| 查看: 23531 | 回复: 188 | |||||||||||||||||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价146次，作者neweroica增加金币 125.3 个 | |||||||||||||||||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||||||||||||||||||||
[资源]
【neweroica个人文集】原创程序 vaspmo (v0.0) ――可视化VASP的分子轨道
|
|||||||||||||||||||||||||
|
注意： 程序在转换坐标时会有错误！这个bug已经在即将发布的新版本v0.1里更正。 最新消息： 明后天将推出vaspmo v0.1版，届时大家可以又任何轨道可视化软件来绘制VASP计算的轨道。 我先把Chemcraft和GaussView可视化VASP轨道的效果图贴上来（见附件中新添的两张图片。） 终于弄成功了！！！ 现在我们可以用Molekel来绘制VASP计算的分子轨道了！ 这个想法是我不久前产生的（详见 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1787325 ）： VASP可以把波函数分解成中心在各个原子的原子轨道（在INCAR中使用LORBIT =2或LORBIT =12），于是我们就能得到近似的分子轨道。轨道系数保存在PROCAR文件中。于是我就有了一个想法：将PROCAR文件转化成Molekel能读的文件格式，这样我们就能可视化VASP投影出的分子轨道了！ 现在，我终于写好了整个程序，取名为vaspmo。目前适用于周期表中原子序数从1到83的元素（La系元素除外）。可将任何K点的所有能带对应的晶体轨道全部转换出来。 在Linux下编译使用如下命令： gcc -o vaspmo -lm vaspmo.c 在Windows下可以使用任何C或C++编译器编译（因为我用标准C编写的）。 当然，附件中也附带了我在Windows下编译好来的vaspmo.exe可执行文件。 使用方法，在VASP计算输出的目录下（必须有PROCAR和CONTCAR文件）执行Ñ ./vaspmo 然后按照程序提示输入第几个K点即可。 程序输出示例如下： vaspmo v0.0 -- Written by ... Use "vaspmo -h" for help and more information. Information obtained from CONTCAR: There are 54 atoms, 4 ion types: 6 C atoms 4 H atoms 4 S atoms 40 Cu atoms Lattice vectors (Cartesian, in Angstrom): 5.147560 0.000000 0.000000 0.000000 12.868895 0.000000 0.000000 0.000000 30.000000 Cartesian coordinates have been written into VASPMO.g03. Basis sets information has been written into VASPMO.g03. Information obtained from PROCAR: There are 5 k-points and 320 bands. Please choose k-point # (1-5):1 Reading phase factors from PROCAR... ################################################################ Done. 程序结束后就生成VASPMO.g03文件，用Molekel打开就能可视化分子轨道。 具体注意事项见README.txt或源文件的开头部分。 如果你在发表文章或做报告时用到了我的这个vaspmo程序，敬请注明。 有任何建议或bug，请email我（地址在程序里）。 附图是我用Molekel画的VASP计算得到的分子轨道： 1. 苯分子的HOMO和LUMO 2. 吸附在金属表面的分子与金属的一条成键轨道。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:41 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 纳米技术与能源及模拟 | 精华网帖收集 | 仿真建模与计算 | 研究生资料集 |
| VASP and MS | 材料计算模拟实用技巧 | VASP | 第一性原理相关文档 |
| 先进材料与分子模拟 | 第一性原理和电化学 | VASP使用技巧 | 第一性原理 |
| VASP算例 | first principle | 计算科学经验总结 | VASP计算 |
| 计算化学-辅助工具 | initio | 量化经验 | 第一性 |
| VASP学习 | VASP模拟 | VASP相关 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
前田庆次» 猜你喜欢
085404（计算机技术）293分 希望调剂到材料相关专业
已经有0人回复
-
ELISA试验中不容忽视的细节盘点(二)
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有119人回复
-
细胞培养，这22个细节一定要注意！（一）
已经有0人回复
-
已知面上挂了，小学校实验方向无平台，感觉太难了
已经有26人回复
-
CSC访学博后项目获批，外方学校暂停合作该怎么办？
已经有51人回复
-
求助各位大佬，球球了，在这科萨头
已经有0人回复
-
分子动力学模拟合作需求
已经有2人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求边界条件转换的编程
已经有5人回复
- 没有Gaussian版权用什么看cube文件里的轨道
已经有6人回复
- VASP中如何查看正在运行程序的源文件
已经有3人回复
- 求vasp输出文件的分析
已经有5人回复
- 如何用Gaussian view 画轨道能级图？
已经有3人回复
- VASP如何读取分子轨道？
已经有18人回复
- vasp中怎样可视化原子轨道
已经有24人回复
- 看视频，超导体问什么在悬空的磁铁轨道的下面不会脱离？
已经有6人回复
- VASP计算：如何处理波函数占用空间太大的问题
已经有5人回复
- 【求助】用Molekel作分子轨道图
已经有8人回复
- 【资源】visual Thesaurus 3最新版的可视化英语字典，非常值得拥有
已经有3人回复
- 【neweroica个人文集】最新版vaspmo (v0.1) ――可视化VASP分子轨道
已经有103人回复
- 【求助】如何画分子轨道能级图？(已结束)
已经有7人回复
45楼2010-04-03 21:48:50
4楼2010-01-26 08:39:20
5楼2010-01-26 09:22:57
6楼2010-01-26 10:38:01
简单回复
allawwp10楼
2010-01-26 19:11
回复
支持，支持，支持
