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【neweroica个人文集】原创程序 vaspmo (v0.0) ――可视化VASP的分子轨道
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注意： 程序在转换坐标时会有错误！这个bug已经在即将发布的新版本v0.1里更正。 最新消息： 明后天将推出vaspmo v0.1版，届时大家可以又任何轨道可视化软件来绘制VASP计算的轨道。 我先把Chemcraft和GaussView可视化VASP轨道的效果图贴上来（见附件中新添的两张图片。） 终于弄成功了！！！ 现在我们可以用Molekel来绘制VASP计算的分子轨道了！ 这个想法是我不久前产生的（详见 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1787325 ）： VASP可以把波函数分解成中心在各个原子的原子轨道（在INCAR中使用LORBIT =2或LORBIT =12），于是我们就能得到近似的分子轨道。轨道系数保存在PROCAR文件中。于是我就有了一个想法：将PROCAR文件转化成Molekel能读的文件格式，这样我们就能可视化VASP投影出的分子轨道了！ 现在，我终于写好了整个程序，取名为vaspmo。目前适用于周期表中原子序数从1到83的元素（La系元素除外）。可将任何K点的所有能带对应的晶体轨道全部转换出来。 在Linux下编译使用如下命令： gcc -o vaspmo -lm vaspmo.c 在Windows下可以使用任何C或C++编译器编译（因为我用标准C编写的）。 当然，附件中也附带了我在Windows下编译好来的vaspmo.exe可执行文件。 使用方法，在VASP计算输出的目录下（必须有PROCAR和CONTCAR文件）执行Ñ ./vaspmo 然后按照程序提示输入第几个K点即可。 程序输出示例如下： vaspmo v0.0 -- Written by ... Use "vaspmo -h" for help and more information. Information obtained from CONTCAR: There are 54 atoms, 4 ion types: 6 C atoms 4 H atoms 4 S atoms 40 Cu atoms Lattice vectors (Cartesian, in Angstrom): 5.147560 0.000000 0.000000 0.000000 12.868895 0.000000 0.000000 0.000000 30.000000 Cartesian coordinates have been written into VASPMO.g03. Basis sets information has been written into VASPMO.g03. Information obtained from PROCAR: There are 5 k-points and 320 bands. Please choose k-point # (1-5):1 Reading phase factors from PROCAR... ################################################################ Done. 程序结束后就生成VASPMO.g03文件，用Molekel打开就能可视化分子轨道。 具体注意事项见README.txt或源文件的开头部分。 如果你在发表文章或做报告时用到了我的这个vaspmo程序，敬请注明。 有任何建议或bug，请email我（地址在程序里）。 附图是我用Molekel画的VASP计算得到的分子轨道： 1. 苯分子的HOMO和LUMO 2. 吸附在金属表面的分子与金属的一条成键轨道。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:41 ] |
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4楼2010-01-26 08:39:20
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allawwp10楼
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