chawenxian155

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢谢谢谢谢谢谢写
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13楼2010-01-26 21:06:11
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study163

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

这个得支持，不错的
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14楼2010-01-26 21:17:30
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zrfssh

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

搂主可否告知，这种方法是否适合应用于周期性晶体
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15楼2010-01-26 21:21:52
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zrfssh at 2010-01-26 21:21:52:
搂主可否告知，这种方法是否适合应用于周期性晶体

当然支持周期性晶体，VASP处理的不就是周期性体系吗？  如果不是周期性体系，Gaussian等其他量化软件不就能轻松搞定了吗？
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16楼2010-01-26 22:05:27
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

good material, thank you for sharing.
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17楼2010-01-26 22:11:16
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qqpie

木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢啦~!@@
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18楼2010-01-26 22:43:27
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linggang87

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

了不起！
问一个可能很简单的问题，电荷密度和波函数应该是统一的吧，这种分子轨道和差分电荷密度图，反映的东西是不是一样的。如果一样的话，对应关系又是怎么样的呢，最外面的球形轨道对应等电荷密度面？？
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20楼2010-01-27 10:46:50
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wanlichuan

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

高手。谢谢。
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21楼2010-01-27 15:17:08
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hookah

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错的想法,推荐哦!
下载使用一下!谢谢楼主!
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22楼2010-01-27 21:06:17
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yulingaode

木虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

还没学会，细心研究
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23楼2010-01-27 21:13:24
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ustc

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

五星级,优秀推荐
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24楼2010-01-27 22:11:14
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neweroica

木虫 (著名写手)


最新消息：

明后天将推出vaspmo v0.1版，届时大家可以又任何轨道可视化软件来绘制VASP计算的轨道。

我先把Chemcraft和GaussView可视化VASP轨道的效果图贴上来（见附件中新添的两张图片。）
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26楼2010-01-28 01:28:35
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zrfssh

木虫 (小有名气)
请问楼主在Chemcraft如何打开VASPMO.g03，
直接打开后，没有图形显示
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27楼2010-01-28 04:43:58
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zrfssh at 2010-01-28 04:43:58:
请问楼主在Chemcraft如何打开VASPMO.g03，
直接打开后，没有图形显示

目前这个v0.0版本还不行。我不是说了吗？要等到我发布v0.1版本。
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28楼2010-01-28 05:59:07
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philosong

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

牛啊。顶一个。
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29楼2010-01-28 12:33:25
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好好学习一下
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30楼2010-01-28 16:13:34
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wanghui381

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太棒了！
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31楼2010-01-28 16:43:09
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cbFeng200881

金虫 (著名写手)

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ibmdx能显示透明的
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32楼2010-01-28 17:16:39
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jghe

金虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

哪位有Molekel？
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33楼2010-01-28 18:19:09
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neweroica

木虫 (著名写手)
注意：

程序在转换坐标时会有错误！这个bug已经在即将发布的新版本v0.1里更正。
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34楼2010-01-28 19:31:23
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wangyujia

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

高手高手！！
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35楼2010-02-02 13:45:54
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catmaster


★★★★★ 五星级,优秀推荐

不是这个行业的。感觉很伟大
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36楼2010-02-05 08:58:23
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leqianduo

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

超人 佩服阿
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37楼2010-03-01 12:48:14
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smile8932

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

你好厉害啊
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38楼2010-03-04 10:30:59
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chk0521

金虫 (初入文坛)

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楼主太牛了！高人！
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39楼2010-03-04 17:55:10
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zxl102623

银虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

强烈支持
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41楼2010-03-09 16:02:14
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gleerat

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好，这个牛人要顶的。太强悍了
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42楼2010-03-28 11:07:42
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yuling985

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太厉害了，佩服ing
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43楼2010-04-01 22:03:36
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Prettyswan

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太谢谢了，世界因为有你更精彩，呵呵
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44楼2010-04-02 10:51:59
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吴大为

至尊木虫 (著名写手)

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高手，厉害。
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45楼2010-04-03 21:48:50
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tubaxu

金虫 (小有名气)

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菜鸟一问，为什么我的vasp生成的文件中，只有CONTCAR，没有PROCAR呢？集群并行中，难道不产生这个文件，或者说设置有问题？？望楼主不吝赐教。
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46楼2010-04-05 13:03:30
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tubaxu at 2010-04-05 13:03:30:
菜鸟一问，为什么我的vasp生成的文件中，只有CONTCAR，没有PROCAR呢？集群并行中，难道不产生这个文件，或者说设置有问题？？望楼主不吝赐教。

INCAR中使用LORBIT =2或LORBIT =12
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48楼2010-04-05 22:59:56
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tubaxu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by neweroica at 2010-04-05 22:59:56:


INCAR中使用LORBIT =2或LORBIT =12

多谢楼主回复，我在INCAR里面随便一个位置（不知应该不应该），填了一行LORBIT=2，运行后，仍然没有出现PROCAR文件。
   另外运行./vaspmo文件，错误提示为：
Error：found 0 atom for ion type 1 in CONTCAR（Line 7）.

不知什么原因，是不是我的INCAR文件不够规范呢？
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49楼2010-04-06 12:50:03
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tubaxu at 2010-04-06 12:50:03:

多谢楼主回复，我在INCAR里面随便一个位置（不知应该不应该），填了一行LORBIT=2，运行后，仍然没有出现PROCAR文件。
   另外运行./vaspmo文件，错误提示为：
Error：found 0 atom for ion type 1 in CONTCAR ...

什么版本的VASP？
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50楼2010-04-06 23:34:04
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lerel123457楼
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2010-01-26 14:14   回复  
 
allawwp10楼
2010-01-26 19:11   回复  
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wonderflyer19楼
2010-01-27 09:02   回复  
 
annewu25楼
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heyo_12340楼
2010-03-05 10:41   回复  
 
天空空47楼
2010-04-05 13:11   回复  
 
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