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新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】大家好,问个突变的问题

一个通过DS同源建模,能量最小化,跑动力学得到的蛋白,
现在想对这个蛋白进行一个氨基酸置换的突变,用DS该怎么做.
软件里面好象默认的是要在突变点一定半径距离内做优化,
难道只用这样做一下就行了吗,还需要做什么,怎样优化好呢?
如果我一次改变两个氨基酸呢?

1楼 2010-01-22 21:39:27

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银虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 1-23 09:52

一次改变2个氨基酸没问题，做完了对整个蛋白能力最小化，然后再和这个蛋白比较一下RMSD如何，然后确定下一步MD方案。不过最好了解试验方面改变这2个氨基酸后对蛋白功能结构方面的影响

2楼2010-01-23 09:06:19

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新虫 (小有名气)

请问楼上的大哥,您的意思是:我也可以同时变两个是吧!
您说的过程是:
同源建模后的蛋白如果想要突变,先加上水,在这个位点范围内局部能量.
然后再整体的SD加CG最后, 最后也跑个整体动力学,是吗!
请大哥哥指教,感激您!

3楼2010-01-23 12:06:48

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